PDB-5dns: t1428 loop variant in P3221

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dns

タイトル

t1428 loop variant in P3221

要素

t1428 beta1 loop design

キーワード

DE NOVO PROTEIN / synthetic protein / protein design

機能・相同性

E3 ubiquitin-protein ligase SopA / Pectate Lyase C-like / 3 Solenoid / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.561 Å

データ登録者

MacDonald, J.T. / Kabasakal, B.V. / Murray, J.W.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Synthetic beta-solenoid proteins with the fragment-free computational design of a beta-hairpin extension.
著者: MacDonald, J.T. / Kabasakal, B.V. / Godding, D. / Kraatz, S. / Henderson, L. / Barber, J. / Freemont, P.S. / Murray, J.W.

履歴

登録	2015年9月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月12日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dns.cif.gz	166.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dns.ent.gz	135.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dns.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dns_validation.pdf.gz	431.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dns_full_validation.pdf.gz	433.2 KB	表示
XML形式データ	5dns_validation.xml.gz	15.4 KB	表示
CIF形式データ	5dns_validation.cif.gz	20.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/5dns ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/5dns	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yc5C 4ycqC 4ydtC 4yeiC 4yfoC 5di5C 5dn0C 5dqaC 5draC 5dzbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3psz-d 5afo-1 2xtx-d 2v05-d 4dhx-1 5cyl-1 6fls-1 4x36-d 3pss-d 5cyl-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: t1428 beta1 loop design

B: t1428 beta1 loop design

51.4 kDa, 2 ポリマー
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1

B: t1428 beta1 loop design

A: t1428 beta1 loop design

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.4 kDa, 2 ポリマー
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2

A: t1428 beta1 loop design

B: t1428 beta1 loop design

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.4 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	104.570, 104.570, 87.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	t1428 beta1 loop design 分子量: 25686.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pRSET-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KRX

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.23 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.2 M sodium bromide, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.56→90.5 Å / Num. all: 6918 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.5 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 20.6
反射シェル	解像度: 3.56→3.65 Å / 冗長度: 10.7 % / R_merge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 3.59 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.561→90.56 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.83 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.284	336	4.87 %
R_work	0.1837	-	-
obs	0.1883	6901	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.561→90.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3085	0	0	0	3085

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3115
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.545	4245
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.317	1860
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	504
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	583

