PDB-5dor: P2 Integrase catalytic domain in space group P21

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dor

タイトル

P2 Integrase catalytic domain in space group P21

要素

Integrase

インテグラーゼ

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / tyrosine recombinase /

integrase (インテグラーゼ)

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency /

転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの /

transferase activity / DNA recombination /

加水分解酵素; エステル加水分解酵素 /

hydrolase activity / symbiont entry into host cell /

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacteria phage P2 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Skaar, K. / Claesson, M. / Odegrip, R. / Haggard-Ljungquist, E. / Hogbom, M.

資金援助

スウェーデン, 3件

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the bacteriophage P2 integrase catalytic domain.
著者: Skaar, K. / Claesson, M. / Odegrip, R. / Hogbom, M. / Haggard-Ljungquist, E. / Stenmark, P.

履歴

登録	2015年9月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dor.cif.gz	264.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dor.ent.gz	218.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dor.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/5dor ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/5dor	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5c6kSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5c6k-d 2yox-d 1xnk-d 1mmp-d 1aih-2 6u1p-d 1h1a-d 1b7a-d 3zz4-d 5cuh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1) #84 - 2006年12月トランスポザーゼ (Transposase) 類似性 (7) #73 - 2006年1月トポイソメラーゼ (Topoisomerase) 類似性 (1) #160 - 2013年4月アクチノマイシン (Actinomycin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Integrase

B: Integrase

C: Integrase

D: Integrase

ヘテロ分子

78.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Integrase

B: Integrase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Integrase

D: Integrase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.110, 92.225, 64.937
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.34, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	THR	THR	GLU	GLU	A	A	162 - 328	1 - 167
2	1	THR	THR	GLU	GLU	B	B	162 - 328	1 - 167
1	2	GLY	GLY	THR	THR	A	A	163 - 325	2 - 164
2	2	GLY	GLY	THR	THR	C	C	163 - 325	2 - 164
1	3	GLY	GLY	GLU	GLU	A	A	163 - 328	2 - 167
2	3	GLY	GLY	GLU	GLU	D	D	163 - 328	2 - 167
1	4	GLY	GLY	THR	THR	B	B	163 - 325	2 - 164
2	4	GLY	GLY	THR	THR	C	C	163 - 325	2 - 164
1	5	GLY	GLY	GLU	GLU	B	B	163 - 328	2 - 167
2	5	GLY	GLY	GLU	GLU	D	D	163 - 328	2 - 167
1	6	GLY	GLY	GLU	GLU	C	C	163 - 326	2 - 165
2	6	GLY	GLY	GLU	GLU	D	D	163 - 326	2 - 165

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Integrase / インテグラーゼ分子量: 19568.572 Da / 分子数: 4 / 断片: Catalytic domain, UNP residues 162-337 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Enterobacteria phage P2 (ファージ) 遺伝子: int / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P36932
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: Zinc Chloride, Tris, PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.2782 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2782 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→64.54 Å / Num. obs: 26038 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 38.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 2.5→2.6 Å / R_merge(I) obs: 0.759 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5C6K

5c6k

解像度: 2.5→64.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 30.84 / SU ML: 0.316 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.626 / ESU R Free: 0.318 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2752	1328	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22954	-	-	-
obs	0.2318	24692	99.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.041 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.82 Å²	0 Å²	2.45 Å²
2-	-	1.99 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→64.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4978	0	6	74	5058

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	5090
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	5024
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.462	1.961	6876
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.298	3	11504
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.454	5	628
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.136	22.67	221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.202	15	879
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.661	15	45
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	783
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	5660
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1185
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.41	1.673	2545
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.402	1.671	2544
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.403	2.493	3162
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.403	2.497	3163
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.276	1.782	2545
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.16	1.764	2539
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.92	2.613	3708
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.362	13.251	5873
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.313	13.224	5866
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	9231	0.1
1	2	B	9231	0.1
2	1	A	9166	0.09
2	2	C	9166	0.09
3	1	A	9046	0.1
3	2	D	9046	0.1
4	1	B	8893	0.12
4	2	C	8893	0.12
5	1	B	9075	0.09
5	2	D	9075	0.09
6	1	C	8807	0.11
6	2	D	8807	0.11

