PDB-5dyu: Crystal Structure of BAZ2B bromodomain in complex with fragment F39

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dyu

タイトル

Crystal Structure of BAZ2B bromodomain in complex with fragment F39

要素

Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B

キーワード

TRANSCRIPTION / four helical bundle

機能・相同性

機能・相同性情報

chromatin remodeling / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / DNA binding / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Lolli, G. / Caflisch, A.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: High-Throughput Fragment Docking into the BAZ2B Bromodomain: Efficient in Silico Screening for X-Ray Crystallography.
著者: Lolli, G. / Caflisch, A.

履歴

登録	2015年9月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月30日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dyu.cif.gz	66.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dyu.ent.gz	48 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dyu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dyu_validation.pdf.gz	430.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dyu_full_validation.pdf.gz	431 KB	表示
XML形式データ	5dyu_validation.xml.gz	8.3 KB	表示
CIF形式データ	5dyu_validation.cif.gz	11.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/5dyu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/5dyu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dyxC 5e9iC 5e9kC 5e9lC 5e9mC 5e9yC 5ea1C 4ir5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5pey-d 6fh7-d 5pdi-d 5pe0-d 5pgc-d 5l99-d 5pfa-d 5pee-d 5pfh-d 5peu-d 5pd0-d 5pfx-d 5pe2-d 4xub-d 5pgh-d 5pen-d 5pc3-d 5pfy-d 5pei-d 5pfs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#84 - 2006年12月トランスポザーゼ (Transposase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B

ヘテロ分子

13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.792, 96.147, 57.768
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B / hWALp4 分子量: 13531.574 Da / 分子数: 1 / 断片: bromodomain, UNP residues 1858-1971 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAZ2B, KIAA1476 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UIF8
#2: 化合物	ChemComp-MZ0 / 1H-imidazol-5-ylmethanol / 4(5)-(hydroxymethyl)imidazole / 1H-イミダゾ-ル-4-メタノ-ル分子量: 98.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆N₂O
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.33 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG500MME (20%), PEG1000 (2%), PEG3350 (2%), PEG20000 (10%), MPD (2%)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→48.07 Å / Num. obs: 27388 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.054 / R_pim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 15.4 / Num. measured all: 179350

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
1.65-1.68	6.6	0.621	2.4	8708	1310	0.923	0.255	100
9.04-48.07	5.8	0.037	36.8	1168	201	0.998	0.016	99.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XDS	0.3.11	データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ir5

4ir5

解像度: 1.65→48.07 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1969	1323	4.84 %
R_work	0.1763	25991	-
obs	0.1773	27314	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 116.8 Å² / B_iso mean: 41.3276 Å² / B_iso min: 22.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→48.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	947	0	14	134	1095
B_iso mean	-	-	37.74	47.76	-
残基数	-	-	-	-	116

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	995
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.052	1339
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	144
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	170
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.825	386

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.7161	0.3141	145	0.2904	2805	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7161-1.7942	0.3113	143	0.2477	2856	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7942-1.8888	0.2384	133	0.2185	2858	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8888-2.0071	0.2273	152	0.1999	2885	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0071-2.1621	0.1973	143	0.1796	2865	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1621-2.3797	0.215	150	0.1707	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3797-2.724	0.2145	134	0.1739	2913	X-RAY DIFFRACTION	100
2.724-3.4318	0.2054	159	0.1844	2918	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4318-48.07	0.1647	164	0.156	3021	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5304	0.5232	-2.0239	0.083	-0.0792	0.8812	-0.714	-0.8052	-0.5984	-0.3356	0.0113	0.0162	-0.2214	0.474	0.5737	0.4119	-0.024	0.0009	0.4901	0.0755	0.4846	1.5036	-34.4525	-9.7665
2	6.8552	-3.9132	-3.887	3.5662	2.6407	3.9539	-0.1026	0.2911	-0.3343	0.2099	-0.0386	0.2911	0.428	-0.2265	0.0652	0.2935	0.0125	-0.0259	0.3003	0.0082	0.4171	-20.3761	-29.379	-2.1825
3	2.6324	0.4839	-0.1063	4.577	-0.2362	1.951	-0.0747	-0.0712	0.3746	-0.2456	0.1156	0.2876	-0.3582	-0.1457	-0.0732	0.3599	0.0654	-0.0078	0.3067	-0.0038	0.3464	-24.7377	-9.974	-3.0836
4	2.3106	-0.9446	-0.1064	2.4317	0.1849	2.6533	0.0949	0.2104	-0.0184	-0.1642	-0.0946	-0.0292	-0.1358	0.1622	0.0004	0.247	0.0132	-0.0153	0.3007	0.0028	0.2752	-16.4692	-19.3112	-5.5234
5	2.7541	-1.1175	0.0581	5.2352	-0.0712	3.9088	-0.4034	-0.4336	-0.1461	0.8601	0.2691	0.0546	0.0469	0.1454	0.0907	0.3485	0.0706	-0.0366	0.3492	0.0204	0.2403	-17.5397	-19.6269	7.2765

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1856 through 1868 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1869 through 1882 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1883 through 1910 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1911 through 1943 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1944 through 1971 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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