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万見
- PDB-5e53: Crystal structure of chicken CNTN1 FN1-FN3 domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5.0E+53
タイトルCrystal structure of chicken CNTN1 FN1-FN3 domains
要素Contactin-1
キーワードCELL ADHESION / Neural cell adhesion molecule / Fibronectin type III domains
機能・相同性
機能・相同性情報


cell-cell adhesion mediator activity / side of membrane / axon guidance / cell-cell adhesion / brain development / axon / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type ...: / : / : / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Contactin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.497 Å
データ登録者Nikolaienko, R.M. / Bouyain, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM088806 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for Interactions Between Contactin Family Members and Protein-tyrosine Phosphatase Receptor Type G in Neural Tissues.
著者: Nikolaienko, R.M. / Hammel, M. / Dubreuil, V. / Zalmai, R. / Hall, D.R. / Mehzabeen, N. / Karuppan, S.J. / Harroch, S. / Stella, S.L. / Bouyain, S.
履歴
登録2015年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月23日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Contactin-1
B: Contactin-1
C: Contactin-1
D: Contactin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,23719
ポリマ－134,2014
非ポリマー1,03615
水4,143230
1
A: Contactin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,7584
ポリマ－33,5501
非ポリマー2073
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Contactin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6883
ポリマ－33,5501
非ポリマー1382
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Contactin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8275
ポリマ－33,5501
非ポリマー2764
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Contactin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9657
ポリマ－33,5501
非ポリマー4156
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.484, 49.871, 163.302
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.120, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Contactin-1 / Neural cell recognition molecule F11


分子量: 33550.289 Da / 分子数: 4 / 断片: FN domains 1-3, UNP residues 601-893 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: CNTN1 / プラスミド: pT7HMP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14781
#2: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1% (v/v) Tacsimate pH 7.0, 20% (w/v) PEG 3350, 50mM Imidazole pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月12日
放射モノクロメーター: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.497→50 Å / Num. obs: 48701 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 44.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 1.035 / Net I/av σ(I): 20.407 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 171135
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.497-2.594.70.389261.07192.3
2.8-2.917.70.38110151.12762.5
2.91-3.049.60.30711211.05868.4
3.04-3.210.70.25413211.09880.5
3.2-3.411.90.21414841.04389.3
3.4-3.6612.70.18116231.03198.8
3.66-4.03140.14516700.94199.9
4.03-4.6214.30.10516661.03999.9
4.62-5.8114.20.08916911.049100
5.81-5013.40.08617681.02199.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å43.51 Å
Translation2.5 Å43.51 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
Coot0.8.1モデル構築
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER2.5.2位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5E7L

5e7l


解像度: 2.497→43.506 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2473 2355 4.98 %
Rwork0.2048 44902 -
obs0.2069 44684 95.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 337.16 Å2 / Biso mean: 63.7465 Å2 / Biso min: 15.53 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.497→43.506 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9267 0 75 230 9572
Biso mean--85.46 50.23 -
残基数----1177
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0049585
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8413006
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0331382
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041703
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1883527
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4972-2.54820.32691080.26241994210274
2.5482-2.60360.29421280.25842412254088
2.6036-2.66420.36321240.24972491261591
2.6642-2.73080.29981380.24672556269494
2.7308-2.80460.32971330.26572625275896
2.8046-2.88710.34911390.25712621276097
2.8871-2.98030.31581390.25382636277597
2.9803-3.08680.29491450.25462701284698
3.0868-3.21030.28911380.24482680281899
3.2103-3.35640.34411450.23662761290699
3.3564-3.53330.29011410.22272701284299
3.5333-3.75450.24931420.20627442886100
3.7545-4.04420.20291440.197727592903100
4.0442-4.45080.21941450.17427632908100
4.4508-5.0940.18541470.148527812928100
5.094-6.41460.20911460.168627902936100
6.4146-43.51280.18031530.18072887304099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.67524.10264.48457.34033.16796.45450.26090.1568-0.7828-0.2712-0.30270.49511.275-0.9350.08960.8986-0.1418-0.20290.5162-0.14920.5759-61.684-3.58262.352
28.54091.9766-0.29641.99090.92540.6363-0.2315-0.36470.6255-0.39890.2605-0.072-0.82210.8286-0.02750.8201-0.41690.03960.8138-0.06290.371-28.3174.55277.465
34.53053.2065-4.74682.5426-2.80689.27370.413-1.00520.09140.503-0.60160.18760.06090.23890.15460.428-0.1301-0.03710.6364-0.07480.34963.24416.06557.556
44.0261-0.0943-2.36767.80973.87758.5624-0.18050.3156-0.7073-0.1706-0.0474-0.3790.6860.27220.28040.30570.05250.06920.30630.10920.6518-26.712-23.011-9.758
53.00730.67450.37182.1680.75626.03090.238-0.53691.07420.3427-0.14690.526-0.4909-0.4272-0.09740.3328-0.01550.16140.3202-0.15870.9044-39.596-10.41524.712
62.58030.55812.46660.12370.61472.40410.2979-0.95970.21050.704-0.82480.11750.7247-0.75620.34131.0792-0.48910.16960.9858-0.27590.6025-17.306-7.24558.027
78.38352.1146-1.91846.5865-1.85474.43310.0282-0.6577-0.57560.22470.15650.3296-0.0451-0.9844-0.15360.37690.087-0.05860.6140.04350.3324-70.475.31990.21
84.08490.7963-1.29572.2117-2.23899.607-0.08470.88530.265-0.24210.07370.0977-0.3114-0.15350.03670.36660.0028-0.0960.4487-0.00130.327-57.04719.38457.332
98.56431.10893.70874.5081.24555.5519-0.201-0.248-0.52570.2958-0.0750.10270.23380.05270.24830.30990.05210.06970.36520.05820.3037-78.22614.6925.701
104.55513.15192.84937.98152.70995.53240.47760.1625-0.3481-0.2396-0.15690.60151.0701-0.1511-0.2660.50260.0333-0.15990.226-0.01940.6382-51.808-9.683-19.582
116.11052.0163-0.49622.94040.97792.49870.2098-0.55440.2510.0464-0.1962-0.186-0.40980.4552-0.00410.2937-0.08910.04020.32780.0450.3734-17.4720.931-3.067
125.22152.3728-5.1341.7672-2.14066.69870.6917-0.55650.1610.311-0.46390.0603-0.55850.0995-0.21740.3059-0.09240.01920.46580.00850.425614.1818.655-24.379
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 595:692 )A595 - 692
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 693:792 )A693 - 792
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 793:893 )A793 - 893
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 595:692 )B595 - 692
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 693:792 )B693 - 792
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 793:893 )B793 - 893
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN C AND RESID 594:692 )C594 - 692
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN C AND RESID 693:792 )C693 - 792
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN C AND RESID 793:893 )C793 - 893
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN D AND RESID 593:692 )D593 - 692
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN D AND RESID 693:792 )D693 - 792
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN D AND RESID 793:893 )D793 - 893

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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