LS精密化シェル

解像度: 2.499→2.564 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.374	122	-
R_work	0.341	1772	-
obs	-	-	97.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.6993	-4.0723	-3.9328	10.2576	-0.7074	9.6338	-0.2192	0.2835	-0.0433	-0.164	0.2064	-0.2309	-0.0606	-0.3299	0.0128	0.0962	0.0756	-0.1518	0.1829	0.0068	0.8876	-51.7397	18.4675	43.0855
2	5.4468	-2.0387	1.3004	4.5343	-1.7907	7.1967	-0.1982	-0.7052	-0.8	0.666	0.4273	0.4204	0.6628	-0.1295	-0.2291	0.2661	0.1216	-0.0943	0.2795	0.042	0.9651	-48.8131	3.309	50.7488
3	6.5153	-2.1364	-0.7778	2.5482	-1.655	5.6205	-0.3407	-0.5406	-0.5855	0.5357	0.2528	0.4107	0.6137	-0.3007	0.0879	0.4779	0.0671	-0.0357	0.4024	0.0754	1.011	-47.7739	1.1022	51.8114
4	7.3635	-2.9303	-2.7404	2.3856	0.987	2.0696	-0.1674	0.4248	-0.1344	-0.0408	0.142	0.4599	0.0206	-0.4416	0.0254	0.0654	0.0378	-0.2063	0.2988	-0.0327	0.8957	-52.058	11.0916	38.9753
5	2.253	-2.2278	-6.8806	13.6455	5.9325	21.2677	-0.433	0.0386	-0.1268	0.1612	0.4651	-0.0188	1.4562	-0.0154	-0.0322	0.1642	0.0173	-0.2557	0.3001	-0.187	1.1166	-42.5721	-2.0769	34.1771
6	10.0157	-0.7646	-3.4761	1.319	0.437	2.824	0.0994	0.4056	0.2592	-0.1813	0.1011	0.0222	-0.3127	-0.1661	-0.2005	0.1462	0.0072	-0.2273	0.168	-0.0937	0.7806	-29.0194	8.066	27.0181
7	26.2709	8.6564	-6.5529	19.0912	1.3489	3.1368	-0.1268	-0.8537	-0.9202	0.7397	0.4557	-0.1477	0.4246	0.3948	-0.3289	0.1482	0.0978	-0.1764	0.1327	0.0027	0.5073	-15.9848	-7.6132	28.4018
8	0.7432	0.4154	-0.7921	5.682	-0.2362	4.7725	-0.0473	-0.0972	0.4527	-0.2785	0.2103	-0.3479	-0.2203	0.3501	-0.1629	0.1306	-0.0222	-0.1839	0.0751	-0.0215	0.6892	-11.8025	-1.3172	16.9267
9	6.5673	-0.2269	-0.1714	6.4353	-1.2728	5.2509	0.3717	0.408	0.8779	-0.9253	-0.171	0.151	-0.7063	-0.354	-0.2006	0.3675	0.0969	-0.1458	0.0606	0.1054	0.7335	-19.5126	9.9615	11.3965
10	3.0895	-0.4192	-0.7343	6.6738	0.377	2.479	0.1267	-0.0913	0.4911	-0.2939	0.0721	-0.0358	-0.004	0.4349	-0.1987	0.076	-0.0098	-0.1525	0.0786	0.0008	0.574	-9.9942	-5.9126	13.3698
11	4.2227	-2.3402	-1.0831	3.662	2.09	2.6734	-0.007	0.0511	0.044	0.2005	-0.0271	0.2467	0.5573	-0.2637	0.0342	0.2177	-0.0206	-0.2118	0.135	-0.0342	0.7189	-24.0445	-2.114	23.0697
12	5.4251	-1.2855	-0.3813	3.859	-3.447	7.9434	0.0235	0.3316	0.2394	-0.152	-0.1719	0.5685	0.5706	-0.3127	0.1483	0.1565	-0.0064	-0.172	0.1693	-0.0921	0.729	-32.0018	-1.8104	23.9017
13	4.4969	-0.9085	1.2513	26.9234	2.5119	14.4509	0.1259	-0.3211	0.1306	-0.332	-0.1453	-0.394	0.2654	0.8588	0.0193	0.0595	0.0629	-0.1634	0.2919	-0.1233	0.6603	-34.8916	7.236	43.6648
14	20.5557	7.8303	13.3466	23.1687	-6.9884	15.887	0.3196	1.0046	-0.9751	0.6363	0.0785	-0.8053	-0.0968	0.8293	-0.3981	0.0546	0.0666	-0.2082	0.3177	-0.204	1.0614	-41.6269	15.8195	48.0524
