PDB-5ds4: Crystal structure the Escherichia coli Cas1-Cas2 complex bound to...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ds4

タイトル

Crystal structure the Escherichia coli Cas1-Cas2 complex bound to protospacer DNA

要素

(DNA (28-MER)) x 2
CRISPR-associated endonuclease Cas1
CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

キーワード

Hydrolase/DNA / CRISPR-Cas Systems / Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats / Integrases / Endodeoxyribonucleases / Endonucleases / DNA binding protein / Hydrolase-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

CRISPR-cas system / crossover junction DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / maintenance of CRISPR repeat elements / defense response to virus / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / DNA damage response / protein homodimerization activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Enterobacteria phage M13 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Nunez, J.K. / Harrington, L.B. / Kranzusch, P.J. / Engelman, A.N. / Doudna, J.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Foreign DNA capture during CRISPR-Cas adaptive immunity.
著者: Nunez, J.K. / Harrington, L.B. / Kranzusch, P.J. / Engelman, A.N. / Doudna, J.A.

履歴

登録	2015年9月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年11月11日	Group: Database references
改定 1.2	2015年12月9日	Group: Database references
改定 1.3	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5ds4.ent.gz	444.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ds4_validation.pdf.gz	478.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ds4_full_validation.pdf.gz	492.7 KB	表示
XML形式データ	5ds4_validation.xml.gz	42.5 KB	表示
CIF形式データ	5ds4_validation.cif.gz	57.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/5ds4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/5ds4	HTTPS FTP

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関連構造データ

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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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アクチノマイシン (Actinomycin)
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lac転写抑制因子 (lac Repressor)
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エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
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ヌクレオソーム (Nucleosome)
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制限酵素 (Restriction Enzymes)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: CRISPR-associated endonuclease Cas1

B: CRISPR-associated endonuclease Cas1

C: CRISPR-associated endonuclease Cas1

D: CRISPR-associated endonuclease Cas1

E: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

F: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2

G: DNA (28-MER)

H: DNA (28-MER)

174 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.020, 123.006, 196.012
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	CRISPR-associated endonuclease Cas1 分子量: 33322.496 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: ygbT, cas1, b2755, JW2725 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q46896, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: タンパク質	CRISPR-associated endoribonuclease Cas2 分子量: 11684.466 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: ygbF, cas2, b2754, JW5438 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P45956, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: DNA鎖	DNA (28-MER) 分子量: 8680.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Enterobacteria phage M13 (ファージ)
#4: DNA鎖	DNA (28-MER) 分子量: 8534.481 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Enterobacteria phage M13 (ファージ)

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.69 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM sodium citrate tribasic pH 5.6, 200 mM sodium acetate and 8% PEG 8000 (w/v)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→49.003 Å / Num. obs: 35808 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	解像度: 3.2→3.36 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.614 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4P6I

4p6i

解像度: 3.2→49.003 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2704	1997	5.58 %	10
R_work	0.2422	-	-	-
obs	0.2438	35770	99.69 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→49.003 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9375	1142	0	0	10517

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	10825
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.72	14917
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.448	4084
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.027	1731
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1713

