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- PDB-5dpt: Crystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human GABARAPL1_2-117 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dpt
タイトルCrystal structure of PLEKHM1 LIR-fused human GABARAPL1_2-117
要素Pleckstrin homology domain-containing family M member 1, Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1
キーワードPROTEIN BINDING / Autophagy / chimeric protein
機能・相同性
機能・相同性情報


glycophagy / late endosome to lysosome transport / autophagosome-lysosome fusion / autolysosome membrane / Tat protein binding / lysosome localization / GABA receptor binding / phosphatidylethanolamine binding / positive regulation of ruffle assembly / cellular response to nitrogen starvation ...glycophagy / late endosome to lysosome transport / autophagosome-lysosome fusion / autolysosome membrane / Tat protein binding / lysosome localization / GABA receptor binding / phosphatidylethanolamine binding / positive regulation of ruffle assembly / cellular response to nitrogen starvation / Macroautophagy / beta-tubulin binding / autolysosome / autophagosome membrane / autophagosome assembly / autophagosome maturation / positive regulation of bone resorption / mitophagy / autophagosome / cytoplasmic vesicle membrane / phospholipid binding / late endosome membrane / protein transport / microtubule / lysosome / ciliary basal body / cilium / intracellular membrane-bounded organelle / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / zinc ion binding / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
PLEKHM1, PH domain / : / : / Rubicon Homology Domain / Rubicon Homology Domain / DUF4206 / RUN / RUN domain / RUN domain superfamily / RUN domain ...PLEKHM1, PH domain / : / : / Rubicon Homology Domain / Rubicon Homology Domain / DUF4206 / RUN / RUN domain / RUN domain superfamily / RUN domain / RUN domain profile. / Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Ubiquitin-like (UB roll) / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1 / Pleckstrin homology domain-containing family M member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Ravichandran, A.C. / Suzuki, H. / Dobson, R.C.J.
引用ジャーナル: EMBO Rep. / 年: 2017
タイトル: Structural and functional analysis of the GABARAP interaction motif (GIM).
著者: Rogov, V.V. / Stolz, A. / Ravichandran, A.C. / Rios-Szwed, D.O. / Suzuki, H. / Kniss, A. / Lohr, F. / Wakatsuki, S. / Dotsch, V. / Dikic, I. / Dobson, R.C. / McEwan, D.G.
履歴
登録2015年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pleckstrin homology domain-containing family M member 1, Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1
B: Pleckstrin homology domain-containing family M member 1, Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6504
ポリマ－31,4132
非ポリマー2362
水00
1
A: Pleckstrin homology domain-containing family M member 1, Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8252
ポリマ－15,7071
非ポリマー1181
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pleckstrin homology domain-containing family M member 1, Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8252
ポリマ－15,7071
非ポリマー1181
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.791, 84.791, 105.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Pleckstrin homology domain-containing family M member 1, Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1,Gamma-aminobutyric acid receptor-associated protein-like 1 / PH domain-containing family M member 1 / 162 kDa adapter protein / AP162 / Early estrogen-regulated ...PH domain-containing family M member 1 / 162 kDa adapter protein / AP162 / Early estrogen-regulated protein / GABA(A) receptor-associated protein-like 1 / Glandular epithelial cell protein 1 / GEC-1


分子量: 15706.726 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Q9Y4G2 627-638, UNP Q9H0R8 2-117 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLEKHM1, GABARAPL1 / プラスミド: pET30 / 細胞株 (発現宿主): BL21(de3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y4G2, UniProt: Q9H0R8
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.69 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 20% w/v Polyethylene glycol 3,350, 0.2 M NaCl, 8% MPD pH 7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→42.826 Å / Num. obs: 10119 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.9 % / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.9→3.03 Å / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.9→42.826 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2595 562 5.56 %
Rwork0.214 --
obs0.2162 10105 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→42.826 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1933 0 16 0 1949
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032004
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7782741
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.428704
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03294
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004361
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9001-3.19190.36991490.30812317X-RAY DIFFRACTION100
3.1919-3.65360.36661440.26192349X-RAY DIFFRACTION100
3.6536-4.60230.24811390.21072381X-RAY DIFFRACTION100
4.6023-42.83030.21361300.192496X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5499-0.41360.13829.41661.19565.95430.34290.8761-0.4493-1.78440.4018-0.62720.63970.956-0.67310.9850.0793-0.06360.9923-0.31690.6708-41.216919.014-9.8339
210.61930.9269-0.00243.94551.32179.81680.10411.5992-1.0728-0.03830.0652-1.277-0.07811.482-0.41660.724-0.0529-0.10250.8853-0.31050.8555-35.350828.1489-3.873
38.37633.55320.13847.642.08399.18310.61730.1703-0.5070.3586-0.1274-0.07470.01710.2089-0.49430.5081-0.0305-0.07520.5434-0.03560.4421-42.615830.06862.0076
49.6469-3.69621.6048.1905-3.19226.3824-0.1803-0.2042-0.27020.506-0.05680.34450.4217-0.20680.24090.4975-0.08140.03840.4636-0.1020.5267-55.03917.7926-10.4149
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 0:22)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 23:55)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 56:121)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 1:123)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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