15	22.3573	2.4654	9.619	6.0269	4.3606	6.242	-0.2923	-0.4932	0.4386	-0.2994	-0.2193	0.213	-0.4476	-0.6202	0.5116	0.1638	0.2155	-0.2592	0.6591	-0.1184	0.5682	7.3918	43.5867	76.9803
16	5.7123	-0.598	4.1619	0.8719	-0.4443	6.4168	0.4427	-0.6939	-0.4739	0.3706	-0.1498	-0.4325	0.6508	-0.4198	-0.2928	0.3014	-0.1051	-0.3538	0.3475	0.0413	0.6739	14.3309	28.794	78.1288
17	19.2443	3.0953	-8.5593	9.0756	-2.3566	16.3568	-0.3757	0.9337	-1.4646	0.3579	0.5541	-0.1643	1.5355	-1.1835	-0.1785	0.36	-0.0669	-0.3933	0.3256	-0.0721	0.8133	13.0753	19.6413	71.5535
18	3.6842	-0.243	3.7071	6.6212	-0.6809	10.3323	0.0733	-0.0625	-0.3448	0.1057	0.1038	-0.161	0.5379	0.3375	-0.1771	0.1269	-0.0029	-0.2196	0.3077	-0.0974	0.7203	15.6926	26.6926	69.6843
19	12.975	-10.0535	-1.9152	17.3714	9.9894	9.5622	0.0838	-0.9458	0.0408	0.7222	-0.0217	-0.225	0.5655	-0.9432	-0.0621	0.2317	-0.1226	-0.302	0.5078	0.0787	0.5136	14.3875	33.1788	86.6623
20	4.4546	-2.6243	1.1654	1.9416	0.063	1.7437	-0.5333	-1.1183	-0.4777	0.8032	0.1705	0.5205	0.7382	-1.3162	0.3628	0.8525	-0.2671	0.0774	1.4525	-0.1837	0.8572	1.3772	38.6474	85.2036
21	6.7651	-0.8664	2.0841	0.1172	-0.2398	7.872	0.1312	-0.9157	-0.337	0	0.063	0.0333	0.1998	-0.8488	-0.1942	0.1399	-0.1125	-0.2277	0.602	0.04	0.5946	0.2466	29.1631	68.6241
22	4.5737	-3.0084	3.8764	10.4623	-10.2734	17.2409	0.0349	-1.2029	-0.3598	-0.1425	0.3713	0.4667	0.0915	-1.7871	-0.4062	0.0579	-0.0816	-0.1078	0.7937	-0.0071	0.615	-7.5729	30.9438	68.1648
23	5.6145	2.3592	4.8314	2.8116	-0.0364	8.5637	-0.5918	-0.022	-0.0851	-0.6502	0.2581	0.2713	-0.8091	0.2013	0.3337	0.4675	-0.1883	-0.2934	0.3406	0.0384	0.6598	-11.308	31.49	45.4314
24	10.1478	-2.2731	3.2514	10.6927	0.3031	9.296	-0.102	0.8907	-0.6706	-0.4291	0.5096	-0.3603	-0.1158	0.7831	-0.4076	0.0611	-0.0588	-0.0973	0.1957	-0.1628	0.8097	-13.2278	17.7239	36.9021
25	9.9557	2.8348	6.5017	6.6719	2.394	8.7938	-0.5586	-1.0699	0.2294	-0.3676	-0.1877	0.8215	-0.3677	-0.9339	0.7464	0.0892	0.0711	-0.1968	0.2179	-0.1235	0.6804	-25.5095	24.7442	42.959
26	8.1711	5.2106	2.7743	7.1319	3.0852	12.1388	-0.5715	-1.036	1.2817	-0.403	-0.1874	1.2874	-1.3922	-1.2005	0.7589	0.24	0.2092	-0.3296	0.2984	-0.2133	0.9471	-23.7927	34.1652	46.0951
27	10.1703	-2.3372	3.698	8.7746	2.2872	3.7238	-0.2234	-0.3004	-0.318	-0.0782	0.1769	-0.0294	-0.0869	-0.0277	0.0465	0.0682	-0.0396	-0.1556	0.2663	-0.07	0.7537	-24.9318	15.4376	37.5557
28	32.5201	-13.7514	-1.0303	17.79	15.8943	20.0006	0.7873	-0.7673	-2.3408	1.461	-0.2245	0.5367	2.2862	-0.5827	-0.5629	0.5363	-0.3254	-0.431	1.1198	0.1894	1.4762	-20.0728	7.9329	45.183
