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- PDB-5dju: Crystal structure of LOV2 (C450A) domain in complex with Zdk3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dju
タイトルCrystal structure of LOV2 (C450A) domain in complex with Zdk3
要素
  • Engineered protein, Zdk3 affibody
  • NPH1-2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Protein binding / Protein engineering / Photoswitch / Light-induced signal transduction / LOV2 / Affibody / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


blue light photoreceptor activity / protein kinase activity / protein phosphorylation / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin FC, subunit C / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. ...Immunoglobulin FC, subunit C / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / PAS domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NPH1-2
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Avena sativa (エンバク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Tarnawski, M. / Wang, H. / Yumerefendi, H. / Hahn, K.M. / Schlichting, I.
引用ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2016
タイトル: LOVTRAP: an optogenetic system for photoinduced protein dissociation.
著者: Wang, H. / Vilela, M. / Winkler, A. / Tarnawski, M. / Schlichting, I. / Yumerefendi, H. / Kuhlman, B. / Liu, R. / Danuser, G. / Hahn, K.M.
履歴
登録2015年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月27日Group: Database references
改定 1.22016年9月7日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Engineered protein, Zdk3 affibody
A: NPH1-2
D: Engineered protein, Zdk3 affibody
C: NPH1-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,00111
ポリマ－46,9114
非ポリマー1,0907
水3,945219
1
B: Engineered protein, Zdk3 affibody
A: NPH1-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0186
ポリマ－23,4552
非ポリマー5634
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area10080 Å2
手法PISA
2
D: Engineered protein, Zdk3 affibody
C: NPH1-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9835
ポリマ－23,4552
非ポリマー5273
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3260 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area9960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.240, 74.500, 81.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Engineered protein, Zdk3 affibody


分子量: 6823.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 NPH1-2


分子量: 16631.729 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 404-546 / Mutation: C450A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Avena sativa (エンバク) / 遺伝子: NPH1-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O49004
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / Mutation: C450A / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C17H21N4O9P / 由来: (組換発現) Avena sativa (エンバク) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M citric acid pH 4.0, 1.0 M lithium chloride, 18% (w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00005 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月2日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00005 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 26342 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.374 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 88.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WKQ and a homology model based on 1Q2N

2wkq

1q2n


解像度: 2.1→44.252 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2582 1318 5 %
Rwork0.2049 --
obs0.2075 26338 96.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.252 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3292 0 5 219 3516
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083358
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0734553
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0621269
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046499
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006591
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.18410.3441310.26622471X-RAY DIFFRACTION87
2.1841-2.28350.33031440.23832745X-RAY DIFFRACTION98
2.2835-2.40390.29561490.22982823X-RAY DIFFRACTION99
2.4039-2.55450.28281460.23072775X-RAY DIFFRACTION99
2.5545-2.75170.26491470.20942804X-RAY DIFFRACTION99
2.7517-3.02850.27981490.21272816X-RAY DIFFRACTION98
3.0285-3.46660.25171470.2022800X-RAY DIFFRACTION98
3.4666-4.36690.22031490.17782834X-RAY DIFFRACTION98
4.3669-44.26210.2321560.19162952X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.39384.22782.65016.1411.86695.2823-0.00740.87180.4575-0.36780.20630.2827-0.10650.1907-0.31610.25680.07920.04910.3710.05210.2936-1.596313.8325-10.3308
22.3935-0.30920.05582.56690.59954.17930.0728-0.09310.40440.11540.0401-0.0497-0.14890.3518-0.07670.162-0.02360.04080.26670.0090.311-2.850514.68911.7736
32.3021-0.20460.424.12940.80652.30270.10270.0136-0.1456-0.11180.0067-0.15630.24260.2883-0.09630.20550.0115-0.03390.25180.02530.22423.2976-5.9501-8.0621
47.4405-5.8262-5.05175.01184.59824.5949-0.4517-0.1852-0.00850.87690.8062-0.35390.63830.5856-0.2550.33260.0115-0.1060.41310.0090.347214.3678-7.26760.2772
54.59664.2454.81543.92074.46566.0171-0.22060.15710.76550.14570.14020.5419-0.4252-0.04150.13220.21660.03560.03190.25870.00540.4394-16.7725-8.519-35.8718
60.3435-0.22140.372.737-0.10042.4767-0.08890.10180.04760.03750.1025-0.1302-0.0006-0.0216-0.01560.19260.0311-0.01290.2612-0.05660.369-15.7134-20.4839-36.8694
72.02610.46560.69721.3684-0.2153.790.0783-0.29480.01060.1140.02340.1511-0.1302-0.1193-0.10360.2153-0.01480.01840.2949-0.06960.347-22.3436-10.8187-16.2794
87.1218-4.5308-4.26145.30664.89425.3014-0.051-0.11090.39070.53820.26830.3620.842-0.8782-0.03540.3279-0.08220.06880.39350.06970.5408-33.736-18.7557-15.7311
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 20 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 21 through 60 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 402 through 521 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 522 through 546 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 6 through 20 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 21 through 60 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 402 through 521 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 522 through 546 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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