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万見
- PDB-5dn4: Structure of the glycoside hydrolase domain from Salmonella typhi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dn4
タイトルStructure of the glycoside hydrolase domain from Salmonella typhimurium FlgJ
要素Peptidoglycan hydrolase FlgJ
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolase / family 73 / FlgJ / Flagella
機能・相同性
機能・相同性情報


amidase activity / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / metabolic process / cell wall organization / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
peptidoglycan hydrolase / Peptidoglycan hydrolase FlgJ / Flagellar protein FlgJ, N-terminal / Rod binding protein / Lysozyme subfamily 2 / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase-like domain / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / Complement Module; domain 1 / Lysozyme - #10 / Lysozyme ...peptidoglycan hydrolase / Peptidoglycan hydrolase FlgJ / Flagellar protein FlgJ, N-terminal / Rod binding protein / Lysozyme subfamily 2 / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase-like domain / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / Complement Module; domain 1 / Lysozyme - #10 / Lysozyme / Ribbon / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Peptidoglycan hydrolase FlgJ
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zaloba, P. / Bailey-Elkin, B.A. / Mark, B.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2015-05310 カナダ
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Structural and Biochemical Insights into the Peptidoglycan Hydrolase Domain of FlgJ from Salmonella typhimurium.
著者: Zaloba, P. / Bailey-Elkin, B.A. / Derksen, M. / Mark, B.L.
履歴
登録2015年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidoglycan hydrolase FlgJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,73613
ポリマ－19,3051
非ポリマー1,43112
水2,738152
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.790, 43.630, 107.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peptidoglycan hydrolase FlgJ / Muramidase FlgJ


分子量: 19304.652 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 151-316 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: flgJ, fla FX, flaZ, STM1182 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 Gold HTE
参照: UniProt: P15931, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 35 mg/ml protein in 18-22% polyethylene glycol 3350 and 0.25-0.35 M NaI

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→31.5 Å / Num. obs: 17650 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→28.989 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 20.33 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2115 900 5.12 %
Rwork0.1821 --
obs0.1835 17595 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→28.989 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1180 0 12 152 1344
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111201
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.31635
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.714420
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049190
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006211
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.91280.25161490.20582699X-RAY DIFFRACTION99
1.9128-2.06040.26141540.20962712X-RAY DIFFRACTION99
2.0604-2.26770.22841560.18852746X-RAY DIFFRACTION100
2.2677-2.59570.23351350.18462788X-RAY DIFFRACTION100
2.5957-3.26960.22751490.18612807X-RAY DIFFRACTION100
3.2696-28.99320.17731570.16952943X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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