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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5dce | ||||||
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タイトル | Neisseria meningitidis 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase regulated (Tryptophan) | ||||||
![]() | Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Allostery / aromatic amino acids / DAH7PS | ||||||
機能・相同性 | ![]() 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Heyes, L.C. / Parker, E.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Functional Unit of Neisseria meningitidis 3-Deoxy--Arabino-Heptulosonate 7-Phosphate Synthase Is Dimeric. 著者: Cross, P.J. / Heyes, L.C. / Zhang, S. / Nazmi, A.R. / Parker, E.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 526.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 434.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 471.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 481.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 49.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 68.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38712.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: MC58 / 遺伝子: aroG, NMB0307 / プラスミド: PT7-7 / 細胞株 (発現宿主): BL21 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9K169, 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | ChemComp-TRP / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.09 % / 解説: Monoclinic, P1211 |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 0.1M Tris HCl (pH 7.3), 0.2 M trimethyl-amino-N-oxide (TMAO), 0.4 mM MnSO4 and PEG 2000MME. PH範囲: 7.3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.954 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.23→75.37 Å / Num. obs: 72956 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 14.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.23→2.28 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 1.1 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.23→75.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 17.469 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.277 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.745 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.23→75.37 Å
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拘束条件 |
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