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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ds8
タイトルContext-independent anti-hypusine antibody FabHpu98 in complex with hypusine
要素
  • Fab Hou98 Light Chain
  • Fab Hpu98 Heavy Chain
  • Tetrapeptide GLY-HPU-GLY-ALA
キーワードIMMUNE SYSTEM / hypusine / antibody / FabHpu98 / eIF5A
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Zhai, Q. / Carter, P.J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 2016
タイトル: Structural Analysis and Optimization of Context-Independent Anti-Hypusine Antibodies.
著者: Zhai, Q. / He, M. / Song, A. / Deshayes, K. / Dixit, V.M. / Carter, P.J.
履歴
登録2015年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月3日Group: Derived calculations
改定 1.22016年3月2日Group: Database references
改定 1.32016年5月4日Group: Non-polymer description
改定 2.02020年2月19日Group: Derived calculations / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fab Hpu98 Heavy Chain
B: Fab Hou98 Light Chain
H: Fab Hpu98 Heavy Chain
L: Fab Hou98 Light Chain
P: Tetrapeptide GLY-HPU-GLY-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,00021
ポリマ-92,6335
非ポリマー1,36716
4,360242
1
A: Fab Hpu98 Heavy Chain
B: Fab Hou98 Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,87011
ポリマ-46,1072
非ポリマー7639
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
H: Fab Hpu98 Heavy Chain
L: Fab Hou98 Light Chain
P: Tetrapeptide GLY-HPU-GLY-ALA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,13010
ポリマ-46,5263
非ポリマー6047
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.005, 294.085, 68.737
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-476-

HOH

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要素

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 P

#3: タンパク質・ペプチド Tetrapeptide GLY-HPU-GLY-ALA


分子量: 418.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Synthemis (昆虫)

-
抗体 , 2種, 4分子 AHBL

#1: 抗体 Fab Hpu98 Heavy Chain


分子量: 23483.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Fab Hou98 Light Chain


分子量: 22624.021 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 258分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG8000 0.5M Li2SO4 15.7mg/ml

