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- PDB-5dwm: Crystal structure of Phosphinothricin N-acetyltransferase from Br... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dwm
タイトルCrystal structure of Phosphinothricin N-acetyltransferase from Brucella ovis
要素Phosphinothricin N-acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / Brucella ovis / brucellosis / Phosphinothricin N-acetyltransferase / AcetylCoA / iodide phasing / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / Phosphinothricin N-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella ovis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Phosphinothricin N-acetyltransferase from Brucella ovis
著者: Clifton, M.C. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2015年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphinothricin N-acetyltransferase
B: Phosphinothricin N-acetyltransferase
C: Phosphinothricin N-acetyltransferase
D: Phosphinothricin N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,97913
ポリマ－82,3624
非ポリマー6179
水18,7721042
1
A: Phosphinothricin N-acetyltransferase
B: Phosphinothricin N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3745
ポリマ－41,1812
非ポリマー1933
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3950 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area15440 Å2
手法PISA
2
C: Phosphinothricin N-acetyltransferase
D: Phosphinothricin N-acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6048
ポリマ－41,1812
非ポリマー4236
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area15490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.110, 61.770, 77.030
Angle α, β, γ (deg.)101.730, 92.290, 115.330
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Phosphinothricin N-acetyltransferase


分子量: 20590.475 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella ovis (strain ATCC 25840 / 63/290 / NCTC 10512) (バクテリア)
株: ATCC 25840 / 63/290 / NCTC 10512 / 遺伝子: pat, BOV_0087 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A0H3AQB6, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1042 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: native data: Molecular dimensions Morpheus screen, F3: 10% w/v PEG 4000, 20% v/v glycerol, 20mM of each D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, D-N-acetyld-glucosamine, 100mM ...詳細: native data: Molecular dimensions Morpheus screen, F3: 10% w/v PEG 4000, 20% v/v glycerol, 20mM of each D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, D-N-acetyld-glucosamine, 100mM MES/imidazole pH 6.5, BrovA.17352.a.B1.PS02313 at 4mg/ml, supplemented with 5mM Mg/AMPPNP, cryo: direct , tray 261581 f3, puck dka9-1, iodide data: crystals from the same well were soaked for 20sec in reservoir with 10% EG and 500mM NaI and then vitrified, tray 261581 f3, puck hml1 6-3, anomalous differences for the iodide data set are provided with the structure

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-G10.97856
回転陽極RIGAKU MICROMAX-007 HF21.5418
検出器
タイプID検出器日付
RAYONIX MX-3001CCD2015年3月18日
RIGAKU SATURN 944+2CCD2015年3月16日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Diamond [111]SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Rigaku VariMaxSINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978561
21.54181
Reflection数: 565188 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.34 / D res high: 2 Å / Num. obs: 103744 / % possible obs: 94.2
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obsIDRmerge(I) obs
8.9450107910.031
6.328.94202110.034
5.166.32270310.039
4.475.16339210.034
44.47385410.034
3.654423010.038
3.383.65460010.042
3.163.38501610.046
2.983.16528310.056
2.832.98555210.065
2.72.83590910.079
2.582.7607010.091
2.482.58642910.106
2.392.48650510.118
2.312.39683410.128
2.242.31710610.149
2.172.24718710.157
2.112.17731810.18
2.052.11678410.198
22.05587210.228
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 146403 / Num. obs: 140786 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 15.69 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 1.006 / Net I/σ(I): 20.96 / Num. measured all: 550962
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.45-1.490.8510.4753.234052010822102010.54994.3
1.49-1.530.8920.3974.01395141053299480.45994.5
1.53-1.570.9210.3374.84388171031497670.3994.7
1.57-1.620.9430.2756.0537643995794760.31895.2
1.62-1.670.9610.2257.4536727970492570.2695.4
1.67-1.730.9730.1848.9935240928988830.21395.6
1.73-1.80.9840.14311.4134347904386850.16596
1.8-1.870.990.10914.4332994870283680.12696.2
1.87-1.960.9940.08318.2631623831780400.09696.7
1.96-2.050.9960.06522.3630338799077250.07596.7
2.05-2.160.9970.0527.5928505751873070.05897.2
2.16-2.290.9980.04331.0727139716369580.0597.1
2.29-2.450.9980.03734.5825519674665780.04397.5
2.45-2.650.9980.03337.9223515624260980.03997.7
2.65-2.90.9990.02743.1521521574055940.03297.5
2.9-3.240.9990.02348.6819532522851150.02797.8
3.24-3.740.9990.0254.2416987458144900.02498
3.74-4.590.9990.01857.7414185386537960.02298.2
4.59-6.480.9990.01957.2110939301029450.02397.8
6.48-500.9990.0256.395357164015550.02494.8

-
解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
ARPモデル構築
Cootモデル構築
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: iodide phased

解像度: 1.45→26.173 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 16.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1728 6917 4.92 %Random selection
Rwork0.1408 133815 --
obs0.1424 140732 96.19 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 75.77 Å2 / Biso mean: 21.9414 Å2 / Biso min: 10.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→26.173 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5478 0 48 1051 6577
Biso mean--44.61 34.62 -
残基数----717
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055913
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7628067
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077884
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051064
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0472223
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.45-1.46650.2172150.16654366458194
1.4665-1.48370.2072070.16374409461694
1.4837-1.50180.20272010.1564394459594
1.5018-1.52080.21412200.14994380460094
1.5208-1.54080.21022150.14684433464894
1.5408-1.56190.20382430.14394349459295
1.5619-1.58430.18332390.13954393463295
1.5843-1.60790.18422260.13274441466795
1.6079-1.6330.18462390.12994363460295
1.633-1.65980.17592420.12964437467996
1.6598-1.68840.1952440.12754406465095
1.6884-1.71910.17332320.12854430466296
1.7191-1.75220.17512450.13344445469096
1.7522-1.78790.18042400.134423466396
1.7879-1.82680.18322230.12964488471196
1.8268-1.86930.18222330.13234455468896
1.8693-1.9160.17132170.13594479469697
1.916-1.96780.18762300.13924538476897
1.9678-2.02570.15842340.13234465469997
2.0257-2.0910.17482420.13384473471597
2.091-2.16570.16232460.13374476472297
2.1657-2.25240.16992270.1334503473097
2.2524-2.35480.16762390.14014534477397
2.3548-2.47890.16892420.14334519476197
2.4789-2.63410.17182640.15074481474598
2.6341-2.83720.16112400.14714549478997
2.8372-3.12230.17652510.15014507475898
3.1223-3.57320.18722100.14324575478598
3.5732-4.49810.15432080.13554580478898
4.4981-26.17720.15632030.14944524472797

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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