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万見
- PDB-5dkn: Crystal Structure of Calcium-loaded S100B bound to SBi4225 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dkn
タイトルCrystal Structure of Calcium-loaded S100B bound to SBi4225
要素Protein S100-B
キーワードMETAL BINDING PROTEIN/INHIBITOR / malignant melanoma / calcium binding / covalent inhibitor / METAL BINDING PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / TRAF6 mediated NF-kB activation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / adaptive thermogenesis / kinase inhibitor activity / sympathetic neuron projection extension / positive regulation of complement activation / RAGE receptor binding / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / S100 protein binding ...Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / TRAF6 mediated NF-kB activation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / adaptive thermogenesis / kinase inhibitor activity / sympathetic neuron projection extension / positive regulation of complement activation / RAGE receptor binding / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / S100 protein binding / phosphorylation / axonogenesis / astrocyte activation / tau protein binding / calcium-dependent protein binding / regulation of translation / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / learning or memory / cell adhesion / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / protein homodimerization activity / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein S100-B / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif ...Protein S100-B / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-B7I / Protein S100-B
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.528 Å
データ登録者Cavalier, M.C. / Ansari, M.I. / Pierce, A.D. / Wilder, P.T. / McKnight, L.E. / Raman, E.P. / Neau, D.B. / Bezawada, P. / Alasady, M.J. / Varney, K.M. ...Cavalier, M.C. / Ansari, M.I. / Pierce, A.D. / Wilder, P.T. / McKnight, L.E. / Raman, E.P. / Neau, D.B. / Bezawada, P. / Alasady, M.J. / Varney, K.M. / Toth, E.A. / MacKerell Jr., A.D. / Coop, A. / Weber, D.J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA154274 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM58888 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA107331 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Small Molecule Inhibitors of Ca(2+)-S100B Reveal Two Protein Conformations.
著者: Cavalier, M.C. / Ansari, M.I. / Pierce, A.D. / Wilder, P.T. / McKnight, L.E. / Raman, E.P. / Neau, D.B. / Bezawada, P. / Alasady, M.J. / Charpentier, T.H. / Varney, K.M. / Toth, E.A. / ...著者: Cavalier, M.C. / Ansari, M.I. / Pierce, A.D. / Wilder, P.T. / McKnight, L.E. / Raman, E.P. / Neau, D.B. / Bezawada, P. / Alasady, M.J. / Charpentier, T.H. / Varney, K.M. / Toth, E.A. / MacKerell, A.D. / Coop, A. / Weber, D.J.
履歴
登録2015年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月10日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein S100-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1794
ポリマ－10,6821
非ポリマー4973
水2,378132
1
A: Protein S100-B
ヘテロ分子

A: Protein S100-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3578
ポリマ－21,3642
非ポリマー9936
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_667-y+1,-x+1,-z+5/21
Buried area3560 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area10290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.046, 64.046, 47.563
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-103-

B7I

21A-292-

HOH

31A-294-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Protein S100-B / S-100 protein beta chain / S-100 protein subunit beta / S100 calcium-binding protein B


分子量: 10681.974 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: S100B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02638
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-B7I / 2,2'-[heptane-1,7-diylbis(oxybenzene-4,1-diyl)]bis(1H-imidazole)


分子量: 416.515 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H28N4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.12 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 / 詳細: 10% Peg 3,350; 0.1M Cacodylate, pH 6.4; 7.5mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.528→45.287 Å / Num. all: 15494 / Num. obs: 15494 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 15.87 Å2 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.06 / Rsym value: 0.048 / Net I/av σ(I): 9.194 / Net I/σ(I): 26.1 / Num. measured all: 74444
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.528-1.614.90.3472.31081021970.1970.3473.899.5
1.61-1.714.90.2193.51040521050.1240.2196.4100
1.71-1.834.90.1375.5976719870.0780.13710.6100
1.83-1.974.90.0848.6905018390.0470.08418.3100
1.97-2.164.90.05711.4843917280.0320.05729.2100
2.16-2.424.80.0512.4752915580.0280.0538.2100
2.42-2.794.70.05211.7660714000.0310.05245.5100
2.79-3.424.50.04712.2532211850.0280.04752.699.7
3.42-4.834.50.02226.742049430.0120.02262.499.3
4.83-45.2874.20.02211.323115520.0150.0225996.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MHO

1mho


解像度: 1.528→32.798 Å / FOM work R set: 0.8406 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2184 1546 10 %
Rwork0.1927 13910 -
obs0.1954 15456 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 47.65 Å2 / Biso mean: 18.52 Å2 / Biso min: 7.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.528→32.798 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数737 0 33 132 902
Biso mean--21.04 26.08 -
残基数----91
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012797
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.921087
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069109
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003135
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.927299
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5278-1.57710.25531360.21121221135799
1.5771-1.63340.23271370.200312351372100
1.6334-1.69880.20021390.192512591398100
1.6988-1.77620.2471390.198812461385100
1.7762-1.86980.26231370.203312301367100
1.8698-1.98690.24811410.201812711412100
1.9869-2.14030.24291390.188512491388100
2.1403-2.35560.22561420.188812781420100
2.3556-2.69640.211420.189412741416100
2.6964-3.39660.21971440.195612931437100
3.3966-32.80550.19071500.18731354150498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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