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- PDB-5e27: The structure of Resuscitation Promoting Factor B from M. tubercu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5.0E+27
タイトルThe structure of Resuscitation Promoting Factor B from M. tuberculosis reveals unexpected ubiquitin-like domains
要素Resuscitation-promoting factor RpfB
キーワードCELL ADHESION / cell wall / peptidoglycan / tuberculosis
機能・相同性
機能・相同性情報


dormancy exit of symbiont in host / 加水分解酵素 / quorum sensing / regulation of cell population proliferation / hydrolase activity / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Resuscitation-promoting factor, domain of unknown function DUF348 / G5-linked-Ubiquitin-like domain / Resuscitation-promoting factor, core lysozyme-like domain / : / Transglycosylase-like domain / Resuscitation-promoting factor rpfb. / Resuscitation-promoting factor rpfb fold / G5 domain / G5 domain / G5 domain profile. ...Resuscitation-promoting factor, domain of unknown function DUF348 / G5-linked-Ubiquitin-like domain / Resuscitation-promoting factor, core lysozyme-like domain / : / Transglycosylase-like domain / Resuscitation-promoting factor rpfb. / Resuscitation-promoting factor rpfb fold / G5 domain / G5 domain / G5 domain profile. / G5 / Single Sheet / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Resuscitation-promoting factor RpfB / Resuscitation-promoting factor RpfB
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Ruggiero, A. / Squeglia, F. / Romano, M. / Vitagliano, L. / De Simone, A. / Berisio, R.
資金援助1件
組織認可番号国
EUGA 609535
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2015
タイトル: The structure of Resuscitation promoting factor B from M. tuberculosis reveals unexpected ubiquitin-like domains.
著者: Ruggiero, A. / Squeglia, F. / Romano, M. / Vitagliano, L. / De Simone, A. / Berisio, R.
履歴
登録2015年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月23日Group: Database references
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Resuscitation-promoting factor RpfB
B: Resuscitation-promoting factor RpfB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8072
ポリマ－51,8072
非ポリマー00
水1,36976
1
A: Resuscitation-promoting factor RpfB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9031
ポリマ－25,9031
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Resuscitation-promoting factor RpfB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9031
ポリマ－25,9031
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.376, 126.990, 86.286
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Resuscitation-promoting factor RpfB / Resuscitation-promoting factor rpfB


分子量: 25903.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: rpfB, ABI38_15460, BN1303_02209, ERS024750_01702, ERS024751_02059, ERS024758_02236, ERS024764_01503, ERS094182_03333, ERS124362_01696, ERS124821_03131, ERS124823_03398, ERS124824_03090, ...遺伝子: rpfB, ABI38_15460, BN1303_02209, ERS024750_01702, ERS024751_02059, ERS024758_02236, ERS024764_01503, ERS094182_03333, ERS124362_01696, ERS124821_03131, ERS124823_03398, ERS124824_03090, ERS124825_03322, ERS124826_03034, ERS124827_03238, ERS124828_02982, ERS124829_03081, ERS124830_03164, ERS124832_03150, IQ42_14370, IQ45_14195, IQ47_14175, IQ48_14250, IU12_14990, IU13_14360, IU15_14665, IU16_14305, IU21_14520, T209_14145
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A045K816, UniProt: P9WG29*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 5 mg mL-1 protein, 18 % (v/v) ethanol in 50 mM sodium Tris-HCl buffer

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.94,0.97
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月20日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.941
20.971
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 17505 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 16.2 % / Net I/σ(I): 31.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0110精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 31.924 / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.797 / ESU R Free: 0.372 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29106 826 5.1 %RANDOM
Rwork0.22181 ---
obs0.22546 15476 92.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3293 0 0 76 3369
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223385
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8271.9524644
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0285448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.78924.126143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.77315490
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5211529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.2532
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0222646
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6551.52222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.24123588
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.94731163
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3794.51055
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.665 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 49 -
Rwork0.32 733 -
obs--63.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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