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- PDB-4m51: Crystal structure of amidohydrolase nis_0429 (ser145ala mutant) f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m51
タイトルCrystal structure of amidohydrolase nis_0429 (ser145ala mutant) from nitratiruptor sp. sb155-2
要素Amidohydrolase family protein
キーワードHYDROLASE / AMIDOHYDROLASE / IRON BINDING SITE / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


aminodeoxyfutalosine deaminase / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / menaquinone biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel ...: / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / : / Aminodeoxyfutalosine deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Nitratiruptor sp. SB155-2 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.08 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Toro, R. / Gobble, A. / Raushel, F.M. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Deamination of 6-aminodeoxyfutalosine in menaquinone biosynthesis by distantly related enzymes.
著者: Goble, A.M. / Toro, R. / Li, X. / Ornelas, A. / Fan, H. / Eswaramoorthy, S. / Patskovsky, Y. / Hillerich, B. / Seidel, R. / Sali, A. / Shoichet, B.K. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. / Tanner, M.E. / Raushel, F.M.
履歴
登録2013年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月2日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amidohydrolase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9105
ポリマ－48,3981
非ポリマー5124
水10,971609
1
A: Amidohydrolase family protein
ヘテロ分子

A: Amidohydrolase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,82110
ポリマ－96,7962
非ポリマー1,0258
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area3220 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area29560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.163, 75.788, 76.291
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.99, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1013-

HOH

21A-1091-

HOH

31A-1179-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Amidohydrolase family protein


分子量: 48397.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nitratiruptor sp. SB155-2 (バクテリア)
株: SB155-2 / 遺伝子: NIS_0429 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A6Q234

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非ポリマー , 5種, 613分子

#2: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 609 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.03 %
結晶化pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES:NAOH, PH 7.5, 0.2M LITHIUM SULFATE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月18日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.08→50 Å / Num. obs: 182346 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 6.1 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.08→1.1 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 91.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3V7P

3v7p


解像度: 1.08→33.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.986 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.981 / SU B: 0.577 / SU ML: 0.013 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.022 / ESU R Free: 0.023 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.135 5505 3 %RANDOM
Rwork0.117 ---
obs0.118 176841 95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.54 Å20 Å20.32 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3----0.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.08→33.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3183 0 30 609 3822
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193532
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023438
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6141.9744830
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8923.0017969
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3375464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.25624.845161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.63815637
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4481513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2548
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024007
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02798
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2351.2261688
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1851.2251687
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3591.8532128
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.3681.8532129
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5091.6571844
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.5091.6571844
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.3642.3152674
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.4636.5234786
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.4636.5234787
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.75236970
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free34.144596
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.14857402
LS精密化 シェル解像度: 1.08→1.11 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.432 378 -
Rwork0.406 12362 -
obs--89.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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