29	7.1786	3.3963	4.7316	4.681	3.0655	4.8011	0.313	-0.757	-0.4938	0.2723	-0.2042	-0.0584	0.2156	-0.6373	-0.1088	0.0518	-0.0316	-0.1526	0.2427	0.0109	0.6521	-12.4773	22.7718	51.6049
30	5.7912	-3.6907	-5.2601	3.9159	2.8621	32.0314	-0.3067	-1.4737	-0.1366	1.1687	-0.2473	0.3205	-0.7814	-1.1948	0.554	0.6986	-0.6029	-0.0722	1.5965	-0.1073	0.846	-17.7028	24.5544	60.6617
31	14.7447	4.2792	6.1758	9.7537	3.5948	9.8647	0.5463	-1.3695	-0.656	1.0114	-0.3255	0.1474	0.7814	-1.1694	-0.2208	0.1703	-0.1091	-0.1642	0.3231	0.1898	0.7122	-9.5922	18.4877	57.9875
32	9.0744	5.3718	10.4113	5.7948	9.6987	16.8308	-0.114	-0.063	-0.1497	-0.2414	0.2247	-0.2373	-0.4221	0.2836	-0.1107	0.0472	-0.0544	-0.1242	0.3145	-0.0294	0.6617	9.0057	33.0284	63.0435

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	162 - 178
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	179 - 211
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	212 - 247
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	248 - 289
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	290 - 298
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	299 - 326
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	162 - 168
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	169 - 199
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	200 - 232
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	233 - 263
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	264 - 290
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	291 - 310
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	311 - 319
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	320 - 326
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	163 - 177
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	178 - 206
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	207 - 219
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	220 - 235
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	240 - 255
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	256 - 269
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	270 - 297
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	298 - 310
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	311 - 326
24	X-RAY DIFFRACTION	24	D	163 - 178
25	X-RAY DIFFRACTION	25	D	179 - 204
26	X-RAY DIFFRACTION	26	D	205 - 235
27	X-RAY DIFFRACTION	27	D	240 - 261
28	X-RAY DIFFRACTION	28	D	262 - 267
29	X-RAY DIFFRACTION	29	D	268 - 290
30	X-RAY DIFFRACTION	30	D	291 - 298
31	X-RAY DIFFRACTION	31	D	299 - 308
32	X-RAY DIFFRACTION	32	D	309 - 326

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)