PDB-5da9: ATP-gamma-S bound Rad50 from Chaetomium thermophilum in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5da9

タイトル

ATP-gamma-S bound Rad50 from Chaetomium thermophilum in complex with the Rad50-binding domain of Mre11

要素

Putative double-strand break protein
Putative uncharacterized protein,Putative uncharacterized protein

キーワード

HYDROLASE / ATPase / ATPyS bound

機能・相同性

機能・相同性情報

mitochondrial double-strand break repair via homologous recombination / Mre11 complex / meiotic DNA double-strand break formation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / double-stranded telomeric DNA binding / G-quadruplex DNA binding / 3'-5'-DNA exonuclease activity / single-stranded telomeric DNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Seifert, F.U. / Lammens, K. / Stoehr, G. / Kessler, B. / Hopfner, K.-P.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2016
タイトル: Structural mechanism of ATP-dependent DNA binding and DNA end bridging by eukaryotic Rad50.
著者: Seifert, F.U. / Lammens, K. / Stoehr, G. / Kessler, B. / Hopfner, K.P.

履歴

登録	2015年8月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5da9.cif.gz	419 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5da9.ent.gz	343.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5da9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/5da9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/5da9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dacC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6pb0-d 6yt0-1 8623 1y5l-d 0257 1siw-d 6boy-d 2q06-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (3) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein,Putative uncharacterized protein

B: Putative uncharacterized protein,Putative uncharacterized protein

C: Putative double-strand break protein

D: Putative double-strand break protein

ヘテロ分子

128 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.511, 125.086, 168.304
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein,Putative uncharacterized protein 分子量: 50827.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) 遺伝子: CTHT_0073630 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SHW7
#2: タンパク質	Putative double-strand break protein 分子量: 12716.786 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) 遺伝子: CTHT_0007600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RYR3
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S 分子量: 523.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₂P₃S コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M sodium chloride, 0.1 M magnesium chloride, 11% PEG 1500, 0.1 M Hepes buffer

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9797 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 47393 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.9 % / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 14.83
反射シェル	解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 1.114 / Mean I/σ(I) obs: 1.58 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
SHARP		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3→47.898 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2576	2363	4.99 %
R_work	0.2161	-	-
obs	0.2182	47386	99.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→47.898 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7736	0	64	14	7814

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	7905
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.04	10655
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.664	3019
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	1228
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1366

