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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5.0E+55 | ||||||
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Title | Crystal structure of mouse CNTN6 FN1-FN3 domains | ||||||
![]() | Contactin-6 | ||||||
![]() | CELL ADHESION / Neural cell adhesion molecule / Fibronectin type III domains | ||||||
Function / homology | ![]() dendrite self-avoidance / cell-cell adhesion mediator activity / parallel fiber to Purkinje cell synapse / positive regulation of Notch signaling pathway / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / Notch signaling pathway / axon guidance / presynapse / presynaptic membrane / axon / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nikolaienko, R.M. / Bouyain, S. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural Basis for Interactions Between Contactin Family Members and Protein-tyrosine Phosphatase Receptor Type G in Neural Tissues. Authors: Nikolaienko, R.M. / Hammel, M. / Dubreuil, V. / Zalmai, R. / Hall, D.R. / Mehzabeen, N. / Karuppan, S.J. / Harroch, S. / Stella, S.L. / Bouyain, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 246.9 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 199.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 429.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 432.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 22 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 29.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5e4iC ![]() 5e4qC ![]() 5e4sSC ![]() 5e52C ![]() 5e53C ![]() 5e5rC ![]() 5e5uC ![]() 5e7lC ![]() 5i99C C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 33275.133 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: FN domains 1-3, UNP residues 597-900 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.94 Å3/Da / Density % sol: 58.18 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 300 mM Na-Malonate pH 7.0, 20% (w/v) PEG 3350, 50 mM Na-Cacodylate pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Mar 13, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: ROSENBAUM-ROCK DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.7→50 Å / Num. obs: 21656 / % possible obs: 97.9 % / Redundancy: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 40.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Χ2: 1.002 / Net I/av σ(I): 8.433 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 160904 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5E4S Resolution: 2.702→43.372 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.74 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 108.95 Å2 / Biso mean: 42.7963 Å2 / Biso min: 14.56 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.702→43.372 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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