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→41.2 Å / Num. obs: 78566 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.4 % / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.851 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DRN
解像度: 1.95→41.2 Å / FOM work R set: 0.8319 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2235 3971 5.06 %
Rwork0.1827 74432 -
obs0.1847 78403 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 131.15 Å2 / Biso mean: 49.44 Å2 / Biso min: 19.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→41.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6239 0 74 242 6555
Biso mean--60.94 45.63 -
残基数----837
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0146486
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4968868
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1221052
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071111
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7342248
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9503-1.97410.30911260.27032497262394
1.9741-1.99910.27811490.24062576272599
1.9991-2.02540.24611480.22326512799100
2.0254-2.05320.24631500.222725902740100
2.0532-2.08250.24391220.215327142836100
2.0825-2.11360.24681330.204325772710100
2.1136-2.14660.25121480.207226672815100
2.1466-2.18180.27751590.202325962755100
2.1818-2.21940.23231270.210226772804100
2.2194-2.25980.27791360.191626342770100
2.2598-2.30320.24081470.200326582805100
2.3032-2.35020.23051420.19626182760100
2.3502-2.40130.27731230.192626702793100
2.4013-2.45720.23871530.192326322785100
2.4572-2.51860.25721510.192526582809100
2.5186-2.58670.25441220.192626752797100
2.5867-2.66280.27151480.189426452793100
2.6628-2.74870.25531470.196226672814100
2.7487-2.8470.29021390.2126692808100
2.847-2.96090.23651520.202926412793100
2.9609-3.09560.2331470.20226692816100
3.0956-3.25880.24281460.199426642810100
3.2588-3.46280.21881350.192827002835100
3.4628-3.73010.2181270.174227012828100
3.7301-4.10510.19311310.164727162847100
4.1051-4.69840.15511400.137427212861100
4.6984-5.91670.20161610.151827292890100
5.9167-41.18880.22791620.19482820298298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.14730.55390.10910.749-0.09320.2615-0.018-0.3698-0.18920.1626-0.059-0.35270.57090.34250.00020.41180.0102-0.00860.37440.01240.358540.231122.691319.858
22.29260.05310.14872.82850.93181.0550.07390.062-0.1437-0.0812-0.1066-0.0850.1736-0.0045-0.00010.3509-0.0147-0.03670.23090.0110.287429.454116.115321.4376
31.4674-0.4862-0.37620.95510.92141.6661-0.00320.0028-0.2545-0.0183-0.03410.15340.1542-0.25170.00030.3628-0.0169-0.01280.28480.00580.328129.1873123.485522.0709
41.60630.63880.83160.3195-0.04560.9455-0.2204-0.23750.0837-0.3991-0.0068-0.0223-0.43260.0407-0.00560.41030.056-0.02040.2573-0.00610.237942.4064156.161519.6684
51.39650.0788-0.09961.8176-1.11210.5586-0.0360.0207-0.1013-0.07160.09990.2020.044-0.34470.00030.2880.0011-0.00350.32340.00260.186338.7825146.656520.6127
62.01970.35670.63760.4176-0.53991.1945-0.1342-0.05860.17850.5897-0.0213-0.289-0.1508-0.09180.00030.37260.0318-0.00930.2681-0.01070.192446.8093151.579725.7959
7-0.1981-0.5850.80881.8510.39570.18580.1195-0.0664-0.0478-0.7796-0.1740.39740.2364-0.377-0.05090.37020.0134-0.10760.4395-0.07150.41239.4346132.715718.6156
80.9793-1.02150.37580.9348-0.32461.02610.3465-0.1-0.04750.315-0.26670.39080.5059-0.33820.00260.3218-0.097-0.07730.3386-0.03780.353711.549121.717823.1865
90.8939-0.79270.29410.52050.2570.83830.0469-0.09660.18180.349-0.04320.0380.15380.095100.2681-0.0664-0.00410.34040.00140.354815.7677129.604532.0086
100.3048-0.31260.24640.8436-0.88741.23940.17190.04060.0141-0.2915-0.23490.40940.0162-0.08990.00010.2845-0.0312-0.05110.3222-0.07070.422310.5301132.117225.8199
110.3260.05850.02260.69960.28670.0988-0.13410.0092-0.0155-1.27460.12680.31670.0969-0.470.0030.512-0.0275-0.14630.3554-0.05490.395317.1056118.187216.3648
12-0.00420.3082-0.24520.2235-0.32110.30230.16950.07050.0523-0.085-0.03890.2001-0.0142-0.04260.00010.32540.0292-0.00510.35050.00750.371915.1074149.470323.2663
130.2118-0.09510.12370.1262-0.03470.0729-0.04740.20150.36660.0851-0.053500.11370.0503-0.00030.34980.02110.04770.39750.05990.306141.2171159.398613.0531
142.3114-0.4844-0.66760.3390.22530.35670.0380.23370.1234-0.1586-0.05660.15790.0958-0.07650.00010.32870.0189-0.01910.35450.01440.248626.6993154.619514.4326
150.9592-0.7956-0.09060.4441-0.18560.4003-0.19731.27310.1906-0.27260.1909-0.07460.6014-0.9003-0.00120.36710.0680.01020.42170.0850.232238.436157.20975.4359
162.21440.4717-0.87491.5927-1.34150.33810.13380.42411.4946-0.3436-0.10840.4105-0.0177-0.1056-0.11220.42120.09390.00770.41410.16660.435729.4158165.15699.5767
170.39260.27770.05970.2964-0.20230.2964-0.12610.0922-0.73350.15690.18671.1450.296-0.3445-0.00080.4648-0.03310.07730.5015-0.03490.632810.237493.867124.254
182.2818-1.01990.70741.24290.88071.4981-0.0933-0.1156-0.36820.62130.0282-0.0279-0.08960.11650.00010.4782-0.04180.0370.28550.03020.482522.736889.490530.6964
192.5639-0.28831.0931.67840.22351.5015-0.16680.0347-0.33950.5086-0.01430.1802-0.0977-0.151200.428-0.04290.08510.2930.00210.473719.230791.860327.1835
202.81281.23130.60851.5424-1.16022.2529-0.02760.217-0.1588-0.3472-0.0244-0.2256-0.33330.42160.00030.33760.02830.0160.6343-0.13430.473312.825695.7643-1.7585
210.5226-0.2845-0.3250.91060.07070.1901-0.10770.2026-0.6381-0.1920.17060.5551-0.13380.59380.06850.42670.0197-0.07320.7975-0.28040.60968.455789.2853-4.8477
220.7660.20850.0656-0.0248-0.01250.109-0.08150.0252-0.4487-0.07360.40410.07640.50740.38030.00070.4440.0131-0.00770.6729-0.06060.44833.748692.394-0.8314
230.3914-0.36860.19690.6642-0.13930.724-0.06420.31010.09880.5206-0.2397-0.5444-0.16760.6046-0.04080.3622-0.1265-0.04680.61470.14630.648540.45693.074921.7222
241.9025-1.7190.47142.119-1.41561.83130.10270.4456-0.06230.0929-0.3427-0.3514-0.1020.4203-0.00060.2724-0.01490.02730.5030.01610.564937.090587.898820.0392
250.20270.7759-0.20552.2872-0.80520.8312-0.12491.1436-0.26160.0367-0.7409-0.51160.34880.0602-0.57050.25660.12670.19871.42120.02730.576937.673394.7771-0.1533
260.37320.6561-0.03260.7842-0.20613.66130.10950.62250.3379-0.1232-0.2213-0.0755-0.58410.3254-0.00030.5406-0.03880.04090.91290.11570.631121.26105.6165-9.2125
270.1825-0.03960.017-0.00510.03230.03261.2074-0.3341-0.16480.79550.1168-0.98-0.47230.15220.00520.697-0.0001-0.19440.5090.14220.895537.424983.852538.663
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 22 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 23 through 82 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 83A through 116 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 117 through 142 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 143 through 182 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 183 through 210 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 25 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 26 through 38 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 39 through 61 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 62 through 90 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 91 through 101 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 102 through 113 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 114 through 128 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 129 through 173 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 174 through 186 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 187 through 208 )B0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'H' and (resid 3 through 22 )H0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'H' and (resid 23 through 62 )H0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'H' and (resid 63 through 116 )H0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'H' and (resid 117 through 183 )H0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'H' and (resid 184 through 197 )H0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'H' and (resid 198 through 210 )H0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'L' and (resid 1 through 38 )L0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'L' and (resid 39 through 101 )L0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'L' and (resid 102 through 113 )L0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'L' and (resid 114 through 208 )L0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'P' and (resid 3 through 6 )P0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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