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Yorodumi- PDB-5ds5: Crystal structure the Escherichia coli Cas1-Cas2 complex bound to... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ds5 | ||||||
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Title | Crystal structure the Escherichia coli Cas1-Cas2 complex bound to protospacer DNA and Mg | ||||||
Components |
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Keywords | Hydrolase/DNA / Adaptive Immunity / CRISPR-Associated Proteins / CRISPR-Cas Systems / Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats / Integrases / Endodeoxyribonucleases / Endonucleases / DNA binding protein / Hydrolase-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information CRISPR-cas system / crossover junction DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA repair / DNA damage response / protein homodimerization activity ...CRISPR-cas system / crossover junction DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA repair / DNA damage response / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) Enterobacteria phage M13 (virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.951 Å | ||||||
Authors | Nunez, J.K. / Harrington, L.B. / Kranzusch, P.J. / Engelman, A.N. / Doudna, J.A. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nature / Year: 2015 Title: Foreign DNA capture during CRISPR-Cas adaptive immunity. Authors: Nunez, J.K. / Harrington, L.B. / Kranzusch, P.J. / Engelman, A.N. / Doudna, J.A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ds5.cif.gz | 555.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ds5.ent.gz | 455.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ds5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5ds5_validation.pdf.gz | 487.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5ds5_full_validation.pdf.gz | 501 KB | Display | |
Data in XML | 5ds5_validation.xml.gz | 42.9 KB | Display | |
Data in CIF | 5ds5_validation.cif.gz | 58.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/5ds5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/5ds5 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5ds4C 5ds6C 4p6iS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1
NCS ensembles :
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-Components
#1: Protein | Mass: 33322.496 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: ygbT, cas1, b2755, JW2725 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q46896, Hydrolases; Acting on ester bonds #2: Protein | Mass: 11684.466 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (strain K12) (bacteria) Strain: K12 / Gene: ygbF, cas2, b2754, JW5438 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: P45956, Hydrolases; Acting on ester bonds #3: DNA chain | | Mass: 8680.646 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Enterobacteria phage M13 (virus) #4: DNA chain | | Mass: 8534.481 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Enterobacteria phage M13 (virus) #5: Chemical | ChemComp-MG / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.02 Å3/Da / Density % sol: 59.26 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 50 mM MES, pH 6.1, 10% isopropanol and 20 mM MgCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 80 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 1.11587 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 15, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.11587 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.95→46.475 Å / Num. obs: 44960 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 9.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.95→3.06 Å / Redundancy: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.863 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4P6I Resolution: 2.951→46.475 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.69 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.951→46.475 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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