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- PDB-5dwa: Crystal structure of pre-specific restriction endonuclease AgeI-D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dwa
タイトルCrystal structure of pre-specific restriction endonuclease AgeI-DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*G*)-3')
  • Type-2 restriction enzyme AgeI
キーワードHYDROLASE / restriction endonuclease / PD-(D/E)XK nuclease / protein-DNA complex
機能・相同性BsaWI restriction endonuclease type 2 / BsaWI restriction endonuclease type 2 / type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA / DNA (> 10) / Type II restriction enzyme AgeI
機能・相同性情報
生物種Thalassobius gelatinovorus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Tamulaitiene, G. / Jovaisaite, V. / Grazulis, S. / Siksnys, V.
資金援助リトアニア, 1件
組織認可番号国
Research Council of LithuaniaMIP-41/2013リトアニア
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Restriction endonuclease AgeI is a monomer which dimerizes to cleave DNA.
著者: Tamulaitiene, G. / Jovaisaite, V. / Tamulaitis, G. / Songailiene, I. / Manakova, E. / Zaremba, M. / Grazulis, S. / Xu, S.Y. / Siksnys, V.
履歴
登録2015年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月11日Group: Database references
改定 1.22017年5月3日Group: Database references
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type-2 restriction enzyme AgeI
B: Type-2 restriction enzyme AgeI
C: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*G*)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*G*)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,8554
ポリマ－67,8554
非ポリマー00
水9,440524
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7710 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area22680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.003, 79.806, 101.655
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Type-2 restriction enzyme AgeI / R.AgeI / Endonuclease AgeI / Type II restriction enzyme AgeI


分子量: 30577.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thalassobius gelatinovorus (バクテリア)
遺伝子: ageIR / プラスミド: pRRS-AgeIRM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566
参照: UniProt: Q9KHV6, type II site-specific deoxyribonuclease
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*GP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*CP*G*)-3')


分子量: 3350.185 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
11.9737.65
21.9737.65
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2911蒸気拡散法, シッティングドロップ法5.50.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), 19% PEG3350
2912蒸気拡散法, シッティングドロップ法5.50.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), 19% PEG3350

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG X1210.99985
回転陽極RIGAKU MICROMAX-007 HF21.5418
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2008年12月8日mirrors
RIGAKU RAXIS IV++2IMAGE PLATE2009年2月9日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.999851
21.54181
Reflection冗長度: 14.3 % / 数: 245909 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / D res high: 2.6 Å / D res low: 43.153 Å / Num. obs: 17243 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
8.2243.1510.0390.03912.4
5.818.2210.0430.04313.9
4.755.8110.0490.04914.2
4.114.7510.0480.04814.4
3.684.1110.0570.05714.4
3.363.6810.0690.06914.4
3.113.3610.0940.09414.5
2.913.1110.1270.12714.5
2.742.9110.1770.17714.4
2.62.7410.2350.23514.1
反射解像度: 1.5→79.809 Å / Num. all: 84560 / Num. obs: 84560 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 15.32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.066 / Rsym value: 0.062 / Net I/av σ(I): 6.903 / Net I/σ(I): 24.7 / Num. measured all: 694292
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.5-1.5850.1973.861889124580.1070.1974.7100
1.58-1.6850.1484.859251118620.0780.1487.3100
1.68-1.794.80.1116.253679111320.0590.11110.699.9
1.79-1.944.40.0897.34428699770.0490.08914.496.3
1.94-2.124.10.0827.53556086820.0470.08219.690.9
2.12-2.376.30.1065.95084980100.040.10625.892.5
2.37-2.7417.40.0867.613472677270.0210.08639.5100
2.74-3.3517.20.069.711322765710.0150.0656100
3.35-4.7417.50.05510.49026451600.0130.05576.8100
4.74-79.809170.05210.45056129810.0130.05279.899.9

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位相決定

位相決定
手法
単波長異常分散
分子置換
Phasing MAD set最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 20 Å
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)
111.71-20
18.28-11.71
16.4-8.28
15.22-6.4
14.4-5.22
13.81-4.4
13.36-3.81
13-3.36
Phasing MAD set site

Atom type symbol: HG

IDB isoFract xFract yFract zOccupancyOccupancy iso
1-6.4790.5141.4480.1660.3380.481
20.9710.5620.9940.8620.350.479
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
11.71-200.5680.5110.63722112299
8.28-11.710.5360.530.551375267108
6.4-8.280.5420.5320.575646493153
5.22-6.40.5050.4920.5621008819189
4.4-5.220.4130.4080.44314131184229
3.81-4.40.380.3690.44919241654270
3.36-3.810.3460.340.38625002192308
3-3.360.3460.3350.43731372789348
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.74 Å55.36 Å
Translation1.74 Å55.36 Å
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 11228
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
8.77-10063.80.583507
6.89-8.7752.10.79503
5.99-6.8953.70.743508
5.41-5.9962.30.757510
5-5.4159.10.756507
4.7-554.50.746506
4.45-4.7520.76514
4.25-4.4560.20.69506
4.09-4.2570.60.647505
3.94-4.0970.70.62506
3.81-3.9465.50.637505
3.7-3.8167.90.625505
3.6-3.7690.583501
3.51-3.6700.636501
3.43-3.5174.60.613512
3.35-3.4370.90.61505
3.29-3.3570.90.543507
3.22-3.2971.70.583532
3.16-3.2270.50.631523
3.1-3.1675.80.601548
2.99-3.175.10.451017

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLM6.2.6データ削減
SCALA3.2.19データスケーリング
MLPHARE6位相決定
MOLREP6位相決定
直接法6位相決定
Coot0.6.1モデル構築
PHENIX1.8.3精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→40.27 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.28 / 位相誤差: 17.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1852 8036 10.06 %Random selection
Rwork0.1517 143711 --
obs0.155 84472 96.19 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.47 Å2 / Biso mean: 22.6389 Å2 / Biso min: 8.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→40.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4271 444 0 524 5239
Biso mean---31.35 -
残基数----578
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065110
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0227043
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04763
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005868
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7261948
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.5170.25355350.19444949548499
1.517-1.53490.22455820.179449305512100
1.5349-1.55360.21755610.16774919548099
1.5536-1.57330.21045420.16344976551899
1.5733-1.5940.20046020.16244957555999
1.594-1.61580.19325280.15414946547499
1.6158-1.63890.20516140.14934823543799
1.6389-1.66340.21795670.15444922548999
1.6634-1.68940.21445930.14444934552799
1.6894-1.71710.21095060.14474878538499
1.7171-1.74670.19245360.14925048558499
1.7467-1.77840.18955410.14114905544698
1.7784-1.81260.20275480.1384862541098
1.8126-1.84960.19475470.14184764531196
1.8496-1.88990.18355780.13714673525194
1.8899-1.93380.18334570.13434600505792
1.9338-1.98220.21275100.14864421493189
1.9822-2.03580.18154560.15434366482287
2.0358-2.09570.19994560.16024245470185
2.0957-2.16330.18784600.15744215467584
2.1633-2.24060.19434650.14984135460083
2.2406-2.33030.18214880.15594340482887
2.3303-2.43640.20135060.155650485554100
2.4364-2.56480.19065810.152449435524100
2.5648-2.72550.18435870.160749455532100
2.7255-2.93580.17755310.162350065537100
2.9358-3.23120.18115810.166749825563100
3.2312-3.69840.1875780.149449685546100
3.6984-4.65850.15785030.129350285531100
4.6585-40.2850.15215330.155949835516100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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