PDB-5dub: Context-independent anti-hypusine antibody FabHpu98 in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dub

タイトル

Context-independent anti-hypusine antibody FabHpu98 in complex with deoxyhypusine

要素

Fab Hpu98 Heavy chain
Fab Hpu98 Light chain
Peptide: GLY-5GG-GLY-ALA

キーワード

IMMUNE SYSTEM / deoxyhypusine / antibody / FabHpu98 / eIF5A

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2 Å

データ登録者

Zhai, Q. / Carter, P.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural Analysis and Optimization of Context-Independent Anti-Hypusine Antibodies.
著者: Zhai, Q. / He, M. / Song, A. / Deshayes, K. / Dixit, V.M. / Carter, P.J.

履歴

登録	2015年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月3日	Group: Database references
改定 1.2	2016年3月2日	Group: Database references
改定 2.0	2019年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence カテゴリ: citation / entity_poly ...citation / entity_poly / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_special_symmetry Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dub.cif.gz	334.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dub.ent.gz	285 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dub.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dub_validation.pdf.gz	495.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dub_full_validation.pdf.gz	500.4 KB	表示
XML形式データ	5dub_validation.xml.gz	33 KB	表示
CIF形式データ	5dub_validation.cif.gz	47.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/5dub ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/du/5dub	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5drnC 5ds8C 5dscC 5dtfC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6bpb-d 3eyo-2 2zkh-d 2bmk-1 7jwp-6 3dro-d 5tkk-d 6x1t-3 4tul-d 5yfi-d 1jgl-d 1f4y-d 1ct8-3 2gcy-d 1l7i-d 4xh2-5 6u3z-1 5b6f-3 4qxg-d 6u3z-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fab Hpu98 Heavy chain

B: Fab Hpu98 Light chain

H: Fab Hpu98 Heavy chain

L: Fab Hpu98 Light chain

P: Peptide: GLY-5GG-GLY-ALA

ヘテロ分子

94.7 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fab Hpu98 Heavy chain

B: Fab Hpu98 Light chain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

H: Fab Hpu98 Heavy chain

L: Fab Hpu98 Light chain

P: Peptide: GLY-5GG-GLY-ALA

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
47.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.672, 293.976, 68.819
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-305- SO4
2	1	H-307- SO4

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P

#3: タンパク質・ペプチド	Peptide: GLY-5GG-GLY-ALA 分子量: 402.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
抗体 , 2種, 4分子 AHBL

#1: 抗体	Fab Hpu98 Heavy chain 分子量: 23483.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	Fab Hpu98 Light chain 分子量: 22624.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 262分子

#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.34 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 15% PEG8000 0.4M Li2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→43 Å / Num. obs: 74438 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Net I/σ(I): 16

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

解像度: 2→43 Å / FOM work R set: 0.82 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2196	3526	5.06 %
R_work	0.181	70673	-
obs	0.1829	74438	98.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 156.66 Å² / B_iso mean: 53.88 Å² / B_iso min: 26 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2→43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6287	0	121	235	6643
B_iso mean	-	-	82.26	50.76	-
残基数	-	-	-	-	845

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	6556
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.344	8939
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.094	1055
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1116
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.397	2263

