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- PDB-5dac: ATP-gamma-S bound Rad50 from Chaetomium thermophilum in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dac
タイトルATP-gamma-S bound Rad50 from Chaetomium thermophilum in complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3')
  • Putative uncharacterized protein,Putative uncharacterized protein
キーワードHYDROLASE / ATPase / ATPyS bound
機能・相同性
機能・相同性情報


Mre11 complex / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / double-stranded telomeric DNA binding / G-quadruplex DNA binding / single-stranded telomeric DNA binding / telomere maintenance via recombination / telomere maintenance via telomerase / guanyl-nucleotide exchange factor activity / condensed nuclear chromosome ...Mre11 complex / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / double-stranded telomeric DNA binding / G-quadruplex DNA binding / single-stranded telomeric DNA binding / telomere maintenance via recombination / telomere maintenance via telomerase / guanyl-nucleotide exchange factor activity / condensed nuclear chromosome / double-strand break repair / double-stranded DNA binding / ATP hydrolysis activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA repair protein Rad50, eukaryotes / SbcC/RAD50-like, Walker B motif / Rad50/SbcC-type AAA domain / AAA domain / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
4-(2-AMINOETHYL)BENZENESULFONYL FLUORIDE / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10) / DNA repair protein RAD50
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.503 Å
データ登録者Seifert, F.U. / Lammens, K. / Stoehr, G. / Kessler, B. / Hopfner, K.-P.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2016
タイトル: Structural mechanism of ATP-dependent DNA binding and DNA end bridging by eukaryotic Rad50.
著者: Seifert, F.U. / Lammens, K. / Stoehr, G. / Kessler, B. / Hopfner, K.P.
履歴
登録2015年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Database references
改定 1.22016年4月13日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein,Putative uncharacterized protein
B: Putative uncharacterized protein,Putative uncharacterized protein
C: DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
D: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,40210
ポリマ－109,9014
非ポリマー1,5026
水1,874104
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9070 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area45400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.312, 97.078, 115.012
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein,Putative uncharacterized protein


分子量: 50357.375 Da / 分子数: 2 / 変異: E1238Q,E1238Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
遺伝子: CTHT_0073630 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SHW7

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量: 4292.769 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3')


分子量: 4893.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 110分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#6: 化合物 ChemComp-AES / 4-(2-AMINOETHYL)BENZENESULFONYL FLUORIDE / AEBSF / AEBSF


分子量: 203.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10FNO2S / コメント: プロテアーゼ阻害剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.25 M potassium acetate, 42% (v/v) pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9716 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9716 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 36106 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.8 % / Rsym value: 0.2 / Net I/σ(I): 11.96
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 1.85 / Mean I/σ(I) obs: 1.33 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5da9

5da9


解像度: 2.503→49.477 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2458 1805 5 %
Rwork0.2103 --
obs0.2121 36099 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.503→49.477 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6831 615 90 104 7640
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087699
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19210510
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2942989
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051207
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051235
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.503-2.57070.36331280.32752423X-RAY DIFFRACTION94
2.5707-2.64630.33361370.29962610X-RAY DIFFRACTION100
2.6463-2.73170.29961380.27472613X-RAY DIFFRACTION100
2.7317-2.82940.28251370.262605X-RAY DIFFRACTION100
2.8294-2.94260.27551400.26642659X-RAY DIFFRACTION100
2.9426-3.07650.30341370.25832602X-RAY DIFFRACTION100
3.0765-3.23870.29931380.27222620X-RAY DIFFRACTION100
3.2387-3.44160.32051390.24722640X-RAY DIFFRACTION100
3.4416-3.70720.28171400.21752663X-RAY DIFFRACTION100
3.7072-4.08010.23671390.20332651X-RAY DIFFRACTION100
4.0801-4.67020.21071410.16192671X-RAY DIFFRACTION100
4.6702-5.88240.20661420.17972708X-RAY DIFFRACTION100
5.8824-49.48640.18741490.1742829X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 39.4474 Å / Origin y: 38.8463 Å / Origin z: 49.1344 Å
111213212223313233
T0.1631 Å20.0075 Å20.0472 Å2-0.4339 Å20.0403 Å2--0.4212 Å2
L0.4808 °20.1647 °20.3134 °2-0.5783 °20.0383 °2--0.3465 °2
S-0.0517 Å °-0.0446 Å °-0.1483 Å °-0.0231 Å °0.0048 Å °-0.1794 Å °0.0526 Å °0.0427 Å °0.0403 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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