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- PDB-5dn9: Crystal structure of Candida boidinii formate dehydrogenase compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dn9
タイトルCrystal structure of Candida boidinii formate dehydrogenase complexed with NAD+ and azide
要素FDH
キーワードOXIDOREDUCTASE / transition state / ternary complex
機能・相同性
機能・相同性情報


formate catabolic process / formate dehydrogenase / formate dehydrogenase (NAD+) activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
NAD-dependent formate dehydrogenase / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain ...NAD-dependent formate dehydrogenase / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Formate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida boidinii (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Guo, Q. / Gakhar, L. / Wichersham, K. / Francis, K. / Vardi-Kilshtain, A. / Major, D.T. / Cheatum, C.M. / Kohen, A.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM065368 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1149023 米国
United States - Israel Binational Science Foundation (BSF)2012340 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM079368 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Structural and Kinetic Studies of Formate Dehydrogenase from Candida boidinii.
著者: Guo, Q. / Gakhar, L. / Wickersham, K. / Francis, K. / Vardi-Kilshtain, A. / Major, D.T. / Cheatum, C.M. / Kohen, A.
履歴
登録2015年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月25日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FDH
B: FDH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,2128
ポリマ－80,7302
非ポリマー1,4826
水19,5281084
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9490 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area25600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.931, 116.617, 63.208
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 FDH


分子量: 40364.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida boidinii (菌類) / 遺伝子: FDH
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0A1EQY0, formate dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1084 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.71 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, 25% PEG 3000, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月23日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock Si(111) sagitally focused monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→41.98 Å / Num. obs: 107639 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 88.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
REFMAC精密化
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
Blu-Iceデータ収集
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2J6I

2j6i


解像度: 1.5→41.976 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.19 / 位相誤差: 15.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1691 10639 4.99 %
Rwork0.1383 --
obs0.1398 107560 95.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→41.976 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5636 0 96 1084 6816
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095886
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2888003
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1592163
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073899
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071018
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4987-1.51580.25552840.24534985X-RAY DIFFRACTION72
1.5158-1.53360.29233330.23996293X-RAY DIFFRACTION89
1.5336-1.55230.2593750.20146622X-RAY DIFFRACTION94
1.5523-1.57190.2233320.18626693X-RAY DIFFRACTION95
1.5719-1.59260.23413900.18896894X-RAY DIFFRACTION96
1.5926-1.61440.21573400.18696677X-RAY DIFFRACTION96
1.6144-1.63750.20563760.17376849X-RAY DIFFRACTION96
1.6375-1.6620.19683620.16956746X-RAY DIFFRACTION96
1.662-1.68790.21143860.16736814X-RAY DIFFRACTION96
1.6879-1.71560.20183350.16346882X-RAY DIFFRACTION96
1.7156-1.74520.17613710.14986795X-RAY DIFFRACTION97
1.7452-1.77690.19183230.14816818X-RAY DIFFRACTION96
1.7769-1.81110.16323310.14586981X-RAY DIFFRACTION97
1.8111-1.84810.18413380.14266808X-RAY DIFFRACTION97
1.8481-1.88830.19953520.14596855X-RAY DIFFRACTION97
1.8883-1.93220.16763590.14416800X-RAY DIFFRACTION97
1.9322-1.98050.18463840.13626918X-RAY DIFFRACTION97
1.9805-2.0340.18663640.14386841X-RAY DIFFRACTION97
2.034-2.09390.17793670.14266890X-RAY DIFFRACTION97
2.0939-2.16150.17243560.13236866X-RAY DIFFRACTION97
2.1615-2.23870.15973830.12596809X-RAY DIFFRACTION97
2.2387-2.32840.16663600.1236897X-RAY DIFFRACTION97
2.3284-2.43430.1513590.12096943X-RAY DIFFRACTION98
2.4343-2.56260.14944020.12066858X-RAY DIFFRACTION98
2.5626-2.72320.16043700.12656895X-RAY DIFFRACTION97
2.7232-2.93340.15613620.13016853X-RAY DIFFRACTION97
2.9334-3.22850.15573280.12666901X-RAY DIFFRACTION97
3.2285-3.69540.13623660.12316775X-RAY DIFFRACTION96
3.6954-4.65490.13543070.11116848X-RAY DIFFRACTION96
4.6549-41.99270.13533440.1286854X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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