[日本語] English
万見
- PDB-5dvf: Crystal structure of unliganded periplasmic glucose binding prote... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dvf
タイトルCrystal structure of unliganded periplasmic glucose binding protein (ppGBP) from P. putida CSV86
要素Binding protein component of ABC sugar transporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Periplasmic glucose binding protein / ABC transporter / Pseudomonas / crystallization
機能・相同性: / cell envelope / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Probable sugar-binding periplasmic protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas putida CSV86 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Pandey, S. / Modak, A. / Phale, P.S. / Bhaumik, P.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Dept. of Biotechnology, Govt. of IndiaBT/PR4954/BRB/10/1063/2012 インド
Ramalingaswami Fellowship, Dept. of Biotechnology, Govt. of India インド
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: High Resolution Structures of Periplasmic Glucose-binding Protein of Pseudomonas putida CSV86 Reveal Structural Basis of Its Substrate Specificity
著者: Pandey, S. / Modak, A. / Phale, P.S. / Bhaumik, P.
履歴
登録2015年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月24日Group: Database references
改定 1.22016年4月27日Group: Database references
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Binding protein component of ABC sugar transporter
B: Binding protein component of ABC sugar transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4344
ポリマ－90,2422
非ポリマー1922
水4,270237
1
A: Binding protein component of ABC sugar transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2172
ポリマ－45,1211
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area200 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area16350 Å2
手法PISA
2
B: Binding protein component of ABC sugar transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2172
ポリマ－45,1211
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area16370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.440, 154.620, 60.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-656-

HOH

21B-712-

HOH

31B-713-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Binding protein component of ABC sugar transporter / Periplasmic glucose binding protein / ppGBP


分子量: 45120.875 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 24-421 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida CSV86 (バクテリア)
株: CSV86 / 遺伝子: CSV86_10737 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H7BRJ8
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.04 % / 解説: Rod shaped crystals
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 0.1 M phosphate citrate buffer and 2 M ammonium sulphate
PH範囲: 4.2 - 4.8 / Temp details: 295

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年1月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. obs: 28150 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.24 % / Net I/σ(I): 9.27
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 7.24 % / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→19.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 20.733 / SU ML: 0.229 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.811 / ESU R Free: 0.31 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25323 1408 5 %RANDOM
Rwork0.18112 ---
obs0.18478 26741 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.309 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.81 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.74 Å2-0 Å2
3----1.55 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→19.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5936 0 10 239 6185
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0196080
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025774
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5291.9418264
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8233.00113286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3875774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.56825.896268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.30415988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.6781516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2908
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217016
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021352
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7571.4893108
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7571.4893107
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3052.2293878
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.3052.233879
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9441.6042972
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.9251.5972964
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.5742.3424374
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.90811.976951
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 102 -
Rwork0.268 1929 -
obs--99.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5507-1.48670.04455.3553.05048.0157-0.0270.02040.014-0.0036-0.19260.2107-0.3152-0.33630.21960.0658-0.00540.00150.2336-0.0030.338496.5546169.887942.3471
23.64061.2417-0.82445.4861-0.68693.92160.05110.0485-0.12090.0915-0.00140.33620.067-0.2518-0.04970.0620.01160.00990.0464-0.00210.0344107.3762157.597846.0218
30.4896-0.01140.29920.61740.20030.8834-0.02710.00810.0901-0.0140.00960.0593-0.127-0.05810.01750.0210.00770.00730.01440.0050.0429110.6896167.350767.5038
43.1169-0.2371-0.48460.464-1.65136.7226-0.16010.0717-0.221-0.0963-0.1603-0.1530.50310.4780.32040.27330.0038-0.0260.31210.07870.524985.8867172.390180.793
50.60880.1516-0.03751.0352-0.91292.52450.0028-0.0288-0.0744-0.05-0.0666-0.12360.09030.21950.06380.02870.0054-0.01360.0286-0.01240.084174.751180.7261.555
60.6088-0.04570.26220.9503-0.62772.9924-0.0343-0.01320.07620.0879-0.0956-0.1524-0.19920.18430.12990.0261-0.0026-0.00810.0543-0.00590.084771.258180.90760.181
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 59
2X-RAY DIFFRACTION2A60 - 141
3X-RAY DIFFRACTION3A142 - 421
4X-RAY DIFFRACTION4B26 - 74
5X-RAY DIFFRACTION5B75 - 330
6X-RAY DIFFRACTION6B331 - 421

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る