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9956-3.0567	0.4636	130	0.4687	2292	X-RAY DIFFRACTION	88
3.0567-3.1232	0.4616	127	0.3771	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1232-3.1958	0.4081	143	0.3172	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1958-3.2757	0.3256	138	0.2854	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2757-3.3642	0.296	141	0.27	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3642-3.4632	0.3548	141	0.2617	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4632-3.575	0.3216	140	0.2582	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.575-3.7027	0.3145	139	0.2302	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7027-3.8509	0.2748	141	0.2173	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8509-4.0261	0.245	140	0.2215	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0261-4.2382	0.3169	137	0.2118	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2382-4.5035	0.2809	139	0.1868	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5035-4.851	0.1653	145	0.1673	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
4.851-5.3386	0.2707	138	0.1844	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3386-6.1097	0.25	141	0.2231	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1097-7.6924	0.2631	140	0.2304	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
7.6924-47.9043	0.2014	143	0.1933	2679	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8794	-0.1605	-1.7083	0.359	-0.2529	1.8479	0.0016	-0.2541	-0.5863	-0.0969	-0.0948	-0.1355	0.1894	0.8217	0.0029	0.6121	-0.1121	0.0224	0.7811	0.015	0.6939	-4.9709	-31.9816	-47.3711
2	0.5471	0.2191	-1.0706	1.7824	1.2329	3.1496	0.5732	-0.2154	-0.18	-0.8914	0.2791	-0.098	-1.1327	-1.1267	0.9197	1.2624	0.1561	0.204	0.5215	-0.0106	0.667	-21.9846	-14.4947	-73.6009
3	1.9987	-0.068	-0.3155	1.9334	0.5842	2.7178	0.0771	0.0576	-0.5108	0.07	-0.1899	0.1811	0.3649	-0.2482	0.0006	0.5933	-0.2006	0.0072	0.5975	0.0795	0.7099	-25.5311	-37.2568	-43.0775
4	1.5261	-0.7398	1.1891	0.9754	-1.0706	1.42	0.2914	0.4079	0.4639	-0.1211	-0.2067	0.0975	-0.6727	-0.7016	-0.0451	0.9878	0.2891	0.3534	0.7612	0.3838	0.8662	-42.1269	-2.3945	-30.1092
5	-0.7742	-0.3748	-1.9732	2.7457	2.6447	-0.3493	0.4761	0.0132	-0.0072	0.0616	0.104	-0.6988	0.0861	0.5949	0.5305	0.8814	-0.4505	-0.0021	0.866	0.0592	0.9236	-12.7075	-2.7489	-21.9558
6	1.2715	0.1393	-0.7676	0.9496	-0.2808	0.5103	0.5195	-0.1075	-0.2707	-0.0884	-0.226	0.551	-0.2103	-0.6847	0.0191	0.707	-0.235	0.1415	0.7107	0.0578	0.768	-32.0167	-21.9146	-18.5859
7	0.0908	0.1939	0.1928	0.7519	0.8041	0.8419	0.3188	0.9319	-0.1651	0.0101	0.2999	1.3577	0.9947	-0.704	-0.0707	0.6428	0.0066	-0.0519	1.1963	0.1532	0.8401	-49.7608	-21.0638	-27.7444
8	0.6867	-0.4027	-0.4031	0.2484	0.2229	0.2147	-0.426	0.9705	1.4264	-1.6905	0.9855	-0.55	-0.7059	-0.4429	-0.0027	1.4477	-0.4449	-0.1111	1.1977	-0.2054	1.0515	-24.5312	-25.5171	-79.1862
9	3.2564	0.1232	0.7724	0.0279	0.0038	0.7691	-0.2275	0.4179	0.6964	0.7647	-0.104	-1.6937	-0.255	0.1863	0.0532	1.4603	-0.068	-0.0046	0.5348	-0.1867	1.0461	-15.027	-22.3294	-82.4854
10	0.0673	0.0447	0.0687	0.074	0.0361	0.0522	0.9627	0.1404	-0.1443	-0.1078	0.8062	-0.3416	-0.0537	0.5454	0.0017	1.7163	0.2259	0.3405	1.4247	-0.2037	1.3025	-5.4943	-18.5616	-72.608
11	2.956	-1.4686	0.8504	1.1098	-0.0572	0.6669	0.0212	1.1081	-0.223	-0.8742	0.2063	-0.8138	-0.6998	0.9457	-0.0052	0.7274	-0.3068	0.2142	0.7311	-0.4562	1.6527	-5.0109	-19.595	-91.3752
12	0.4922	0.202	-0.1504	0.1461	-0.1026	0.0677	-0.986	0.3371	-0.6191	-1.0627	-1.0203	-0.0971	-0.1023	0.2572	-0.0215	1.6847	-0.4965	0.0299	3.0119	-0.4487	1.3565	-10.5267	-20.5029	-111.06
13	0.6015	0.0072	-0.3166	0.0331	-0.0484	0.1719	-0.7108	0.1287	-1.5694	0.5418	-0.0916	0.1463	0.4505	-0.3824	-0.6099	2.1739	-0.4789	-0.0078	1.1952	0.0554	1.4716	-13.4625	-27.5636	-94.8256
14	2.7591	0.7002	2.6943	4.6049	2.8032	3.6785	1.0752	0.4915	0.1626	1.7726	0.5745	1.0483	-0.0598	-1.8376	1.9349	0.972	-0.2199	0.3966	1.6733	0.1915	1.0013	-15.6124	13.6714	-8.1814
15	0.3616	0.3403	-0.125	0.1572	0.5647	0.1405	0.1395	-0.3449	0.6446	0.0645	0.3849	0.5559	0.2212	-0.0546	0.117	0.4899	0.0412	0.261	1.1013	-0.3606	1.5572	-19.7811	21.8506	-8.987

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 153 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 154 through 1208 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1209 through 1311 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 153 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 154 through 1227 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1228 through 1290 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1291 through 1312 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 438 through 451 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 452 through 471 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 472 through 476 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 477 through 495 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 496 through 504 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 505 through 531 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 439 through 471 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 472 through 524 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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