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Yorodumi- PDB-6nlw: The crystal structure of class D carbapenem-hydrolyzing beta-lact... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6nlw | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | The crystal structure of class D carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase BlaA from Shewanella oneidensis MR-1 | ||||||
Components | Beta-lactamase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / beta-lactamase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationpenicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Shewanella oneidensis (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Tan, K. / Tesar, C. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
| Funding support | United States, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be PublishedTitle: The crystal structure of class D carbapenem-hydrolyzing beta-lactamase BlaA from Shewanella oneidensis MR-1 Authors: Tan, K. / Tesar, C. / Endres, M. / Joachimiak, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6nlw.cif.gz | 422.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6nlw.ent.gz | 346.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6nlw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6nlw_validation.pdf.gz | 520.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6nlw_full_validation.pdf.gz | 525.6 KB | Display | |
| Data in XML | 6nlw_validation.xml.gz | 42.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 6nlw_validation.cif.gz | 60.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/6nlw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/6nlw | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5oe0S S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data | |
| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 28405.115 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Shewanella oneidensis (bacteria) / Gene: blaOXA-54 / Plasmid: pMCSG53 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 7 types, 582 molecules 












| #2: Chemical | ChemComp-GOL / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Chemical | ChemComp-FMT / #6: Chemical | ChemComp-PEG / | #7: Chemical | ChemComp-MLA / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.47 Å3/Da / Density % sol: 50.11 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 / Details: 3.15M Ammonium Sulphate, 0.1M Sodium Citrate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-BM / Wavelength: 0.97933 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 210r / Detector: CCD / Date: Oct 11, 2018 / Details: mirror |
| Radiation | Monochromator: Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97933 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.85→40 Å / Num. obs: 96799 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 22.765 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.111 / Χ2: 1.515 / Net I/σ(I): 21.39 |
| Reflection shell | Resolution: 1.85→1.88 Å / Redundancy: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4811 / CC1/2: 0.733 / Rpim(I) all: 0.396 / Rrim(I) all: 0.85 / Χ2: 1.048 / % possible all: 100 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 5OE0 Resolution: 1.85→39.029 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.91
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→39.029 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Shewanella oneidensis (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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