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- PDB-5dg5: CRYSTAL STRUCTURE OF THE TYROSINE KINASE DOMAIN OF THE HEPATOCYTE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dg5
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE TYROSINE KINASE DOMAIN OF THE HEPATOCYTE GROWTH FACTOR RECEPTOR C-MET IN COMPLEX WITH ALTIRATINIB ANALOG DP-4157
要素Hepatocyte growth factor receptor
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TYROSINE KINASE DOMAIN / HEPATOCYTE GROWTH FACTOR RECEPTOR C-MET / C-MET / ALTIRATINIB ANALOG / DP-4157 / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET Receptor Activation / MET interacts with TNS proteins / endothelial cell morphogenesis / semaphorin receptor activity / MET receptor recycling ...negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / hepatocyte growth factor receptor activity / Drug-mediated inhibition of MET activation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET Receptor Activation / MET interacts with TNS proteins / endothelial cell morphogenesis / semaphorin receptor activity / MET receptor recycling / pancreas development / MET activates PTPN11 / MET activates RAP1 and RAC1 / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / MET activates PI3K/AKT signaling / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / negative regulation of stress fiber assembly / MET activates PTK2 signaling / positive chemotaxis / branching morphogenesis of an epithelial tube / negative regulation of Rho protein signal transduction / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / semaphorin-plexin signaling pathway / establishment of skin barrier / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / MET activates RAS signaling / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / positive regulation of microtubule polymerization / negative regulation of autophagy / basal plasma membrane / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / molecular function activator activity / excitatory postsynaptic potential / Negative regulation of MET activity / liver development / receptor protein-tyrosine kinase / neuron differentiation / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protein tyrosine kinase activity / protein phosphatase binding / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / postsynapse / cell surface / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain ...Tyrosine-protein kinase, HGF/MSP receptor / Plexin family / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / IPT/TIG domain / ig-like, plexins, transcription factors / IPT domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Immunoglobulin E-set / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5B4 / Hepatocyte growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Smith, B.D. / Kaufman, M.D. / Leary, C.B. / Turner, B.A. / Wise, S.A. / Ahn, Y.M. / Booth, R.J. / Caldwell, T.M. / Ensinger, C.L. / Hood, M.M. ...Smith, B.D. / Kaufman, M.D. / Leary, C.B. / Turner, B.A. / Wise, S.A. / Ahn, Y.M. / Booth, R.J. / Caldwell, T.M. / Ensinger, C.L. / Hood, M.M. / Lu, W.-P. / Patt, T.W. / Patt, W.C. / Rutkoski, T.J. / Samarakoon, T. / Telikepalli, H. / Vogeti, L. / Vogeti, S. / Yates, K.M. / Chun, L. / Stewart, L.J. / Clare, M. / Flynn, D.L.
引用ジャーナル: Mol.Cancer Ther. / 年: 2015
タイトル: Altiratinib Inhibits Tumor Growth, Invasion, Angiogenesis, and Microenvironment-Mediated Drug Resistance via Balanced Inhibition of MET, TIE2, and VEGFR2.
著者: Smith, B.D. / Kaufman, M.D. / Leary, C.B. / Turner, B.A. / Wise, S.C. / Ahn, Y.M. / Booth, R.J. / Caldwell, T.M. / Ensinger, C.L. / Hood, M.M. / Lu, W.P. / Patt, T.W. / Patt, W.C. / Rutkoski, ...著者: Smith, B.D. / Kaufman, M.D. / Leary, C.B. / Turner, B.A. / Wise, S.C. / Ahn, Y.M. / Booth, R.J. / Caldwell, T.M. / Ensinger, C.L. / Hood, M.M. / Lu, W.P. / Patt, T.W. / Patt, W.C. / Rutkoski, T.J. / Samarakoon, T. / Telikepalli, H. / Vogeti, L. / Vogeti, S. / Yates, K.M. / Chun, L. / Stewart, L.J. / Clare, M. / Flynn, D.L.
履歴
登録2015年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepatocyte growth factor receptor
B: Hepatocyte growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9964
ポリマ－71,9812
非ポリマー1,0152
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area340 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area28420 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)37.130, 115.880, 90.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.920, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1050 - 1346 / Label seq-ID: 22 - 318

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Hepatocyte growth factor receptor / HGF receptor / HGF/SF receptor / Proto-oncogene c-Met / Scatter factor receptor / SF receptor / ...HGF receptor / HGF/SF receptor / Proto-oncogene c-Met / Scatter factor receptor / SF receptor / Tyrosine-protein kinase Met


分子量: 35990.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P08581, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-5B4 / N-(2,5-difluoro-4-{[2-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)pyridin-4-yl]oxy}phenyl)-N'-(4-fluorophenyl)cyclopropane-1,1-dicarboxam ide / ALTIRATINIB ANALOG DP-4157


分子量: 507.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C26H20F3N5O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein at 9.5mg/ml in 20 mM Tris pH 8.5, 100mM NaCl, 14mM 2-mercaptoethanol with 5-molar excess of compound; crystallization condition: 1.0M diammonium hydrogen phosphate, 0.2M sodium ...詳細: Protein at 9.5mg/ml in 20 mM Tris pH 8.5, 100mM NaCl, 14mM 2-mercaptoethanol with 5-molar excess of compound; crystallization condition: 1.0M diammonium hydrogen phosphate, 0.2M sodium chloride, 0.1M citrate pH 5.0 and 7.5% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月17日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 23076 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 47.861 Å2 / Rmerge F obs: 0.211 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rrim(I) all: 0.12 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 11.36 / Num. measured all: 73855
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.6-2.783.20.9790.6891.9713508424942210.82799.3
2.78-30.6170.4293.1212526392338990.51599.4
3-3.290.3110.2195.9711579366136250.26399
3.29-3.680.1490.10911.1410485333032830.13198.6
3.68-4.250.0810.06217.649125289528370.07498
4.25-5.20.0540.044237624244723820.05297.3
5.2-7.350.0540.04522.615869191918530.05496.6
7.350.0230.02437.65313910639760.02991.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
REFMAC5.8.0073精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2g15

2g15


解像度: 2.6→19.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / WRfactor Rfree: 0.2096 / WRfactor Rwork: 0.1759 / FOM work R set: 0.755 / SU B: 14.157 / SU ML: 0.283 / SU R Cruickshank DPI: 0.6743 / SU Rfree: 0.3023 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.674 / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2449 1161 5 %RANDOM
Rwork0.2036 ---
obs0.2057 21913 98.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 103.15 Å2 / Biso mean: 43.412 Å2 / Biso min: 15.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.37 Å20 Å2-0.51 Å2
2---3.3 Å20 Å2
3---4.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→19.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4603 0 74 33 4710
Biso mean--33.08 37.24 -
残基数----594
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0194812
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024537
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1961.9496554
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8932.98810405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5155594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.05123.211190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.75815767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5211523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2737
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215390
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021131
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2584.3762376
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2554.3752375
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8236.5622967
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 17561 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 72 -
Rwork0.349 1650 -
all-1722 -
obs--99.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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