PDB-5dcq: Crystal structure of bacterial adhesin, FNE from Streptococcus eq...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dcq

タイトル

Crystal structure of bacterial adhesin, FNE from Streptococcus equi spp. equi.

要素

Fibronectin-binding protein
artificial repeat proteins (alphaREP3)

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / adhesin / artificial repeat proteins / complex / extracellular matrix / pilus / thioester bond

機能・相同性

Uncharacterised domain CHP03934, TQXA / Thioester domain / Thioester domain / FORMIC ACID / Fibronectin-binding protein

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

Streptococcus equi subsp. equi (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Tiouajni, M. / Graille, M. / van Tilbeurgh, H.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2014
タイトル: Structural and functional analysis of the fibronectin-binding protein FNE from Streptococcus equi spp. equi.
著者: Tiouajni, M. / Durand, D. / Blondeau, K. / Graille, M. / Urvoas, A. / Valerio-Lepiniec, M. / Guellouz, A. / Aumont-Nicaise, M. / Minard, P. / van Tilbeurgh, H.

履歴

登録	2015年8月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dcq.cif.gz	459.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dcq.ent.gz	377.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dcq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5dcq_validation.pdf.gz	477.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5dcq_full_validation.pdf.gz	481.9 KB	表示
XML形式データ	5dcq_validation.xml.gz	50 KB	表示
CIF形式データ	5dcq_validation.cif.gz	73.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/5dcq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/5dcq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xi9S 3ltjS 4pfg PDB 未公開エントリ S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1nwk-d 4lc0-d 4h6u-d 3pst-d 1gjv-d 1gkx-d 2jri-d 2w7g-d 7c6y-d 1exm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: artificial repeat proteins (alphaREP3)

B: artificial repeat proteins (alphaREP3)

C: artificial repeat proteins (alphaREP3)

D: Fibronectin-binding protein

E: Fibronectin-binding protein

F: Fibronectin-binding protein

ヘテロ分子

149 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: artificial repeat proteins (alphaREP3)

ヘテロ分子

E: Fibronectin-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
DIMERIC
49.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: artificial repeat proteins (alphaREP3)

F: Fibronectin-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
DIMERIC
49.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: artificial repeat proteins (alphaREP3)

ヘテロ分子

D: Fibronectin-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
DIMERIC
49.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Fibronectin-binding protein

ヘテロ分子

A: artificial repeat proteins (alphaREP3)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
DIMERIC
49.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: Fibronectin-binding protein

ヘテロ分子

B: artificial repeat proteins (alphaREP3)

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
DIMERIC
49.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.688, 113.688, 152.623
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	artificial repeat proteins (alphaREP3) 分子量: 18678.240 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌)
#2: タンパク質	Fibronectin-binding protein 分子量: 30697.811 Da / 分子数: 3 / Fragment: UNP residues 35-299 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus equi subsp. equi (バクテリア) 遺伝子: fne 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q93ED6
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.5 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: magnesium formate, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 153 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.972 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→50 Å / Num. obs: 91861 / % possible obs: 97.78 % / 冗長度: 2.3 % / R_sym value: 0.06 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	解像度: 1.83→1.94 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / R_sym value: 0.642 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2XI9, 3LTJ

2xi9

3ltj

解像度: 1.83→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 6.309 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2025	4769	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1671	91861	-	-
obs	0.1688	96630	97.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 93.72 Å² / B_iso mean: 19.445 Å² / B_iso min: 7.14 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.21 Å²	0.1 Å²	-0 Å²
2-	-	0.21 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.83→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8507	0	36	1102	9645
B_iso mean	-	-	54.24	38.85	-
残基数	-	-	-	-	1069

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.02	8777
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	8269
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.501	1.969	11860
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.338	3	19110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.693	5	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.56	24.623	411
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.02	15	1554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.041	15	47
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	1271
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	9918
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1941
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.377	1.544	4305
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.378	1.545	4306
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.946	2.297	5378

LS精密化シェル

解像度: 1.826→1.873 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.282	390	-
R_work	0.269	6690	-
all	-	7080	-
obs	-	-	97.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4992	0.3011	1.3948	0.8313	0.0931	3.6213	-0.0748	-0.0215	0.0669	0.0571	-0.0138	-0.0797	-0.2663	0.1841	0.0886	0.0703	-0.0129	0.0101	0.0365	-0.014	0.0571	39.049	45.115	-33.896
2	1.8761	0.548	1.3047	1.2705	0.7628	4.184	0.0246	-0.0938	-0.0768	0.0188	-0.0218	-0.1448	-0.2037	0.1708	-0.0028	0.0633	-0.0156	0.0001	0.0318	0.0184	0.0745	38.412	43.411	17.913
3	1.7117	0.2746	-1.0372	0.868	-0.8252	4.0566	-0.0495	0.0385	-0.1332	-0.0463	0.0583	0.0938	0.1999	-0.3848	-0.0089	0.0785	-0.0226	-0.0093	0.0596	-0.0077	0.0534	15.661	57.864	-8.441
4	1.2494	-0.1068	0.2571	1.0822	-0.2826	3.4307	0.0454	-0.0367	-0.1101	-0.0175	0.0083	-0.074	0.4156	0.244	-0.0537	0.1126	0.0143	-0.0056	0.1045	-0.0027	0.0737	-8.492	32.294	-0.05
5	1.8875	0.0797	0.5897	1.6957	0.7478	3.3193	-0.0975	-0.1183	0.1881	-0.0843	-0.0418	0.106	-0.3761	-0.1191	0.1392	0.0615	0.0147	-0.0466	0.0147	-0.019	0.0724	63.506	67.825	-26.719
6	1.3404	-0.4482	0.4247	1.7848	-0.7785	2.39	-0.0096	0.0284	0.0935	0.1321	-0.0743	-0.1474	-0.2133	0.1238	0.0839	0.0361	-0.0062	-0.0182	0.0244	0.0216	0.0499	32.701	77.874	0.936

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	10 - 166
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	10 - 164
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	10 - 168
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 206
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 207
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 206

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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