PDB-6neu: FAD-dependent monooxygenase TropB from T. stipitatus R206Q variant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6neu

タイトル

FAD-dependent monooxygenase TropB from T. stipitatus R206Q variant

要素

FAD-dependent monooxygenase tropB

キーワード

FLAVOPROTEIN / oxidative dearomatization

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素 / secondary metabolite biosynthetic process / FAD binding / monooxygenase activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Talaromyces stipitatus

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Rodriguez Benitez, A. / Tweedy, S.E. / Baker Dockrey, S.A. / Lukowski, A.L. / Wymore, T. / Khare, D. / Brooks, C.L. / Palfey, B.A. / Smith, J.L. / Narayan, A.R.H.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM124880	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	DK042303	米国

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2019
タイトル: Structural basis for selectivity in flavin-dependent monooxygenase-catalyzed oxidative dearomatization.
著者: Rodriguez Benitez, A. / Tweedy, S.E. / Baker Dockrey, S.A. / Lukowski, A.L. / Wymore, T. / Khare, D. / Brooks 3rd, C.L. / Palfey, B.A. / Smith, J.L. / Narayan, A.R.H.

履歴

登録	2018年12月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6neu.cif.gz	409.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6neu.ent.gz	273.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6neu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/6neu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/6neu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nesSC 6netC 6nevC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6nev-d 6net-d 5wg6-2 4ian-d 6znd-d 3q03-d 6nes-d 5l1z-d 6vr0-3 6vr0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FAD-dependent monooxygenase tropB

B: FAD-dependent monooxygenase tropB

ヘテロ分子

102 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

2

A: FAD-dependent monooxygenase tropB

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
50.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: FAD-dependent monooxygenase tropB

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
50.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.801, 184.173, 163.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-680- HOH

#1: タンパク質	FAD-dependent monooxygenase tropB / Tropolone synthesis protein B 分子量: 49912.758 Da / 分子数: 2 / 変異: R206Q / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Talaromyces stipitatus (strain ATCC 10500 / CBS 375.48 / QM 6759 / NRRL 1006) (菌類) 株: ATCC 10500 / CBS 375.48 / QM 6759 / NRRL 1006 / 遺伝子: tropB, tsL1, TSTA_117740 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8M9J8
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.6 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.11 M ammonium tartrate dibasic, 6% hexanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→46.91 Å / Num. obs: 47799 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.9 % / B_iso Wilson estimate: 50.7 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.192 / Net I/σ(I): 1.45
反射シェル	解像度: 2.3→2.382 Å / R_merge(I) obs: 1.48 / CC_1/2: 0.735

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
Coot	1.14_3260	モデル構築
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NES

6nes

解像度: 2.3→46.91 Å / SU ML: 0.4012 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.5219

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2508	3825	4.18 %
R_work	0.1906	-	-
obs	0.1931	47766	99.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→46.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6767	0	114	137	7018

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	7127
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2121	9673
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0573	1015
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0078	1256
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.5098	4212

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.33	0.3519	129	0.3257	3032	X-RAY DIFFRACTION	94.05
2.33-2.36	0.4072	146	0.337	3301	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.39	0.3755	142	0.3209	3229	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.39-2.43	0.3499	140	0.3317	3283	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.43-2.46	0.4388	143	0.3132	3245	X-RAY DIFFRACTION	99.88
2.46-2.5	0.3194	140	0.3115	3193	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.5-2.54	0.3004	146	0.282	3323	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.54-2.59	0.3679	137	0.2904	3223	X-RAY DIFFRACTION	99.7
2.59-2.63	0.3639	144	0.2564	3260	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.63-2.68	0.2985	140	0.2346	3211	X-RAY DIFFRACTION	99.64
2.68-2.74	0.2505	145	0.2265	3308	X-RAY DIFFRACTION	99.74
2.74-2.8	0.3	144	0.2553	3200	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.8-2.86	0.3377	142	0.2563	3255	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.86-2.93	0.3076	146	0.2551	3286	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.93-3.01	0.4136	140	0.2373	3223	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.01-3.1	0.3473	141	0.2672	3254	X-RAY DIFFRACTION	99.88
3.1-3.2	0.4089	142	0.2542	3258	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.32	0.2937	145	0.2262	3249	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.32-3.45	0.2411	142	0.1916	3242	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.45-3.61	0.2417	140	0.174	3286	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-3.8	0.2344	144	0.176	3283	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8-4.03	0.2391	138	0.1503	3217	X-RAY DIFFRACTION	100
4.03-4.35	0.2053	146	0.1284	3266	X-RAY DIFFRACTION	100
4.35-4.78	0.1613	143	0.1315	3243	X-RAY DIFFRACTION	100
4.78-5.47	0.1938	141	0.14	3300	X-RAY DIFFRACTION	100
5.47-6.89	0.1976	134	0.1553	3239	X-RAY DIFFRACTION	99.97
6.89-46.92	0.161	145	0.1357	3269	X-RAY DIFFRACTION	99.91

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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