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Yorodumi- PDB-5ds4: Crystal structure the Escherichia coli Cas1-Cas2 complex bound to... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5ds4 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure the Escherichia coli Cas1-Cas2 complex bound to protospacer DNA | ||||||
Components |
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Keywords | Hydrolase/DNA / CRISPR-Cas Systems / Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats / Integrases / Endodeoxyribonucleases / Endonucleases / DNA binding protein / Hydrolase-DNA complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationCRISPR-cas system / crossover junction DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA repair / DNA damage response / protein homodimerization activity ...CRISPR-cas system / crossover junction DNA endonuclease activity / 5'-flap endonuclease activity / maintenance of CRISPR repeat elements / endonuclease activity / defense response to virus / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA repair / DNA damage response / protein homodimerization activity / DNA binding / metal ion binding / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() Enterobacteria phage M13 (virus) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.2 Å | ||||||
Authors | Nunez, J.K. / Harrington, L.B. / Kranzusch, P.J. / Engelman, A.N. / Doudna, J.A. | ||||||
| Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nature / Year: 2015Title: Foreign DNA capture during CRISPR-Cas adaptive immunity. Authors: Nunez, J.K. / Harrington, L.B. / Kranzusch, P.J. / Engelman, A.N. / Doudna, J.A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5ds4.cif.gz | 541.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5ds4.ent.gz | 444.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5ds4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5ds4_validation.pdf.gz | 478.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5ds4_full_validation.pdf.gz | 492.7 KB | Display | |
| Data in XML | 5ds4_validation.xml.gz | 42.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 5ds4_validation.cif.gz | 57.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/5ds4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/5ds4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5ds5C ![]() 5ds6C ![]() 4p6iS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 33322.496 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: K12 / Gene: ygbT, cas1, b2755, JW2725 / Production host: ![]() References: UniProt: Q46896, Hydrolases; Acting on ester bonds #2: Protein | Mass: 11684.466 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: K12 / Gene: ygbF, cas2, b2754, JW5438 / Production host: ![]() References: UniProt: P45956, Hydrolases; Acting on ester bonds #3: DNA chain | | Mass: 8680.646 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Enterobacteria phage M13 (virus)#4: DNA chain | | Mass: 8534.481 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) Enterobacteria phage M13 (virus) |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.05 Å3/Da / Density % sol: 59.69 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 100 mM sodium citrate tribasic pH 5.6, 200 mM sodium acetate and 8% PEG 8000 (w/v) |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 80 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.3.1 / Wavelength: 1.11587 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 15, 2015 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.11587 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 3.2→49.003 Å / Num. obs: 35808 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.128 / Net I/σ(I): 6.4 |
| Reflection shell | Resolution: 3.2→3.36 Å / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.614 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 99 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4P6I Resolution: 3.2→49.003 Å / SU ML: 0.47 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.92 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→49.003 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
|
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Enterobacteria phage M13 (virus)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 1items
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