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- PDB-5dqf: Horse Serum Albumin (ESA) in complex with Cetirizine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dqf
タイトルHorse Serum Albumin (ESA) in complex with Cetirizine
要素Serum albumin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / albumin / cetirizine / ESA / NYSGRC / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space ...cellular response to calcium ion starvation / enterobactin binding / negative regulation of mitochondrial depolarization / toxic substance binding / cellular response to starvation / fatty acid binding / pyridoxal phosphate binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin ...Serum Albumin; Chain A, Domain 1 - #10 / Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin / Serum Albumin; Chain A, Domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CZE / Chem-LCR / Albumin
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Handing, K.B. / Shabalin, I.G. / Majorek, K.A. / Chruszcz, M. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIH-5U54GM094662-05 米国
引用ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of equine serum albumin in complex with cetirizine reveals a novel drug binding site.
著者: Handing, K.B. / Shabalin, I.G. / Szlachta, K. / Majorek, K.A. / Minor, W.
履歴
登録2015年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月24日Group: Other
改定 1.22016年3月9日Group: Data collection / Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.42018年8月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set / Item: _pdbx_related_exp_data_set.data_reference
改定 1.52018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
Item: _pdbx_related_exp_data_set.details / _pdbx_related_exp_data_set.metadata_reference
改定 1.62019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.72022年4月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / database_2
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.82023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.92024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serum albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,07718
ポリマ－65,4141
非ポリマー2,66317
水4,468248
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.234, 94.234, 141.893
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Serum albumin


分子量: 65413.746 Da / 分子数: 1 / 変異: R561A / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P35747

-
非ポリマー , 6種, 265分子

#2: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-LCR / (2-{4-[(R)-(4-chlorophenyl)(phenyl)methyl]piperazin-1-yl}ethoxy)acetic acid / R-levocetirizine / レボセチリジン


分子量: 388.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H25ClN2O3
#5: 化合物 ChemComp-CZE / (2-{4-[(S)-(4-chlorophenyl)(phenyl)methyl]piperazin-1-yl}ethoxy)acetic acid / (S)-dextrocetirizine / (S)-セチリジン


分子量: 388.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H25ClN2O3
#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.76 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1 ul of 30 mg/mL protein in 10 mM Tris pH 7.5, 150 mM NaCl was mixed with 1ul of the well condition: 100 mM Tris pH 7.5, 1800 mM (NH4)2SO4, 87.5 mM NaBr, 2.5% w/v PEG 8K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月20日 / 詳細: Bimorph K-B pair
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→80 Å / Num. obs: 38645 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.073 / Rsym value: 0.07 / Χ2: 1.399 / Net I/av σ(I): 35.6 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 297500
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRrim(I) all
2.15-2.197.70.94719230.7850.3630.894100
2.19-2.237.70.75919290.8240.2910.9331000.813
2.23-2.277.70.69219160.8460.2660.9341000.742
2.27-2.327.70.55919260.9080.2140.9561000.599
2.32-2.377.70.47219380.9230.1810.9771000.506
2.37-2.427.70.39419320.9430.1510.9811000.422
2.42-2.487.70.31919390.9650.1231.0131000.342
2.48-2.557.70.27919310.970.1071.0771000.299
2.55-2.627.70.22319320.9810.0861.0971000.239
2.62-2.717.70.19419310.9830.0751.12899.90.208
2.71-2.817.70.16919260.9860.0651.31199.90.182
2.81-2.927.70.14519150.9890.0561.46999.90.155
2.92-3.057.70.11319460.9920.0441.67199.90.121
3.05-3.217.70.08919320.9940.0341.73899.90.095
3.21-3.417.80.06419340.9970.0251.65399.70.069
3.41-3.687.80.05319310.9980.021.68299.70.057
3.68-4.057.60.05719390.9970.0222.53199.70.061
4.05-4.637.60.05119320.9980.022.61599.50.055
4.63-5.847.80.04119520.9990.0161.77499.30.044
5.84-807.50.0319410.9990.0121.54597.80.033

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MD2データ収集
HKL-3000データ削減
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
REFMAC5.8.0107精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3V08

3v08


解像度: 2.15→80 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / WRfactor Rfree: 0.2345 / WRfactor Rwork: 0.1886 / FOM work R set: 0.8091 / SU B: 12.309 / SU ML: 0.159 / SU R Cruickshank DPI: 0.2189 / SU Rfree: 0.1915 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2407 1879 4.9 %RANDOM
Rwork0.1888 ---
obs0.1912 36754 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 116.14 Å2 / Biso mean: 55.868 Å2 / Biso min: 28.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.55 Å20.78 Å20 Å2
2--1.55 Å2-0 Å2
3----5.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→80 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4488 0 124 248 4860
Biso mean--70.03 57.29 -
残基数----580
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194714
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.024384
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4011.9956372
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0143.00210174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0215579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.70124.877203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.55115787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9211519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2701
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215206
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02993
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3253.4452319
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3253.4452318
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1015.1622897
LS精密化 シェル解像度: 2.151→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 117 -
Rwork0.259 2710 -
all-2827 -
obs--98.95 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.501-0.20860.87461.3088-0.18922.41040.16830.12170.2110.13830.0701-0.1697-0.14880.2098-0.23830.08030.0437-0.02970.0794-0.09650.3362-41.33541.489-0.111
24.8692-1.7974-2.23212.32470.4592.3829-0.3698-0.2284-0.27740.62790.23220.17080.0832-0.22570.13750.180.07610.03070.1605-0.00060.2661-51.51124.7818.078
31.5867-0.54140.82444.8630.16171.53040.11470.17040.2222-0.3433-0.1649-0.08410.0818-0.14360.05010.09860.0345-0.07050.07710.00530.268-45.90521.156-15.593
42.5089-1.2686-0.88442.18720.93912.0568-0.01790.1594-0.0391-0.16730.00450.0420.0543-0.00880.01340.1448-0.0239-0.09250.0170.01510.25-39.0015.551-20.21
50.6733-0.30621.0711.0167-0.33922.99850.0287-0.01040.0682-0.1612-0.1034-0.01650.1401-0.03580.07470.21660.02650.05430.02530.03390.286-37.0332.30310.323
61.78250.01371.00391.0626-0.72722.02390.1332-0.16680.09520.1063-0.15260.02290.1709-0.01040.01940.11370.002-0.02960.0562-0.01370.2666-30.5497.8513.864
72.0164-0.4749-1.58052.59410.7694.4040.0997-0.0550.11280.3377-0.11780.065-0.07340.14120.0180.2471-0.05090.03030.0170.00040.277-34.732.75329.229
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2A111 - 205
3X-RAY DIFFRACTION3A206 - 270
4X-RAY DIFFRACTION4A271 - 383
5X-RAY DIFFRACTION5A384 - 435
6X-RAY DIFFRACTION6A436 - 501
7X-RAY DIFFRACTION7A502 - 583

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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