PDB-5dva: Fragments bound to the OXA-48 beta-lactamase: Compound 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dva

タイトル

Fragments bound to the OXA-48 beta-lactamase: Compound 1

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / inhibitor / complex / fragment / lactamase

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.50003891197 Å

データ登録者

Lund, B.A. / Christopeit, T. / Leiros, H.-K.S.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Screening and Design of Inhibitor Scaffolds for the Antibiotic Resistance Oxacillinase-48 (OXA-48) through Surface Plasmon Resonance Screening.
著者: Lund, B.A. / Christopeit, T. / Guttormsen, Y. / Bayer, A. / Leiros, H.K.

履歴

登録	2015年9月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月22日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5dva.ent.gz	492.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5dva_validation.pdf.gz	471.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dva_full_validation.pdf.gz	475.9 KB	表示
XML形式データ	5dva_validation.xml.gz	43.9 KB	表示
CIF形式データ	5dva_validation.cif.gz	61.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/5dva ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dv/5dva	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dtkC 5dtsC 5dttC 3hbrS 4s2p S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5faq-d 7khq-d 5dts-1 5dts-3 7ass-2 6uvk-2 5dtt-2 6goa-1 6p98-d 5oe2-2 4wmc-2 5oe2-1 4s2k-2 6v1o-1 4s2j-1 5oe0-d 6nlw-2 6uvk-1 7kh9-d 3hbr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

C: Beta-lactamase

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

114 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

C: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57 kDa, 2 ポリマー
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2

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57 kDa, 2 ポリマー
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3

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57 kDa, 2 ポリマー
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4

C: Beta-lactamase

ヘテロ分子

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
57 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.037, 109.660, 124.241
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 28298.029 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP Residues 22-265 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla OXA-48, blaOXA-48, KPE71T_00045 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-5FL / 3-(pyridin-4-yl)benzoic acid / 3-(4-ピリジニル)安息香酸分子量: 199.205 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₉NO₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 639 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.56 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5 8-12% PEG8000 4% 1-butanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→19.5 Å / Num. obs: 43599 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 28.2501862195 Å² / Net I/σ(I): 4
反射シェル	解像度: 2.5→2.589 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.2995 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_2328	精密化
XDS	20141118	データ削減
PHASER	2.5.6	位相決定
Aimless	0.5.23	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HBR

3hbr

解像度: 2.50003891197→19.9456465678 Å / SU ML: 0.322668444729 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33346939847 / 位相誤差: 34.785499436
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286625681077	3992	4.85757048466 %
R_work	0.231534375454	78189	-
obs	0.234174451067	43599	99.0597991827 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.2515689691 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.50003891197→19.9456465678 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7928	0	62	639	8629

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00212163464813	8229
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.453471842809	11135
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0422021825806	1157
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00157876535692	1520
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.6125901059	4867

