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万見
- PDB-5dts: Fragments bound to the OXA-48 beta-lactamase: Compound 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dts
タイトルFragments bound to the OXA-48 beta-lactamase: Compound 2
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / inhibitor / complex / fragment / lactamase
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-(pyridin-3-yl)benzoic acid / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94015871727 Å
データ登録者Lund, B.A. / Christopeit, T. / Leiros, H.-K.S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Screening and Design of Inhibitor Scaffolds for the Antibiotic Resistance Oxacillinase-48 (OXA-48) through Surface Plasmon Resonance Screening.
著者: Lund, B.A. / Christopeit, T. / Guttormsen, Y. / Bayer, A. / Leiros, H.K.
履歴
登録2015年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月22日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,06010
ポリマ－113,1924
非ポリマー8686
水16,358908
1
C: Beta-lactamase
ヘテロ分子

A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0305
ポリマ－56,5962
非ポリマー4343
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x+1/2,-y,z+1/21
手法PISA
2
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子

C: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0305
ポリマ－56,5962
非ポリマー4343
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x+1/2,-y,z-1/21
Buried area2020 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area20010 Å2
手法PISA
3
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子

B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0305
ポリマ－56,5962
非ポリマー4343
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x+1/2,-y,z+1/21
手法PISA
4
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子

D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,0305
ポリマ－56,5962
非ポリマー4343
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x+1/2,-y,z-1/21
Buried area1990 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area20110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.600, 109.630, 125.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase


分子量: 28298.029 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla OXA-48, blaOXA-48, KPE71T_00045 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-5F8 / 3-(pyridin-3-yl)benzoic acid / 3-(3-ピリジル)安息香酸


分子量: 199.205 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H9NO2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 908 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.18 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.5 8-12 % PEG 8000 4% 1-butanol / Temp details: room temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→54.3 Å / Num. obs: 89763 / % possible obs: 97.98 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.1927 / Net I/σ(I): 5.24
反射 シェル解像度: 1.94→2.009 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.8377 / Mean I/σ(I) obs: 1.29

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2328精密化
XDS20141118データ削減
PHASER2.5.6位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3hbr

3hbr


解像度: 1.94015871727→54.2995348531 Å / SU ML: 0.263039254699 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3435487607 / 位相誤差: 32.9423613013
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274457195951 1999 2.22729805014 %Random selection
Rwork0.238805431291 87751 --
obs0.239620913037 89750 97.9632378624 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.5565186019 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94015871727→54.2995348531 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7884 0 62 908 8854
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002356278688648144
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48144664016711024
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04176014110851152
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002031652036481472
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.38445411994800
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9402-1.98870.4035250515071150.3799054794635037X-RAY DIFFRACTION79.5921520161
1.9887-2.04250.3534381762261420.3264157797626244X-RAY DIFFRACTION99.0384615385
2.0425-2.10260.3136795510181440.3011826359056279X-RAY DIFFRACTION99.1050763771
2.1026-2.17040.2994724468161430.2751348602916290X-RAY DIFFRACTION99.4127646423
2.1704-2.2480.2846907964881430.2583052320826311X-RAY DIFFRACTION99.2312423124
2.248-2.3380.3026161563171430.2554059066016254X-RAY DIFFRACTION99.0707759021
2.338-2.44440.2574876182381450.2431265444436355X-RAY DIFFRACTION99.4796449342
2.4444-2.57330.2460505264041440.2326650915366330X-RAY DIFFRACTION99.6459904571
2.5733-2.73450.2744645803711450.2330774903956360X-RAY DIFFRACTION99.617151608
2.7345-2.94560.2745372232031450.2320763138166358X-RAY DIFFRACTION99.5865237366
2.9456-3.2420.3025256737831450.2417279091586369X-RAY DIFFRACTION99.6329152646
3.242-3.71110.2759960131421460.2198983727916419X-RAY DIFFRACTION99.1991538229
3.7111-4.67510.2291111431961470.1976842248696455X-RAY DIFFRACTION99.5326398311
4.6751-54.32080.25633205331520.2225073212146690X-RAY DIFFRACTION99.1737933034
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.488032891197-0.0378458861956-0.1863400232061.4990267855-0.6084470759641.17334949724-0.00965496344419-0.02188594429360.0229587447396-0.02598283278090.07216086610160.121235042684-0.0188987165507-0.04989324005484.70333204942E-50.1375215852560.04592085755830.02987237389520.205331346920.02244809130580.13424447944141.0220001589-6.9745471766630.3105894691
20.671840246561-0.118342510123-0.3101415986881.66743441797-0.5557113898181.39668452381-0.0342428095211-0.01398480256-0.06811764813250.04087556445890.1069664168670.08280284016670.132499547429-0.193578078499-0.04670423111940.141913841294-0.0355238619095-0.0384011806660.1829419269370.02337315787160.145357232615-3.77724306332-12.385962802430.408761159
30.4369009113510.00666194166696-0.04699444909861.300801934420.4196490839181.403626207260.0087916498294-0.02672729909110.00610890689548-0.1400063761170.01634710518070.0405352004368-0.06821198000390.025086354721-0.03088589759680.2138531523840.00226031927231-0.04199334351390.208199979054-0.01004211100760.1620612164530.214576123489-10.276381493665.2381448166
40.4737649079330.035561021497-0.2784923448541.387388447150.4114158791121.301262159770.03773878950690.05200488601550.0345980475952-0.117935036736-0.00968348940088-0.0528292760885-0.1796661048170.0329708001208-0.002711614512740.1383549178110.01452090901510.0242577303040.1710018279830.003089111643870.14379858168945.0322086642-4.8501943060565.234242534
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 25 through 265)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 25 through 265)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 25 through 265)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 25 through 265)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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