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万見
- PDB-5du3: Active form of human C1-inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5du3
タイトルActive form of human C1-inhibitor
要素Plasma protease C1 inhibitor
キーワードhydrolase inhibitor / Serine protease inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of complement activation, lectin pathway / Defective SERPING1 causes hereditary angioedema / blood circulation / complement activation, classical pathway / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / platelet alpha granule lumen / Regulation of Complement cascade / serine-type endopeptidase inhibitor activity / blood coagulation ...negative regulation of complement activation, lectin pathway / Defective SERPING1 causes hereditary angioedema / blood circulation / complement activation, classical pathway / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / platelet alpha granule lumen / Regulation of Complement cascade / serine-type endopeptidase inhibitor activity / blood coagulation / Platelet degranulation / : / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / innate immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors
類似検索 - ドメイン・相同性
Plasma protease C1 inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Pannu, N.S. / Dijk, M. / Holkers, J. / Voskamp, P. / Giannetti, B.M. / Waterreus, W.J. / van Veen, H.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: How Dextran Sulfate Affects C1-inhibitor Activity: A Model for Polysaccharide Potentiation.
著者: Dijk, M. / Holkers, J. / Voskamp, P. / Giannetti, B.M. / Waterreus, W.J. / van Veen, H.A. / Pannu, N.S.
履歴
登録2015年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasma protease C1 inhibitor
B: Plasma protease C1 inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5602
ポリマ－85,5602
非ポリマー00
水2,720151
1
A: Plasma protease C1 inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7801
ポリマ－42,7801
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Plasma protease C1 inhibitor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7801
ポリマ－42,7801
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.410, 75.380, 203.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: CYS / Beg label comp-ID: CYS / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Refine code: _ / Auth seq-ID: 101 - 476 / Label seq-ID: 5 - 380

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Plasma protease C1 inhibitor / C1Inh / C1 esterase inhibitor / C1-inhibiting factor / Serpin G1


分子量: 42780.234 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 119-500 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPING1, C1IN, C1NH / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P05155
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% PEG3350 w/v and 200 mM KF with a crystallization drop size of 1 microlitre and a protein content of 70% w/v

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.953 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→57.4 Å / Num. obs: 52693 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / CC1/2: 0.622 / Rpim(I) all: 0.431 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OAY

2oay


解像度: 2.1→57.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 13.723 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.215 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25697 2647 5 %RANDOM
Rwork0.20567 ---
obs0.20818 49868 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.186 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.78 Å20 Å20 Å2
2---0.92 Å20 Å2
3---1.7 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→57.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5946 0 0 151 6097
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0196077
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.025925
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0661.978244
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.628313676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2555753
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.45124.819249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.927151093
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5851522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.2977
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0216702
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.021336
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.42.3853011
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.42.3843010
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9543.5493755
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.9543.553756
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6092.6913066
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6082.6923067
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.423.9024490
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.86918.6896623
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.86418.6016591
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 43950 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.16 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.345 188 -
Rwork0.315 3620 -
obs--99.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.14140.22010.21710.41960.30851.46370.04940.00660.04740.061-0.05650.06240.09220.02420.00710.1868-0.00240.02610.3042-0.020.02640.17867.57844.637
20.61960.0379-0.19450.33690.0261.7729-0.092-0.069-0.0498-0.113-0.02580.0331-0.13080.02490.11780.18370.0042-0.02020.29490.00820.01429.32977.7698.023
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A100 - 475
2X-RAY DIFFRACTION2B101 - 475

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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