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2003-3.2803	0.3941	138	0.3512	2330	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2803-3.369	0.3454	141	0.3344	2376	X-RAY DIFFRACTION	100
3.369-3.4681	0.3401	138	0.2989	2364	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4681-3.58	0.3258	141	0.2907	2382	X-RAY DIFFRACTION	100
3.58-3.7079	0.318	142	0.2869	2378	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7079-3.8563	0.3104	141	0.2918	2393	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8563-4.0318	0.3068	142	0.2673	2390	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0318-4.2442	0.2861	141	0.2371	2396	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2442-4.51	0.2511	143	0.2147	2405	X-RAY DIFFRACTION	100
4.51-4.8579	0.205	143	0.2054	2425	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8579-5.3462	0.2566	143	0.2208	2417	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3462-6.1186	0.2635	145	0.2378	2451	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1186-7.7039	0.2369	146	0.2287	2474	X-RAY DIFFRACTION	100
7.7039-49.0087	0.2119	153	0.1776	2592	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8443	0.4829	-0.3581	0.1548	0.4969	0.5084	-0.0046	-0.4318	0.2268	0.033	-0.0256	-0.3222	0.0741	0.0122	-0	1.1537	-0.0209	0.1332	0.8345	-0.0281	0.596	-10.1659	-0.2095	60.5927
2	2.716	-1.8664	1.1792	2.5696	0.1807	1.5291	-0.0791	-0.5097	-0.2406	0.5691	0.1568	-0.1786	-0.076	0.2369	0	0.6537	0.0197	-0.0664	0.5127	0.016	0.6132	-2.3311	-14.1753	55.7546
3	0.5318	0.3771	0.9437	0.0653	0.125	0.4303	0.0673	-0.0662	-0.4657	0.7153	-0.2908	-0.431	-0.0754	0.4125	0	1.0002	-0.0475	-0.1476	0.8422	0.1581	0.8723	-3.0682	-41.2276	67.1868
4	-0.0712	-0.4042	0.2173	-0.3251	-0.7707	0.0665	0.2116	0.1335	-1.122	-0.1841	-0.0595	0.0525	0.6909	0.0918	-0	0.8814	-0.0113	-0.0636	0.892	-0.0417	1.1888	-20.7972	-41.7611	60.8881
5	0.7181	-1.1507	-0.9535	1.4889	-0.4182	1.7846	-0.0361	0.297	-0.6255	0.1665	-0.0785	-0.0469	0.6284	-0.3698	-0	0.6154	-0.0661	-0.0833	0.6045	-0.0213	0.6317	-9.8178	-28.7123	56.4253
6	0.2044	0.2394	-0.4466	0.817	0.3432	0.1764	0.1182	0.5154	0.8913	-0.6419	-0.0481	0.1429	-0.5271	-0.8178	-0	0.8478	-0.0469	0.0453	0.8576	0.0251	0.9796	-28.2066	-29.0711	60.4067
7	0.4794	-0.0853	-0.5812	0.6494	-0.0986	0.2778	0.5083	-0.5284	-0.4799	-0.1375	-0.3562	0.9005	-1.2265	-0.6348	0	0.7281	-0.0374	-0.0471	0.6754	-0.0566	0.602	-23.4742	-19.5568	59.6285
8	0.0091	0.1091	-0.0658	0.4803	-0.0691	0.3821	0.0835	-0.8493	0.3829	0.441	0.6239	-1.2096	-0.3999	-0.0526	-0	1.0951	-0.2152	-0.1174	0.723	0.0869	0.6608	-0.4456	-26.0248	68.1523
9	3.0328	-1.2302	-0.3888	2.787	-0.5383	4.0016	-0.0033	-0.0349	0.1127	0.3442	0.0088	-0.1054	-0.2149	-0.0967	-0	0.4065	0.0583	-0.0284	0.433	0.0264	0.5187	-4.5706	-6.1958	39.4253
10	0.2733	-0.1747	-0.8371	1.2733	-0.7247	1.8276	-0.0391	-0.2745	-0.6358	0.1965	-0.1975	-0.3332	0.1406	0.3806	-0	0.7467	0.2318	-0.0787	0.7675	-0.0344	1.0394	19.167	-26.5136	47.0044
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精密化 TLSグループ

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27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 157 through 198 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 199 through 257 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 258 through 272 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 1 through 22 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 23 through 36 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 37 through 50 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 51 through 61 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 62 through 67 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 68 through 73 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'E' and (resid 74 through 83 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 84 through 93 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 1 through 9 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 10 through 21 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 22 through 36 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resid 37 through 50 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'F' and (resid 51 through 67 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'F' and (resid 68 through 83 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'F' and (resid 84 through 94 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'G' and (resid 1 through 20 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'G' and (resid 21 through 28 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'H' and (resid 1 through 8 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'H' and (resid 9 through 18 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'H' and (resid 19 through 28 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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