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Yorodumi- PDB-5dwm: Crystal structure of Phosphinothricin N-acetyltransferase from Br... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5dwm | ||||||
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Title | Crystal structure of Phosphinothricin N-acetyltransferase from Brucella ovis | ||||||
Components | Phosphinothricin N-acetyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / SSGCID / Brucella ovis / brucellosis / Phosphinothricin N-acetyltransferase / AcetylCoA / iodide phasing / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease | ||||||
Function / homology | Function and homology information acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / Transferases; Acyltransferases; Transferring groups other than aminoacyl groups Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Brucella ovis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.45 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: to be published Title: Crystal structure of Phosphinothricin N-acetyltransferase from Brucella ovis Authors: Clifton, M.C. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5dwm.cif.gz | 315.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5dwm.ent.gz | 257.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5dwm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5dwm_validation.pdf.gz | 470.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5dwm_full_validation.pdf.gz | 471.9 KB | Display | |
Data in XML | 5dwm_validation.xml.gz | 38 KB | Display | |
Data in CIF | 5dwm_validation.cif.gz | 58.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/5dwm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/5dwm | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 20590.475 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Brucella ovis (strain ATCC 25840 / 63/290 / NCTC 10512) (bacteria) Strain: ATCC 25840 / 63/290 / NCTC 10512 / Gene: pat, BOV_0087 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: A0A0H3AQB6, Transferases; Acyltransferases; Transferring groups other than aminoacyl groups #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | ChemComp-IMD / #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52 % |
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Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: native data: Molecular dimensions Morpheus screen, F3: 10% w/v PEG 4000, 20% v/v glycerol, 20mM of each D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, D-N-acetyld-glucosamine, 100mM ...Details: native data: Molecular dimensions Morpheus screen, F3: 10% w/v PEG 4000, 20% v/v glycerol, 20mM of each D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, D-N-acetyld-glucosamine, 100mM MES/imidazole pH 6.5, BrovA.17352.a.B1.PS02313 at 4mg/ml, supplemented with 5mM Mg/AMPPNP, cryo: direct , tray 261581 f3, puck dka9-1, iodide data: crystals from the same well were soaked for 20sec in reservoir with 10% EG and 500mM NaI and then vitrified, tray 261581 f3, puck hml1 6-3, anomalous differences for the iodide data set are provided with the structure |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Number: 565188 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Χ2: 1.34 / D res high: 2 Å / Num. obs: 103744 / % possible obs: 94.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.45→50 Å / Num. all: 146403 / Num. obs: 140786 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 15.69 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 1.006 / Net I/σ(I): 20.96 / Num. measured all: 550962 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD Starting model: iodide phased Resolution: 1.45→26.173 Å / SU ML: 0.12 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / Phase error: 16.46 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 75.77 Å2 / Biso mean: 21.9414 Å2 / Biso min: 10.41 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.45→26.173 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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