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- PDB-5dd8: The Crystal structure of HucR mutant (HucR-E48Q) from Deinococcus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dd8
タイトルThe Crystal structure of HucR mutant (HucR-E48Q) from Deinococcus radiodurans
要素Transcriptional regulator, MarR family
キーワードTranscription regulator / HucR / Transcription factor / MarR
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stress / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
MarR family / : / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator, MarR family
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Deochand, D.K. / Perera, I.C. / Crochet, R.B. / Gilbert, N.C. / Newcomer, M.E. / Grove, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1051610 米国
引用ジャーナル: Mol Biosyst / 年: 2016
タイトル: Histidine switch controlling pH-dependent protein folding and DNA binding in a transcription factor at the core of synthetic network devices.
著者: Deochand, D.K. / Perera, I.C. / Crochet, R.B. / Gilbert, N.C. / Newcomer, M.E. / Grove, A.
履歴
登録2015年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Database references
改定 1.22016年8月10日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, MarR family
B: Transcriptional regulator, MarR family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6156
ポリマ－39,4732
非ポリマー1424
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7070 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area15320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.931, 44.931, 284.825
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 8 - 179 / Label seq-ID: 8 - 179

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator, MarR family


分子量: 19736.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
遺伝子: DR_1159 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RV71
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.5 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 22% (w/v) PEG 3350, 500 mM MgCl2, 100 mM Bis-Tris (pH 7.0)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→38.91 Å / Num. obs: 19997 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 10.7 % / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 2.1
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / Rsym value: 0.689 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FBK

2fbk


解像度: 2.05→38.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 13.911 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25667 1021 5.1 %RANDOM
Rwork0.2169 ---
obs0.21903 18943 98.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 62.797 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.55 Å20.28 Å20 Å2
2--0.55 Å2-0 Å2
3----1.79 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.05→38.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2386 0 4 75 2465
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0192418
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022458
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7342.0023276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87835612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0585306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.03521.42998
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.48215422
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0211534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2394
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212676
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02534
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.343.6251242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.343.6231241
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.975.3911542
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.9685.3941543
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3443.9961176
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3433.9991177
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0065.861735
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.19928.822829
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.21728.6132798
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 9349 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.04 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.052→2.105 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.328 76 -
Rwork0.293 1295 -
obs--92.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.46060.90873.2332.05222.22587.9951-0.2813-0.10470.2366-0.0476-0.01240.0606-0.5016-0.20760.29370.1178-0.0377-0.06740.1858-0.02850.1071-4.848426.247810.6106
22.75180.31542.64531.77051.68226.27570.84880.0917-0.35080.1535-0.1493-0.23561.23140.5278-0.69940.4059-0.0069-0.19750.27310.02740.1151-12.65655.3551-12.9008
32.22661.31382.94313.15142.91386.75790.2251-0.24010.039-0.008-0.20760.1890.4565-0.1687-0.01760.123-0.0589-0.05440.18970.03340.0455-18.247111.7095-13.4125
44.5381-0.07813.87941.45842.056.6776-0.0221-0.23460.151-0.1835-0.18290.0002-0.4294-0.35460.2050.1614-0.0608-0.05890.1879-0.0190.0945-21.225816.8721-20.5452
52.41710.56843.07561.56642.14065.81580.20870.3872-0.30260.31610.3361-0.1380.72690.6801-0.54480.183-0.0083-0.04620.2788-0.11250.0825-0.820414.23673.8071
64.02760.35623.88621.2611.05526.7277-0.21090.25450.18360.0280.2297-0.04820.06550.5028-0.01870.1193-0.05470.00370.1894-0.06260.0449-1.036221.65556.4336
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2A48 - 113
3X-RAY DIFFRACTION3A114 - 179
4X-RAY DIFFRACTION4B8 - 38
5X-RAY DIFFRACTION5B39 - 113
6X-RAY DIFFRACTION6B114 - 179

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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