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.0019	0.3022	97	0.266	1813	1910	69
2.0019-2.0283	0.2939	146	0.254	2587	2733	100
2.0283-2.0561	0.2744	144	0.2417	2598	2742	100
2.0561-2.0854	0.2666	120	0.2301	2650	2770	100
2.0854-2.1166	0.2559	143	0.219	2594	2737	100
2.1166-2.1496	0.2615	137	0.2156	2614	2751	100
2.1496-2.1849	0.2873	151	0.2077	2601	2752	100
2.1849-2.2226	0.2501	128	0.2142	2646	2774	100
2.2226-2.263	0.2959	141	0.2147	2602	2743	100
2.263-2.3065	0.2731	148	0.2123	2644	2792	100
2.3065-2.3536	0.2422	136	0.2015	2605	2741	100
2.3536-2.4047	0.2611	129	0.1983	2653	2782	100
2.4047-2.4607	0.218	147	0.1954	2632	2779	100
2.4607-2.5222	0.2593	155	0.1963	2614	2769	100
2.5222-2.5904	0.2809	117	0.1931	2643	2760	100
2.5904-2.6666	0.2788	144	0.1934	2660	2804	100
2.6666-2.7527	0.2801	151	0.1994	2635	2786	100
2.7527-2.851	0.2841	129	0.202	2644	2773	100
2.851-2.9652	0.2499	151	0.2042	2619	2770	100
2.9652-3.1001	0.2269	148	0.2025	2671	2819	100
3.1001-3.2635	0.2356	147	0.1982	2647	2794	100
3.2635-3.4678	0.2238	136	0.1953	2671	2807	100
3.4678-3.7355	0.2111	124	0.1685	2685	2809	100
3.7355-4.1111	0.1748	129	0.1584	2705	2834	100
4.1111-4.7053	0.1489	140	0.1347	2697	2837	100
4.7053-5.9258	0.1858	162	0.1466	2722	2884	100
5.9258-42.9104	0.2121	165	0.1842	2821	2986	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5261	0.2234	0.2167	0.1315	0.0689	0.0564	-0.1742	-0.3089	-0.2376	-0.0513	-0.0402	-0.1525	0.5948	0.3825	-0.0003	0.4639	0.0246	0.0081	0.4239	0.0076	0.4475	40.0831	122.6672	19.866
2	1.814	0.1576	0.0626	1.812	0.6274	0.635	0.0353	0.0673	-0.1434	-0.04	-0.0918	-0.0812	0.0431	0.0347	-0.0001	0.42	-0.0098	-0.0212	0.2864	0.0012	0.3328	29.3125	116.105	21.4443
3	0.7779	-0.4229	-0.017	0.5915	0.5146	0.634	0.0996	0.0308	-0.054	-0.0113	0.0014	0.1811	0.0811	-0.1562	0.0001	0.4364	-0.0333	-0.0007	0.3431	0.0046	0.3646	29.0868	123.4095	22.1791
4	1.0868	0.419	0.5838	0.508	0.0768	0.3051	-0.1385	-0.298	0.1108	-0.16	-0.0245	-0.2557	-0.3652	0.2299	-0.0179	0.4691	0.0262	0.01	0.3302	-0.0207	0.2859	41.9601	158.1342	20.2607
5	0.8741	0.2294	0.0916	0.7859	-0.4058	0.1986	-0.0556	-0.0362	-0.0782	0.0078	0.1333	0.0206	-0.0098	-0.3451	0.0001	0.4248	0.0007	0.004	0.4392	-0.0019	0.2638	38.8605	146.356	20.4378
6	0.5038	0.2316	0.1198	0.2629	-0.3336	0.7593	-0.049	0.0236	-0.129	0.3327	-0.189	-0.2268	-0.0346	-0.131	-0.0011	0.3533	-0.0056	-0.0131	0.296	-0.0251	0.2427	45.8198	151.736	25.6827
7	0.0542	-0.1144	0.4128	0.4412	0.0275	0.2635	0.2168	0.0322	-0.0602	-0.8601	-0.2298	0.4237	0.088	-0.335	-0.0014	0.4406	0.0114	-0.132	0.5096	-0.0842	0.5282	9.2359	132.6088	18.7237
8	0.6495	-0.5999	-0.0847	0.4705	-0.0646	0.616	0.17	-0.1062	-0.3227	-0.0031	-0.2462	0.2132	0.2886	-0.1948	0	0.4313	-0.0891	-0.0661	0.3813	-0.0584	0.5036	11.4095	121.5399	23.3531
9	0.5913	-0.629	0.1893	0.5165	0.1446	0.5838	-0.0935	-0.1027	0.1071	0.2755	0.0191	-0.0318	0.2068	0.0058	-0.0002	0.3575	-0.051	0.0129	0.3879	-0.021	0.4151	15.6611	129.5488	32.0921
10	0.5017	-0.0093	-0.2596	1.0389	-0.6421	0.1497	0.1201	0.0932	0.0057	-0.5155	-0.1766	0.3945	-0.0791	-0.1456	-0	0.3646	-0.0288	-0.0805	0.3536	-0.0498	0.4005	12.4184	127.8803	23.1858
11	0.0106	0.12	-0.0376	0.1051	-0.0443	-0.0123	0.0685	0.1181	-0.0345	-0.2521	0.0394	0.4735	-0.028	0.0472	-0.0002	0.4458	0.0513	-0.0079	0.4269	-0.0035	0.4208	14.9554	149.3892	23.1953
12	0.0941	0.042	0.1002	0.1963	0.1216	0.1413	-0.0006	-0.1507	0.0383	-0.0062	-0.151	-0.0684	0.0287	0.4755	0.0003	0.3905	0.0366	0.0287	0.4845	0.0765	0.3778	41.0576	159.2954	13.0353
13	0.8016	-0.281	-0.1714	0.4605	-0.1162	0.1684	0.1234	0.3652	0.0802	-0.2054	-0.0501	0.1469	0.018	-0.221	-0	0.38	0.0305	-0.0145	0.4495	0.025	0.2717	28.3334	156.4289	10.535
