[日本語] English
万見
- PDB-5hgc: A Serpin structure -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5hgc
タイトルA Serpin structure
要素Serpin
キーワードBLOOD CLOTTING / Serpin / complex / Cortisol
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,6-diamino-2,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranose / Chem-HCY / Serpin domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Taeniopygia guttata (キンカチョウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Das, S. / Vashchenko, G.V. / Van Petegem, F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: A Serpin structure
著者: Vashchenko, G.V. / Das, S. / Moon, K.-M. / Rogalski, J.C. / Taves, M.D. / Soma, K.K. / Van Petegem, F. / Foster, L.J. / Hammond, G.L.
履歴
登録2016年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Serpin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8567
ポリマ－42,9311
非ポリマー9256
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Serpin
ヘテロ分子

A: Serpin
ヘテロ分子

A: Serpin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,56721
ポリマ－128,7933
非ポリマー2,77518
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area8750 Å2
ΔGint-213 kcal/mol
Surface area45520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.150, 116.150, 72.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-502-

SO4

21A-502-

SO4

31A-503-

SO4

-
要素

#1: タンパク質 Serpin


分子量: 42930.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Taeniopygia guttata (キンカチョウ)
遺伝子: SERPINA12-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H0ZQY2
#2: 化合物 ChemComp-HCY / (11alpha,14beta)-11,17,21-trihydroxypregn-4-ene-3,20-dione / CORTISOL / コルチゾ-ル


分子量: 362.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30O5 / コメント: 薬剤, ホルモン*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 糖 ChemComp-BDG / 2,6-diamino-2,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranose / O-2,6-DIAMINO-2,6-DIDEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSE / 2,6-diamino-2,6-dideoxy-alpha-D-glucose / 2,6-diamino-2,6-dideoxy-D-glucose / 2,6-diamino-2,6-dideoxy-glucose / 2,6-ジアミノ-2,6-ジデオキシ-α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 178.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14N2O4
識別子タイププログラム
DGlcpN[6N]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-GlcpN6NIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 200 mM NaCl, 1.75 M Ammonium Sulphate, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月11日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator with cryo-cooled 1st crystal sagittally bent 2nd crystal followed by vertically focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→58 Å / Num. obs: 21288 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.3 % / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.43→2.48 Å / 冗長度: 11.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HP7

1hp7


解像度: 2.43→58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 8.251 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.267 / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21692 1085 5.1 %RANDOM
Rwork0.16158 ---
obs0.16439 20209 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.859 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20.03 Å20 Å2
2--0.06 Å2-0 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2942 0 58 186 3186
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0193128
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9681.9734258
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2165384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.95624.676139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.56715525
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3951511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1320.2488
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212340
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.4493.6971522
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4515.5331909
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.1244.0231606
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.53330.6844793
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.43→2.489 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 77 -
Rwork0.306 1497 -
obs--99.87 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る