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Yorodumi- PDB-5dwb: Crystal structure of specific restriction endonuclease AgeI-DNA c... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5dwb | ||||||
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Title | Crystal structure of specific restriction endonuclease AgeI-DNA complex | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / restriction endonuclease / PD-(D/E)XK nuclease / protein-DNA complex | ||||||
Function / homology | BsaWI restriction endonuclease type 2 / BsaWI restriction endonuclease type 2 / type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA / DNA (> 10) / Type II restriction enzyme AgeI Function and homology information | ||||||
Biological species | Thalassobius gelatinovorus (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Tamulaitiene, G. / Jovaisaite, V. / Grazulis, S. / Siksnys, V. | ||||||
Funding support | Lithuania, 1items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2017 Title: Restriction endonuclease AgeI is a monomer which dimerizes to cleave DNA. Authors: Tamulaitiene, G. / Jovaisaite, V. / Tamulaitis, G. / Songailiene, I. / Manakova, E. / Zaremba, M. / Grazulis, S. / Xu, S.Y. / Siksnys, V. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5dwb.cif.gz | 253.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5dwb.ent.gz | 200.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5dwb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/5dwb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/5dwb | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5dwaSC 5dwcC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30577.520 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thalassobius gelatinovorus (bacteria) / Gene: ageIR / Plasmid: pRRS-AgeIRM / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): ER2566 References: UniProt: Q9KHV6, type II site-specific deoxyribonuclease #2: DNA chain | Mass: 3967.585 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.09 Å3/Da / Density % sol: 41.15 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: Crystallization buffer was 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), 19% PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: EMBL/DESY, HAMBURG / Beamline: X13 / Wavelength: 0.815 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 4, 2008 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.815 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→30.744 Å / Num. all: 21165 / Num. obs: 21165 / % possible obs: 95.2 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 24.45 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.077 / Rsym value: 0.056 / Net I/av σ(I): 4.798 / Net I/σ(I): 17.4 / Num. measured all: 79694 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5DWA Resolution: 2.4→25.462 Å / SU ML: 0.27 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.11 / Phase error: 23.85 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 76.26 Å2 / Biso mean: 32.1226 Å2 / Biso min: 7.13 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.4→25.462 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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