14	1.151	-0.6323	0.5187	0.3327	-0.2782	0.1064	0.0571	0.1738	-0.0194	-0.1322	-0.165	0.1854	0.0129	-0.1312	-0.0077	0.3859	0.0077	-0.0169	0.3541	0.012	0.2646	30.5728	153.3231	14.8146
15	1.447	0.552	-0.4221	1.0924	-0.0361	0.4507	0.3543	0.4138	1.2609	-0.4729	-0.3111	0.4785	0.0351	-0.0875	-0.1045	0.4973	0.1676	0.0504	0.5654	0.2229	0.503	28.3795	163.8459	8.1428
16	0.229	-0.3978	0.1161	0.5193	-0.5361	0.65	0.2882	-0.1076	0.8856	-0.2414	-0.3305	-0.2016	-0.5334	0.5025	-0.0358	0.5059	0.0276	-0.0026	0.3849	0.1208	0.6254	33.2209	167.6161	11.3602
17	0.2531	0.1708	0.1833	0.0824	0.013	0.1406	-0.0989	0.2481	-0.7195	0.1303	0.3016	0.7737	0.1742	-0.4309	0.0006	0.5094	-0.0442	0.0683	0.5422	-0.0562	0.723	10.197	93.6919	24.353
18	1.9971	-0.6815	1.0044	1.0019	0.711	1.5906	-0.1716	-0.0949	-0.3003	0.6325	0.106	0.1668	-0.0636	-0.139	-0	0.5722	-0.0241	0.1143	0.349	0.0262	0.504	20.1779	90.5862	31.6279
19	0.7163	0.3021	0.2769	0.5271	0.3453	0.3784	-0.1717	0.1207	-0.0932	0.2478	-0.0234	-0.1681	-0.0935	-0.1388	-0.0015	0.4237	-0.0281	0.0344	0.3443	-0.0265	0.5316	21.2461	91.2635	24.2369
20	1.6063	0.4442	0.0444	0.4251	-0.5462	0.7011	-0.0296	0.0491	-0.0331	-0.092	0.0288	-0.0262	-0.1269	0.1788	-0	0.4246	0.0339	0.0074	0.6141	-0.1424	0.4715	12.8628	95.8071	-2.0239
21	0.2437	0.0123	0.0251	0.3253	-0.2731	0.2073	-0.041	0.0359	-0.3917	0.1886	0.4092	-0.048	0.412	-0.184	0.0681	0.3944	-0.0182	0.0095	0.6822	-0.177	0.5276	6.6927	90.304	-3.8761
22	0.4077	0.0177	-0.1205	0.5506	-0.1648	0.5317	0.0084	0.2425	0.0089	0.4218	-0.22	-0.6051	-0.1679	0.3721	-0.0513	0.3835	-0.0936	-0.0323	0.5383	0.1168	0.6869	40.4238	92.9949	21.9173
23	0.184	-0.2332	-0.2354	0.3164	0.0175	0.5148	0.1582	0.5617	-0.214	-0.1999	-0.3119	-0.343	0.2621	0.3633	0.0001	0.3931	0.0424	0.0279	0.6065	-0.007	0.6338	38.7456	84.6652	19.0544
24	0.3274	-0.3132	0.0635	0.1481	-0.1771	0.0524	0.2134	0.4919	0.0799	0.1666	-0.2662	-0.6124	0.654	0.3745	-0.0007	0.5281	0.0892	0.0614	0.6497	0.0189	0.6018	36.6887	89.088	13.4046
25	0.0691	0.0178	-0.097	0.0044	-0.0972	0.0741	-0.3232	0.0748	0.0201	0.6359	0.1976	-0.4312	-0.923	-0.0486	-0.0003	0.6594	-0.0286	-0.0568	0.3995	0.0302	0.5917	32.5378	95.0675	31.7016
26	0.1196	0.2994	0.0171	0.2618	-0.2882	0.2265	0.1575	0.7234	0.0078	-0.2306	-0.3361	0.025	0.2349	0.7933	0.0005	0.5804	0.1059	0.1201	1.0515	0.0268	0.6059	32.3379	96.1981	-4.3189
27	0.0406	0.0328	0.0771	0.0396	-0.034	0.2189	0.0513	0.4972	0.292	0.0258	0.0499	-0.0579	-0.3599	-0.2988	-0.0001	0.5929	0.1435	0.0614	1.0393	0.1392	0.6366	11.3061	105.1997	-8.8398
28	0.0388	-0.077	-0.075	0.0524	-0.0717	-0.0096	-0.3986	0.0733	0.4056	0.1639	0.6551	0.1452	-0.7506	0.8555	0.0013	0.685	-0.0713	0.1127	1.0437	0.128	0.8945	29.1589	104.1264	-7.7391
29	0.0079	-0.055	0.0532	0.0453	-0.0446	0.0168	-0.1419	0.2398	0.0723	-0.4416	0.4012	0.3528	0.0766	0.0878	0.0001	0.7174	-0.1536	0.1186	0.7768	0.0723	0.776	22.0491	111.8826	-5.6989
30	0.0111	-0.0242	-0.0207	0.0203	0.0125	-0.0122	-0.1784	0.605	0.3596	-0.5749	0.1217	-0.5328	-0.0893	0.6663	-0	0.5017	0.0449	0.043	0.976	-0.0475	0.5604	31.1444	91.3537	-1.1157
31	0.0167	0.0256	-0.0575	0.0339	-0.11	0.0992	0.1796	0.5982	0.3701	0.0212	-0.0766	0.4147	-0.7424	0.3493	-0.0001	0.8466	-0.0079	-0.014	0.7981	0.1723	0.8083	13.5901	111.3747	-7.897
32	0.132	0.2503	-0.0233	0.3534	0.007	0.0965	-0.4508	0.3245	0.4423	-0.0453	0.0377	-0.0004	-0.9021	0.2006	-0.0014	0.7923	-0.0222	0.0287	1.2512	0.3073	0.8042	23.0257	108.7596	-15.6989
33	0.1572	-0.1258	0.0575	0.0706	-0.0128	0.059	0.6269	-0.2594	-0.2167	0.418	0.31	-0.4885	-0.0299	0.0076	0.0005	0.8039	-0.0167	-0.0765	0.4683	0.0108	0.8341	37.4093	83.5203	38.9782

