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- PDB-5dud: Crystal structure of E. coli YbgJK -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dud
タイトルCrystal structure of E. coli YbgJK
要素
  • YbgJ
  • YbgK
キーワードUNKNOWN FUNCTION / protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


5-oxoprolinase (ATP-hydrolysing) / 5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing) activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
KipI family / Carboxyltransferase domain, subdomain A and B / Carboxyltransferase domain, subdomain A and B / Allophanate hydrolase subunit 2 / Carboxyltransferase domain, subdomain C and D / Carboxyltransferase domain, subdomain C and D / Allophanate hydrolase subunit 1 / Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-like domain superfamily ...KipI family / Carboxyltransferase domain, subdomain A and B / Carboxyltransferase domain, subdomain A and B / Allophanate hydrolase subunit 2 / Carboxyltransferase domain, subdomain C and D / Carboxyltransferase domain, subdomain C and D / Allophanate hydrolase subunit 1 / Cyclophilin-like / Cyclophilin / Cyclophilin-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-oxoprolinase subunit B / 5-oxoprolinase subunit C
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Arbing, M.A. / Kaufmann, M. / Shin, A. / Medrano-Soto, A. / Cascio, D. / Eisenberg, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM071909-01A2 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of E. coli YbgJK
著者: Arbing, M.A. / Kaufmann, M. / Shin, A. / Medrano-Soto, A. / Cascio, D. / Eisenberg, D.
履歴
登録2015年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22017年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YbgK
B: YbgJ
C: YbgK
D: YbgJ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,7964
ポリマ－116,7964
非ポリマー00
水2,990166
1
A: YbgK
B: YbgJ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3982
ポリマ－58,3982
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2990 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area21180 Å2
手法PISA
2
C: YbgK
D: YbgJ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3982
ポリマ－58,3982
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3040 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area21190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.110, 88.780, 83.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 YbgK


分子量: 34429.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: ybgK, b0712, JW0702 / プラスミド: pET46Ek/LIC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P75745
#2: タンパク質 YbgJ


分子量: 23968.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: ybgJ, b0711, JW0701 / プラスミド: pET46 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P0AAV4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Reservoir solution: 0.1 M Bicine, pH 8.5, 20% PEG 6000. Protein storage buffer: 20 mM Tris-pH 8.0, 300 mM NaCl, 10% glycerol. Additives: TCEP, malonamide.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→15 Å / Num. obs: 23159 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.67 % / Biso Wilson estimate: 71.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.43
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.8-2.883.770.8090.4782.666466175917140.55797.4
2.88-2.960.8770.3943.156311164516500.459100
2.96-3.040.8990.3094.016181162216180.3699.8
3.04-3.130.9350.2375.346052158515830.27699.9
3.13-3.240.9490.196.65813152315240.222100
3.24-3.350.9680.1448.635741151215040.16799.5
3.35-3.480.9790.12411.064665144614070.14997.3
3.48-3.620.9850.11511.095118136613570.13499.3
3.62-3.780.9860.09514.464173132412650.11595.5
3.78-3.960.9890.0816.424003128412270.09695.6
3.96-4.180.9960.05919.454517120812030.06999.6
4.18-4.430.9960.04923.284279115111440.05799.4
4.43-4.740.9970.04325.493942106710650.0599.8
4.74-5.120.9960.04226.8336719979930.04999.6
5.12-5.610.9960.04325.934689379340.0599.7
5.61-6.270.9970.04325.2330078188180.05100
6.27-7.240.9970.04127.5527357587550.04899.6
7.24-8.870.9980.03131.5122566296250.03699.4
8.87-12.540.9990.02636.6218014964960.031100
12.540.9990.02936.469282832770.03497.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MR-Rosetta位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MML

3mml


解像度: 2.8→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8217 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7726 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.443
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2876 1185 5.15 %RANDOM
Rwork0.2675 ---
obs0.2685 22991 98.62 %-
原子変位パラメータBiso mean: 48.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.078 Å20 Å2-3.5418 Å2
2--3.2709 Å20 Å2
3----5.3489 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.782 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14165 0 0 166 14331
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00814341HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9525878HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3909SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes148HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2229HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it14341HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.51
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.27
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion969SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14710SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.92 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3383 135 4.96 %
Rwork0.3495 2586 -
all0.3489 2721 -
obs--98.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4675-0.0796-0.17741.6397-0.66150.75980.0677-0.008-0.0877-0.0214-0.1086-0.05490.0681-0.10150.0409-0.2023-0.0243-0.0561-0.13910.02350.0322-22.370328.215153.5344
27.3584-2.14570.63510.74920.17121.5024-0.02550.11640.1760.06220.00930.0052-0.11310.13660.0162-0.2165-0.0823-0.0096-0.20460.03210.01321.403244.044647.689
32.8863-1.3517-0.89131.2885-0.19831.8525-0.0185-0.28750.00310.00340.0554-0.0182-0.2524-0.0753-0.0368-0.14580.0084-0.0438-0.1461-0.0228-0.09414.113825.197995.0363
40.3888-0.15430.1241.07930.35792.88580.00980.0641-0.1512-0.0186-0.03620.03950.1350.03980.0264-0.18740.0076-0.0811-0.1373-0.01360.080710.66497.998372.0911
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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