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Yorodumi- PDB-5dwa: Crystal structure of pre-specific restriction endonuclease AgeI-D... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5dwa | ||||||
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Title | Crystal structure of pre-specific restriction endonuclease AgeI-DNA complex | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / restriction endonuclease / PD-(D/E)XK nuclease / protein-DNA complex | ||||||
Function / homology | BsaWI restriction endonuclease type 2 / BsaWI restriction endonuclease type 2 / type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA / DNA (> 10) / Type II restriction enzyme AgeI Function and homology information | ||||||
Biological species | Thalassobius gelatinovorus (bacteria) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / molecular replacement / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Tamulaitiene, G. / Jovaisaite, V. / Grazulis, S. / Siksnys, V. | ||||||
Funding support | Lithuania, 1items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2017 Title: Restriction endonuclease AgeI is a monomer which dimerizes to cleave DNA. Authors: Tamulaitiene, G. / Jovaisaite, V. / Tamulaitis, G. / Songailiene, I. / Manakova, E. / Zaremba, M. / Grazulis, S. / Xu, S.Y. / Siksnys, V. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5dwa.cif.gz | 262.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5dwa.ent.gz | 217.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5dwa.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/5dwa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/5dwa | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30577.520 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thalassobius gelatinovorus (bacteria) / Gene: ageIR / Plasmid: pRRS-AgeIRM / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): ER2566 References: UniProt: Q9KHV6, type II site-specific deoxyribonuclease #2: DNA chain | Mass: 3350.185 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal |
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Crystal grow |
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-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 14.3 % / Number: 245909 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / D res high: 2.6 Å / D res low: 43.153 Å / Num. obs: 17243 / % possible obs: 100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.5→79.809 Å / Num. all: 84560 / Num. obs: 84560 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 15.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.066 / Rsym value: 0.062 / Net I/av σ(I): 6.903 / Net I/σ(I): 24.7 / Num. measured all: 694292 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Phasing
Phasing |
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Phasing MAD set | Highest resolution: 3 Å / Lowest resolution: 20 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set shell |
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Phasing MAD set site | Atom type symbol: HG
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Phasing MAD shell |
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Phasing MR |
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Phasing dm | Method: Solvent flattening and Histogram matching / Reflection: 11228 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.5→40.27 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.28 / Phase error: 17.6 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 87.47 Å2 / Biso mean: 22.6389 Å2 / Biso min: 8.46 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.5→40.27 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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