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- PDB-5dyk: Crystal structure of the cGMP-dependent protein kinase PKG from P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dyk
タイトルCrystal structure of the cGMP-dependent protein kinase PKG from Plasmodium falciparum - Apo form
要素CGMP-dependent protein kinase
キーワードTRANSFERASE / Kinase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent protein kinase activity / gamete generation / extrinsic component of membrane / cAMP-dependent protein kinase activity / cAMP-dependent protein kinase complex / cGMP binding / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane ...cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent protein kinase activity / gamete generation / extrinsic component of membrane / cAMP-dependent protein kinase activity / cAMP-dependent protein kinase complex / cGMP binding / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / signal transduction / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
cGMP-dependent kinase / cGMP-dependent protein kinase, catalytic domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily ...cGMP-dependent kinase / cGMP-dependent protein kinase, catalytic domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / RmlC-like jelly roll fold / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Jelly Rolls / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
cGMP-dependent protein kinase / cGMP-dependent protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Tempel, W. / He, H. / Seitova, A. / Hills, T. / Neculai, A.M. / Baker, D.A. / Flueck, C. / Kettleborough, C.A. / Arrowsmith, C.H. ...Wernimont, A.K. / Tempel, W. / He, H. / Seitova, A. / Hills, T. / Neculai, A.M. / Baker, D.A. / Flueck, C. / Kettleborough, C.A. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Hui, R. / Hutchinson, A. / El Bakkouri, M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / : 2019
タイトル: Structures of the cGMP-dependent protein kinase in malaria parasites reveal a unique structural relay mechanism for activation.
著者: El Bakkouri, M. / Kouidmi, I. / Wernimont, A.K. / Amani, M. / Hutchinson, A. / Loppnau, P. / Kim, J.J. / Flueck, C. / Walker, J.R. / Seitova, A. / Senisterra, G. / Kakihara, Y. / Kim, C. / ...著者: El Bakkouri, M. / Kouidmi, I. / Wernimont, A.K. / Amani, M. / Hutchinson, A. / Loppnau, P. / Kim, J.J. / Flueck, C. / Walker, J.R. / Seitova, A. / Senisterra, G. / Kakihara, Y. / Kim, C. / Blackman, M.J. / Calmettes, C. / Baker, D.A. / Hui, R.
履歴
登録2015年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2015年11月4日ID: 4MYJ
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct.title
改定 1.22019年11月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CGMP-dependent protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,3157
ポリマ-97,8151
非ポリマー5006
3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
A: CGMP-dependent protein kinase
ヘテロ分子

A: CGMP-dependent protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,63014
ポリマ-195,6292
非ポリマー1,00112
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area5440 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area73640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.509, 127.284, 215.104
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 CGMP-dependent protein kinase


分子量: 97814.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_1436600 / プラスミド: pfBOH-MHL
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: Q8MMZ4, UniProt: Q8I719*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 0.4M L-Proline, 10% Peg 3350, 0.1M Hepes 7.8 15% EG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→40 Å / Num. obs: 47350 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Χ2: 1.123 / Net I/av σ(I): 15.868 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 223523
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.45-2.494.40.93522530.66993.1
2.49-2.544.70.90322390.64493.2
2.54-2.594.70.77422790.65293.3
2.59-2.644.70.65422590.65794
2.64-2.74.70.56322520.70293.4
2.7-2.764.60.45523120.69294.3
2.76-2.834.70.37822530.72293.9
2.83-2.94.60.32923210.75194.7
2.9-2.994.60.24923230.76995.2
2.99-3.094.60.20423180.85395.8
3.09-3.24.60.16923910.90196.7
3.2-3.324.60.13123681.02497.9
3.32-3.484.60.10624041.17298.2
3.48-3.664.70.08424331.29999.3
3.66-3.894.70.0724101.45599.1
3.89-4.194.80.05824751.61299.7
4.19-4.614.80.05524482.04699.8
4.61-5.274.90.05524922.169100
5.27-6.645.10.05325091.684100
6.64-405.10.03126111.38299.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MYI

4myi
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.45→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / WRfactor Rfree: 0.2236 / WRfactor Rwork: 0.1914 / FOM work R set: 0.8113 / SU B: 17.013 / SU ML: 0.186 / SU R Cruickshank DPI: 0.2209 / SU Rfree: 0.2358 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2405 2346 5.1 %RANDOM
Rwork0.2043 ---
obs0.2061 44059 96.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 134.18 Å2 / Biso mean: 51.717 Å2 / Biso min: 25.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.04 Å20 Å2-0 Å2
2--1.31 Å20 Å2
3----3.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6345 0 30 171 6546
Biso mean--62.91 43.28 -
残基数----809
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0196616
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026302
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1511.9668960
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.871314462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.485840
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.03124.595309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.539151179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2031539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.21023
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.027559
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021530
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8572.1043288
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8578.8763287
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.173.1514119
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.68936587
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.0256463
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.513 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 171 -
Rwork0.274 3051 -
all-3222 -
obs--92.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.92985.33232.68464.7651.60821.6048-0.1019-0.51830.1178-0.7089-0.06460.5250.0254-0.22790.16650.8547-0.0519-0.07130.73310.14550.55-4.8667-49.738660.7928
25.7443-0.28250.46243.9204-1.69786.61070.3715-0.5666-0.020.0795-0.03430.41170.1258-0.8907-0.33720.5139-0.0473-0.00690.59970.14920.5523-16.4203-49.479354.6409
31.19380.51910.0632.76791.30651.2021-0.1068-0.1269-0.15580.3187-0.00450.04180.0023-0.07680.11130.15540.0579-0.03750.05640.03910.3724-7.417-59.86628.4608
41.26730.976-1.23571.983-1.6472.813-0.0172-0.07030.14010.00460.1211-0.0395-0.19940.1899-0.10390.0669-0.033-0.0510.068-0.03650.40411.4058-49.0603-2.8706
52.2110.5313-0.71152.1326-0.3092.25340.1012-0.22820.26380.2638-0.045-0.2648-0.1450.1359-0.05620.172-0.02-0.07310.0266-0.01080.51413.1744-12.391317.3046
63.3473-0.35070.34042.6935-1.58622.36130.0116-0.28080.05360.28140.05440.0991-0.05090.0552-0.0660.10240.0196-0.0040.0322-0.00850.2903-17.5154-28.77826.8688
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A16 - 48
2X-RAY DIFFRACTION2A49 - 132
3X-RAY DIFFRACTION3A133 - 251
4X-RAY DIFFRACTION4A252 - 394
5X-RAY DIFFRACTION5A395 - 631
6X-RAY DIFFRACTION6A632 - 853

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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