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.5611-4.4866	0.2492	173	0.2021	3216	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4866-90.5895	0.3072	163	0.1742	3349	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.02	0.044	0.0269	0.0493	0.0584	0.0407	0.0306	-0.4616	-0.5749	0.8293	-0.3789	-0.0669	-0.0122	-0.3127	0.0008	1.618	-0.3046	0.1228	1.1278	0.1164	1.3358	-23.0616	45.4049	-23.9633
2	1.06	0.6211	-0.1565	0.6471	-0.6656	0.769	0.1107	0.1764	0.423	0.0051	-0.1046	0.2168	-0.4551	0.2911	0.0001	0.9605	-0.1819	0.01	0.7964	0.1387	0.7904	-32.7243	37.0467	-24.7077
3	0.5817	0.3747	0.0616	0.4875	0.2539	0.2056	-0.2933	0.2661	1.0563	0.0104	0.4417	-0.2179	-0.2673	0.1057	-0.0008	0.9405	-0.1003	0.0374	0.691	-0.0211	0.7994	-40.4654	31.3922	-22.5723
4	0.9996	0.5384	-0.0502	0.4258	-0.3625	0.3936	0.1288	0.2611	-0.6227	0.1698	0.3059	0.2804	-0.6508	-0.0216	0.0007	0.8034	-0.0438	-0.0454	0.4482	0.0165	0.7788	-41.0854	23.3302	-19.4909
5	0.307	0.1636	-0.1758	0.1281	-0.2403	0.3753	0.0397	0.2069	-0.0307	-0.2445	-0.0744	-0.0541	0.2509	-0.5477	0.0001	0.7022	0.0087	-0.0662	0.6002	-0.0318	0.5669	-47.5333	25.839	-21.3495
6	0.567	0.4927	-0.1041	0.3848	-0.0671	0.2805	0.1783	-0.731	-0.0688	-0.2844	-0.0002	-0.4353	0.108	-0.3324	0.0003	0.6907	-0.059	0.0755	0.71	0.0432	0.7342	-50.5592	21.6382	-20.6619
7	0.3456	0.2252	0.3664	0.274	0.2095	0.4392	-0.4879	-0.2315	0.3567	-0.8231	-0.1823	1.2986	-0.5718	-0.4527	-0.0537	0.7987	0.0419	0.1052	0.7142	0.0855	0.8629	-56.3254	24.3861	-16.8767
8	0.1384	0.1516	0.082	0.1445	0.0843	0.0397	0.0232	0.0681	0.2126	-0.0859	-0.2854	0.0758	0.189	-0.5331	0.0001	0.6421	0.0738	0.0826	0.6105	-0.0007	0.6435	-56.7016	17.4174	-19.7128
9	0.2808	-0.29	-0.083	0.3261	-0.0166	0.2409	0.0371	0.5016	0.357	-0.5827	0.0881	-0.5697	0.208	-0.6214	0.0001	0.9408	-0.052	0.0681	0.8298	0.0624	0.6876	-64.6473	11.4099	-18.4494
10	0.6231	0.4448	-0.2088	0.4387	0.4569	1.8175	-0.2267	0.2484	-0.8802	0.0856	0.4837	-0.2365	0.7478	0.6216	-1.3978	1.5443	-0.0888	-0.2107	0.7929	-0.0187	1.0453	-27.7178	-5.2954	-4.5101
11	0.4081	0.0621	-0.0922	0.2936	0.0094	0.1295	0.5311	0.0674	-0.5216	-0.0446	-0.2298	0.7704	1.0002	-0.2677	0.0008	1.4252	-0.1163	-0.2385	0.7517	0.0797	1.0716	-25.4659	1.1326	-1.2128
12	0.9383	0.2072	0.4668	0.2789	0.4214	0.6447	0.383	0.5674	-0.6405	1.3186	0.3067	-0.2766	0.7712	0.5031	0.0156	1.4496	-0.053	-0.2468	0.7101	0.0843	0.9026	-21.8806	6.8122	1.433
13	0.3263	0.1153	0.1431	0.5979	0.5958	0.5009	0.1127	0.0754	-0.0502	0.3342	0.035	-0.1122	0.0772	0.0589	-0.0001	1.0056	-0.1036	-0.1107	0.7679	0.0137	0.8118	-22.793	14.5154	-0.4441
14	0.5141	0.3791	-0.2573	0.5663	0.0259	0.221	0.7555	0.1002	-0.2644	0.4459	0.061	0.0587	0.8431	0.4163	0.0007	1.2025	0.0068	-0.2399	0.7306	-0.07	1.027	-17.2096	16.9044	3.5426
15	0.0714	0.0006	-0.0571	0.2543	0.2051	0.172	-0.1141	-0.1829	0.2394	0.8752	0.4948	0.1148	1.3664	-0.1734	0.0025	1.2797	-0.0169	-0.0901	0.8317	0.0724	1.0083	-19.218	19.2376	12.5017
16	0.3689	0.3898	0.1655	0.3712	0.1902	0.1023	0.4167	0.0445	0.2564	-0.4032	-0.0971	-0.0481	1.2475	-0.6472	0.0003	0.8937	0.013	0.0002	0.655	-0.0394	0.8309	-14.3486	23.7025	8.6187
17	0.1471	-0.215	0.0116	0.3119	-0.0141	0.4672	0.0555	0.1908	-0.3786	-0.2783	0.1135	-0.1031	1.1517	0.6745	-0	0.9905	0.0796	-0.008	0.6015	-0.0475	0.7432	-9.965	31.8069	12.8174

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 21 through 32 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 92 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 93 through 112 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 113 through 137 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 138 through 157 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 158 through 177 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 178 through 187 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 188 through 211 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 212 through 241 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 40 through 59 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 60 through 99 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 100 through 119 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 120 through 147 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 148 through 177 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 178 through 187 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 188 through 211 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 212 through 241 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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