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- PDB-5dyu: Crystal Structure of BAZ2B bromodomain in complex with fragment F39 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dyu
タイトルCrystal Structure of BAZ2B bromodomain in complex with fragment F39
要素Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / four helical bundle
機能・相同性
機能・相同性情報


クロマチンリモデリング / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / metal ion binding / 細胞核
類似検索 - 分子機能
BAZ2A/BAZ2B, bromodomain / DDT domain / DDT domain / WHIM2 domain / Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif / DDT domain profile. / domain in different transcription and chromosome remodeling factors / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain ...BAZ2A/BAZ2B, bromodomain / DDT domain / DDT domain / WHIM2 domain / Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif / DDT domain profile. / domain in different transcription and chromosome remodeling factors / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / PHD-finger / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / ブロモドメイン / Bromodomain profile. / bromo domain / ブロモドメイン / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1H-imidazol-5-ylmethanol / Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Lolli, G. / Caflisch, A.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: High-Throughput Fragment Docking into the BAZ2B Bromodomain: Efficient in Silico Screening for X-Ray Crystallography.
著者: Lolli, G. / Caflisch, A.
履歴
登録2015年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7283
ポリマ－13,5321
非ポリマー1962
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.792, 96.147, 57.768
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B / hWALp4


分子量: 13531.574 Da / 分子数: 1 / 断片: bromodomain, UNP residues 1858-1971 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAZ2B, KIAA1476 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UIF8
#2: 化合物 ChemComp-MZ0 / 1H-imidazol-5-ylmethanol / 4(5)-(hydroxymethyl)imidazole / 1H-イミダゾ-ル-4-メタノ-ル


分子量: 98.103 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6N2O
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.33 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG500MME (20%), PEG1000 (2%), PEG3350 (2%), PEG20000 (10%), MPD (2%)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→48.07 Å / Num. obs: 27388 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 15.4 / Num. measured all: 179350
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.65-1.686.60.6212.4870813100.9230.255100
9.04-48.075.80.03736.811682010.9980.01699.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDS0.3.11データ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ir5

4ir5


解像度: 1.65→48.07 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1969 1323 4.84 %
Rwork0.1763 25991 -
obs0.1773 27314 99.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 116.8 Å2 / Biso mean: 41.3276 Å2 / Biso min: 22.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→48.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数947 0 14 134 1095
Biso mean--37.74 47.76 -
残基数----116
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006995
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0521339
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036144
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004170
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.825386
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.71610.31411450.29042805X-RAY DIFFRACTION99
1.7161-1.79420.31131430.24772856X-RAY DIFFRACTION99
1.7942-1.88880.23841330.21852858X-RAY DIFFRACTION100
1.8888-2.00710.22731520.19992885X-RAY DIFFRACTION100
2.0071-2.16210.19731430.17962865X-RAY DIFFRACTION100
2.1621-2.37970.2151500.17072870X-RAY DIFFRACTION100
2.3797-2.7240.21451340.17392913X-RAY DIFFRACTION100
2.724-3.43180.20541590.18442918X-RAY DIFFRACTION100
3.4318-48.070.16471640.1563021X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.53040.5232-2.02390.083-0.07920.8812-0.714-0.8052-0.5984-0.33560.01130.0162-0.22140.4740.57370.4119-0.0240.00090.49010.07550.48461.5036-34.4525-9.7665
26.8552-3.9132-3.8873.56622.64073.9539-0.10260.2911-0.33430.2099-0.03860.29110.428-0.22650.06520.29350.0125-0.02590.30030.00820.4171-20.3761-29.379-2.1825
32.63240.4839-0.10634.577-0.23621.951-0.0747-0.07120.3746-0.24560.11560.2876-0.3582-0.1457-0.07320.35990.0654-0.00780.3067-0.00380.3464-24.7377-9.974-3.0836
42.3106-0.9446-0.10642.43170.18492.65330.09490.2104-0.0184-0.1642-0.0946-0.0292-0.13580.16220.00040.2470.0132-0.01530.30070.00280.2752-16.4692-19.3112-5.5234
52.7541-1.11750.05815.2352-0.07123.9088-0.4034-0.4336-0.14610.86010.26910.05460.04690.14540.09070.34850.0706-0.03660.34920.02040.2403-17.5397-19.62697.2765
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1856 through 1868 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1869 through 1882 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1883 through 1910 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1911 through 1943 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1944 through 1971 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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