PDB-5drz: Crystal structure of anti-HIV-1 antibody F240 Fab in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5drz

タイトル

Crystal structure of anti-HIV-1 antibody F240 Fab in complex with gp41 peptide

要素

Envelope glycoprotein gp160
HIV Antibody F240 Heavy Chain
HIV Antibody F240 Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / IgG / VIRAL PROTEIN / HIV gp41 ENVELOPE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.54 Å

データ登録者

Gohain, N. / Tolbert, W.D. / Pazgier, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Molecular basis for epitope recognition by non-neutralizing anti-gp41 antibody F240.
著者: Gohain, N. / Tolbert, W.D. / Orlandi, C. / Richard, J. / Ding, S. / Chen, X. / Bonsor, D.A. / Sundberg, E.J. / Lu, W. / Ray, K. / Finzi, A. / Lewis, G.K. / Pazgier, M.

履歴

登録	2015年9月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月24日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5drz.cif.gz	361.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5drz.ent.gz	296.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5drz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5drz_validation.pdf.gz	469.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5drz_full_validation.pdf.gz	478.3 KB	表示
XML形式データ	5drz_validation.xml.gz	33.9 KB	表示
CIF形式データ	5drz_validation.cif.gz	47.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/5drz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/5drz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tnnS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6cdo-d 6dcv-1 3mlw-1 4z8f-d 5mub-7 1cu4-d 1fl6-2 1yeg-d 6uc5-d 6vi2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (7) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (7) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (6) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (7)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (7)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (6)
#252 - 2020年12月
C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)

登録構造単位

L: HIV Antibody F240 Light Chain

H: HIV Antibody F240 Heavy Chain

A: HIV Antibody F240 Light Chain

B: HIV Antibody F240 Heavy Chain

Q: Envelope glycoprotein gp160

P: Envelope glycoprotein gp160

ヘテロ分子

107 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: HIV Antibody F240 Light Chain

H: HIV Antibody F240 Heavy Chain

P: Envelope glycoprotein gp160

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: HIV Antibody F240 Light Chain

B: HIV Antibody F240 Heavy Chain

Q: Envelope glycoprotein gp160

登録者が定義した集合体
53.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.317, 60.488, 169.228
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.13, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.770664, -0.025536, 0.63673), (-0.026459, -0.999617, -0.008066), (0.636692, -0.010631, -0.771045)	-24.89372, 0.64049, 68.72703

#1: 抗体	HIV Antibody F240 Light Chain 分子量: 24363.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK-293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	HIV Antibody F240 Heavy Chain 分子量: 24970.748 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK-293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド	Envelope glycoprotein gp160 / Env polyprotein 分子量: 4085.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス) 参照: UniProt: P03378
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.2 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 25% PEG 3350, 15% Isopropanol, 0.2M Ammonium citrate pH4.5 PH範囲: 4.0-5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.9753 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月4日 / 詳細: RH coated flat mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9753 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.54→168.79 Å / Num. all: 33289 / Num. obs: 33289 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 9.4
反射シェル	解像度: 2.54→2.58 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.957 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0131	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3TNN

3tnn

解像度: 2.54→168.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / SU B: 29.977 / SU ML: 0.298 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.996 / ESU R Free: 0.325 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2585	1649	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20369	-	-	-
obs	0.20649	30876	98.04 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.223 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	0 Å²	-0.15 Å²
2-	-	-0.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.54→168.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7031	0	1	153	7185

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	7229
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6633
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.397	1.939	9837
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.968	3	15296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.157	5	920
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.485	23.821	301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.719	15	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.705	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	8240
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1690
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.9	2.557	3680
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.9	2.556	3679
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.616	3.83	4594
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.616	3.831	4595
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.8	2.607	3549
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.8	2.607	3550
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.404	3.868	5242
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.944	23.87	29139
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.937	23.862	29103
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.541→2.607 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.371	113	-
R_work	0.353	2164	-
obs	-	-	92.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9822	-0.0269	-1.4815	0.6478	0.1243	2.0634	-0.0716	-0.1906	-0.0705	0.0203	0.0246	-0.0022	0.0869	0.084	0.047	0.0336	-0.0028	-0.0479	0.0464	0.0335	0.0949	5.2143	-11.0532	79.4978
2	1.8227	0.4077	-0.8961	0.7005	-0.1469	1.7342	-0.0844	0.2775	-0.0362	-0.1113	0.073	0.0243	0.1149	-0.1385	0.0114	0.0382	-0.0023	-0.0325	0.115	0.0274	0.1063	-7.0001	-8.2692	66.4
3	1.1844	0.111	0.0504	1.1455	-0.091	3.8996	-0.0115	0.0085	0.0181	-0.1552	-0.0487	-0.0808	-0.267	0.1677	0.0602	0.0453	-0.0204	-0.0093	0.0727	0.0391	0.1663	30.3368	10.7283	10.7308
4	0.8103	-0.0658	-0.43	0.9421	-0.2691	2.005	0.0143	0.0459	0.0293	-0.0899	0.0798	0.086	-0.1669	-0.3006	-0.094	0.053	-0.0114	-0.0521	0.1511	0.0345	0.1611	12.4728	8.2838	13.3006
5	9.6131	-3.7882	-2.4503	5.6734	-0.3414	1.0353	-0.242	-1.2042	0.9653	0.116	0.4449	-0.495	0.0804	0.3142	-0.2029	0.2511	0.0054	-0.0178	0.3618	-0.0286	0.1411	17.5261	3.7471	43.8233
6	3.4094	0.4267	5.7044	5.9764	-2.1694	11.0085	0.1537	0.3145	-0.0784	-0.118	-0.131	-0.5789	0.4011	0.5333	-0.0227	0.1696	-0.0407	0.0375	0.3304	0.0529	0.3906	16.4638	-3.727	46.0618

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	L	2 - 211
2	X-RAY DIFFRACTION	2	H	1 - 215
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	2 - 213
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 215
5	X-RAY DIFFRACTION	5	Q	595 - 609
6	X-RAY DIFFRACTION	6	P	595 - 609

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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