PDB-5dgo: Crystal structure of cell division cycle protein 45 (Cdc45)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dgo

タイトル

Crystal structure of cell division cycle protein 45 (Cdc45)

要素

Cell division control protein 45 homolog

キーワード

CELL CYCLE / DNA replication / CMG helicase subunit / RecJ fold

機能・相同性

機能・相同性情報

Unwinding of DNA / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / CMG complex / DNA replication checkpoint signaling / DNA replication preinitiation complex / double-strand break repair via break-induced replication / G1/S-Specific Transcription / DNA unwinding involved in DNA replication / DNA replication origin binding / Activation of the pre-replicative complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Simon, A.C. / Pellegrini, L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structure of human Cdc45 and implications for CMG helicase function.
著者: Simon, A.C. / Sannino, V. / Costanzo, V. / Pellegrini, L.

履歴

登録	2015年8月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dgo.cif.gz	235.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dgo.ent.gz	198.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dgo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dgo_validation.pdf.gz	441.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dgo_full_validation.pdf.gz	441.6 KB	表示
XML形式データ	5dgo_validation.xml.gz	26.2 KB	表示
CIF形式データ	5dgo_validation.cif.gz	40.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/5dgo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/5dgo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5zih-d 4k50-3 1i5p-d 4k50-1 3mwb-d 3n96-3 6odl-d 6ezd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (2) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (2) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cell division control protein 45 homolog

ヘテロ分子

64.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.795, 112.795, 143.060
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Cell division control protein 45 homolog / PORC-PI-1 分子量: 64277.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Residues 154 to 164 (11 aminoacids) were left out of the expression construct used for determination of the crystal structure. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDC45, CDC45L, CDC45L2, UNQ374/PRO710 / プラスミド: pRSFDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: O75419
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 541 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.91 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Buffer condition C2 of the Morpheus HT 96 crystallisation screen (Molecular Dimensions)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→48.84 Å / Num. obs: 61965 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 33.7 Å² / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 1.042 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→48.84 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 20.07 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1953	6037	5.08 %	RANDOM SELECTION
R_work	0.1679	-	-	-
obs	0.1693	62074	99.79 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4402	0	39	541	4982

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4766
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.62	6469
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.565	1786
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.025	708
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	842

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0982-2.1221	0.3451	167	0.2904	3642	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1221-2.147	0.2799	166	0.2769	3744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.147-2.1732	0.2684	242	0.2677	3785	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1732-2.2007	0.2633	226	0.2555	3692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2007-2.2297	0.2763	189	0.2523	3732	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2297-2.2602	0.2618	212	0.2365	3832	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2602-2.2925	0.2479	212	0.2333	3730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2925-2.3267	0.2729	205	0.2299	3782	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3267-2.3631	0.2237	223	0.2153	3741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3631-2.4018	0.2318	208	0.2112	3800	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4018-2.4432	0.2637	186	0.2108	3757	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4432-2.4877	0.2166	179	0.1957	3761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4877-2.5355	0.2414	195	0.1997	3796	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5355-2.5873	0.2527	214	0.1903	3741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5873-2.6435	0.2073	178	0.1904	3849	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6435-2.705	0.2448	188	0.1824	3729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.705-2.7727	0.2218	209	0.1764	3764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7727-2.8476	0.2143	203	0.1755	3807	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8476-2.9314	0.2019	217	0.1694	3735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9314-3.026	0.1771	202	0.1559	3766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.026-3.1341	0.1944	200	0.1613	3793	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1341-3.2596	0.2046	191	0.1645	3753	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2596-3.4079	0.202	249	0.1503	3736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4079-3.5875	0.1746	162	0.1464	3791	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5875-3.8122	0.1629	197	0.1344	3777	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8122-4.1064	0.1527	195	0.1331	3793	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1064-4.5194	0.1392	208	0.121	3768	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5194-5.1727	0.1421	203	0.1246	3764	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1727-6.5147	0.1862	197	0.1674	3780	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5147-48.8549	0.1805	214	0.1677	3746	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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