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 22 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 23 through 82 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 82A through 116 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 117 through 140 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 141 through 180 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 181 through 210 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 25 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 26 through 38 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 39 through 61 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 62 through 101 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 102 through 113 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 114 through 128 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 129 through 162 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 163 through 186 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 187 through 199 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 200 through 211 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'H' and (resid 3 through 22 )	H
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'H' and (resid 23 through 82 )	H
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'H' and (resid 82A through 116 )	H
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'H' and (resid 117 through 181 )	H
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'H' and (resid 182 through 210 )	H
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'L' and (resid 1 through 38 )	L
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'L' and (resid 39 through 75 )	L
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'L' and (resid 76 through 90 )	L
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'L' and (resid 91 through 101 )	L
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'L' and (resid 102 through 118 )	L
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'L' and (resid 119 through 137 )	L
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'L' and (resid 138 through 149 )	L
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'L' and (resid 150 through 162 )	L
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'L' and (resid 163 through 173 )	L
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'L' and (resid 174 through 186 )	L
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'L' and (resid 187 through 208 )	L
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'P' and (resid 3 through 6 )	P

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P

-
抗体 , 2種, 4分子 AHBL

-
非ポリマー , 3種, 262分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P

-抗体 , 2種, 4分子 AHBL

-非ポリマー , 3種, 262分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P

-
抗体 , 2種, 4分子 AHBL

-
非ポリマー , 3種, 262分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)