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.5294	0.349983693491	142	0.309646720327	2713	X-RAY DIFFRACTION	99.2353145638
2.5294-2.5602	0.332229193095	145	0.304893251448	2696	X-RAY DIFFRACTION	99.370409234
2.5602-2.5925	0.319324945308	139	0.309817045696	2733	X-RAY DIFFRACTION	99.0344827586
2.5925-2.6266	0.407009147466	105	0.304487004419	2672	X-RAY DIFFRACTION	98.440269408
2.6266-2.6625	0.380498527422	128	0.306646021221	2673	X-RAY DIFFRACTION	98.4188334505
2.6625-2.7004	0.403335978206	119	0.314743018792	2749	X-RAY DIFFRACTION	98.998964446
2.7004-2.7406	0.38516274732	128	0.281662013124	2669	X-RAY DIFFRACTION	99.2547906317
2.7406-2.7833	0.311148446639	125	0.287762117841	2695	X-RAY DIFFRACTION	99.1212653779
2.7833-2.8288	0.342666843004	130	0.272374748128	2727	X-RAY DIFFRACTION	99.0981616372
2.8288-2.8775	0.305902745985	143	0.283148172731	2677	X-RAY DIFFRACTION	99.2608236536
2.8775-2.9296	0.342548457827	148	0.283382390173	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.3038635573
2.9296-2.9858	0.309934157845	161	0.284178568141	2638	X-RAY DIFFRACTION	98.9395546129
2.9858-3.0465	0.307692019118	137	0.271196892564	2775	X-RAY DIFFRACTION	98.9802855201
3.0465-3.1125	0.35219509756	154	0.270537946441	2647	X-RAY DIFFRACTION	98.8355681016
3.1125-3.1847	0.345028385296	141	0.264794977884	2675	X-RAY DIFFRACTION	98.6339754816
3.1847-3.264	0.320961971847	109	0.269230940735	2720	X-RAY DIFFRACTION	99.3328651685
3.264-3.3518	0.348062876486	148	0.24972750815	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.3384401114
3.3518-3.45	0.28633164539	159	0.226782460238	2674	X-RAY DIFFRACTION	99.4035087719
3.45-3.5607	0.303874795084	121	0.225477673851	2736	X-RAY DIFFRACTION	99.4430908458
3.5607-3.6872	0.299025523467	130	0.219040307074	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.2209631728
3.6872-3.8339	0.227677111926	137	0.208654479811	2744	X-RAY DIFFRACTION	99.6196403873
3.8339-4.007	0.207021778226	134	0.194390064804	2724	X-RAY DIFFRACTION	99.6860830136
4.007-4.2164	0.257939782796	133	0.19207251547	2682	X-RAY DIFFRACTION	98.5989492119
4.2164-4.4778	0.204095485054	139	0.184641388829	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.0250696379
4.4778-4.819	0.254616933994	148	0.169864435239	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.4755244755
4.819-5.2957	0.241557959216	160	0.176288198669	2665	X-RAY DIFFRACTION	99.0880392845
5.2957-6.0433	0.242110517506	138	0.195615094099	2666	X-RAY DIFFRACTION	98.3859649123
6.0433-7.5447	0.290422427307	153	0.211398851826	2701	X-RAY DIFFRACTION	98.9941033646
7.5447-19.9463	0.220924287465	138	0.1726397329	2654	X-RAY DIFFRACTION	98.2061202955

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.570990594076	0.0230121660448	-0.179482543129	1.09581242733	-0.098381576633	1.58057903146	0.0546155484111	-0.07470127858	0.00521626249781	0.101480798256	-0.0255170329875	0.0428694692083	-0.0105474163408	0.0430043446286	-0.0496174273083	0.451784971626	-0.0103514775666	-0.0827323889514	0.228603061694	-0.0231256975256	0.198468858127	91.0874263572	263.938672975	2.80163374888
2	0.689710029846	-0.00836154091395	0.174541978366	1.25149878391	0.374625145166	1.34724693763	0.00486659821191	-0.119466108878	-0.0436063765823	0.0996404908016	0.0316096562605	0.0184574301648	0.0266420476779	-0.0757438983507	-0.0372367182044	0.614489282925	-0.0275895436977	-0.0858901811566	0.256072106162	0.00306439164201	0.240321399459	91.1926186564	224.316111409	-2.82516625874
3	0.573700541109	-0.12901549404	0.247968940538	1.52532059513	-0.576693988241	1.87397256849	-0.0540072195526	0.00415178260987	0.00596645900595	-0.061413789393	0.115416579297	0.106755984706	-0.227085395739	-0.0338240757793	-0.0661162045979	0.478589889536	0.0255492998729	-0.052012743689	0.234192512183	0.00771121868742	0.208216461339	87.3007233131	226.180421521	31.813898077
4	1.05380003799	0.1012989186	0.162811667718	1.23824828446	-0.182836372973	1.41579404265	-0.0431220389386	0.0426709961452	0.0290217418875	0.0181905541416	0.0695440344676	0.0653834609818	-0.182892634038	-0.112322545486	0.00489326652206	0.600878715614	0.0155363498176	0.0956186756209	0.241083504658	0.0105235336098	0.238084589631	132.712479826	231.410226276	31.7170477041

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain 'A' and resid 24 through 265)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain 'B' and resid 24 through 265)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain 'C' and resid 24 through 265)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain 'D' and resid 24 through 265)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

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