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- PDB-5dlb: Crystal structure of chaperone EspG3 of ESX-3 type VII secretion ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dlb
タイトルCrystal structure of chaperone EspG3 of ESX-3 type VII secretion system from Mycobacterium marinum M
要素chaperone EspG3
キーワードCHAPERONE / virulence / ESX / secretion / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性EspG family / EspG family / : / THIOCYANATE ION / Conserved protein
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium marinum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Chan, S. / Arbing, M.A. / Kim, J. / Kahng, S. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.S. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural Variability of EspG Chaperones from Mycobacterial ESX-1, ESX-3, and ESX-5 Type VII Secretion Systems.
著者: Tuukkanen, A.T. / Freire, D. / Chan, S. / Arbing, M.A. / Reed, R.W. / Evans, T.J. / Zenkeviciute, G. / Kim, J. / Kahng, S. / Sawaya, M.R. / Chaton, C.T. / Wilmanns, M. / Eisenberg, D. / ...著者: Tuukkanen, A.T. / Freire, D. / Chan, S. / Arbing, M.A. / Reed, R.W. / Evans, T.J. / Zenkeviciute, G. / Kim, J. / Kahng, S. / Sawaya, M.R. / Chaton, C.T. / Wilmanns, M. / Eisenberg, D. / Parret, A.H.A. / Korotkov, K.V.
履歴
登録2015年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月30日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月1日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32018年12月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42019年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: chaperone EspG3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,93545
ポリマ－34,1171
非ポリマー3,81844
水1,17165
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.206, 46.019, 58.006
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.240, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細Monomer according to Gel filtration

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 chaperone EspG3


分子量: 34117.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium marinum (strain ATCC BAA-535 / M) (バクテリア)
株: ATCC BAA-535 / M / 遺伝子: MMAR_0548 / プラスミド: pMAPLe4 / 詳細 (発現宿主): pET28 derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: B2HNX0

-
非ポリマー , 6種, 109分子

#2: 化合物 ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸


分子量: 221.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION


分子量: 195.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#6: 化合物...
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1uL 21.5mg/mL protein plus 0.5uL reservoir solution drop against 500uL reservoir solution of 1.45M ammonium sulfate, 200mM lithium sulfate, 70mM CAPS pH10.5, microseeded

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.0702 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0702 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→57.96 Å / Num. all: 25746 / Num. obs: 25746 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 37.98 Å2 / Rmerge F obs: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rrim(I) all: 0.063 / Χ2: 1.091 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 137146
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.77-1.873.40.0980.8271.4125611631287713.92490
1.55-1.660.1821.6460.392298515254129792.22185.1
1.66-1.790.480.7040.982090914225119300.95383.9
1.79-1.960.8810.2782.532000513075113150.37886.5
1.96-2.190.9740.1115.871768611857101190.15185.3
2.19-2.530.9870.06610.1157431040190130.09186.7
2.53-3.10.9940.04115.2712735881673840.05783.8
3.1-4.370.9960.03219.969301679554390.04480
4.37-57.960.9950.0322.085221375830430.04381

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.77→57.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / WRfactor Rfree: 0.2606 / WRfactor Rwork: 0.2238 / FOM work R set: 0.6999 / SU B: 9.631 / SU ML: 0.138 / SU R Cruickshank DPI: 0.1444 / SU Rfree: 0.1361 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2446 1310 5.1 %RANDOM
Rwork0.2089 ---
obs0.2108 24426 88.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 113.04 Å2 / Biso mean: 37.986 Å2 / Biso min: 22.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.01 Å2-0 Å2-1.24 Å2
2---2.21 Å2-0 Å2
3---3.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.77→57.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1945 0 140 65 2150
Biso mean--72.71 47.11 -
残基数----263
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.022085
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021922
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.131.9822791
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.97634386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8385260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.5322.63276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.81415278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4741516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2329
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02453
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6711.011081
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9880.8191048
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6641.2221306
LS精密化 シェル解像度: 1.77→1.816 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.424 82 -
Rwork0.427 1826 -
all-1908 -
obs--89.03 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.6063 Å / Origin y: 43.8457 Å / Origin z: -14.0014 Å
111213212223313233
T0.3005 Å2-0.0239 Å20.052 Å2-0.4507 Å2-0.0174 Å2--0.0143 Å2
L2.6679 °2-1.402 °21.3327 °2-1.6963 °2-0.8516 °2--1.3528 °2
S0.0004 Å °0.2165 Å °0.0706 Å °-0.1233 Å °-0.0731 Å °-0.0478 Å °-0.0163 Å °0.0664 Å °0.0726 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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