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- PDB-5da6: Atomic resolution crystal structure of double-stranded RNA 32 bas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5da6
タイトルAtomic resolution crystal structure of double-stranded RNA 32 base pairs long determined from random starting phases angles in the presence of pseudo translational symmetry using the direct methods program SIR2014.
要素RNA (32-MER)
キーワードRNA / RNA editing substrate / double-stranded RNA / direct methods structure determination / pseudo translational symmetry
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Mooers, B.H.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI088011 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P20 GM103640 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Direct-methods structure determination of a trypanosome RNA-editing substrate fragment with translational pseudosymmetry.
著者: Mooers, B.H.
履歴
登録2015年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (32-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2562
ポリマ－10,2171
非ポリマー391
水4,252236
1
A: RNA (32-MER)
ヘテロ分子

A: RNA (32-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5124
ポリマ－20,4342
非ポリマー782
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
Buried area2920 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area11450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.890, 42.890, 266.936
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

K

21A-256-

HOH

31A-289-

HOH

41A-300-

HOH

51A-323-

HOH

61A-325-

HOH

71A-344-

HOH

81A-352-

HOH

91A-362-

HOH

101A-366-

HOH

111A-368-

HOH

121A-375-

HOH

131A-409-

HOH

141A-412-

HOH

151A-418-

HOH

-
要素

#1: RNA鎖 RNA (32-MER)


分子量: 10216.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: AGAGAAGAAAGGGAAAUUUUUUUUUUUUUUUU / 由来: (合成) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Lithium sulfate, magnesium chloride, cacodylate / PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.05→36.79 Å / Num. obs: 44942 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 10.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 1.05→1.11 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2142精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
Sir2014位相決定
Coot0.82preモデル構築
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.05→36.789 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1568 2337 5.2 %
Rwork0.1286 --
obs0.1301 44941 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→36.789 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 675 1 236 912
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005853
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0381328
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.261427
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039178
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01836
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.05-1.07140.24321530.22622437X-RAY DIFFRACTION99
1.0714-1.09470.19111170.18162504X-RAY DIFFRACTION100
1.0947-1.12020.19571220.1692445X-RAY DIFFRACTION99
1.1202-1.14820.17221300.16952476X-RAY DIFFRACTION100
1.1482-1.17930.1461250.13952483X-RAY DIFFRACTION100
1.1793-1.2140.14371520.11982464X-RAY DIFFRACTION100
1.214-1.25320.14851430.10812452X-RAY DIFFRACTION100
1.2532-1.29790.11471400.11172514X-RAY DIFFRACTION100
1.2979-1.34990.14961140.11312507X-RAY DIFFRACTION100
1.3499-1.41140.13291290.11782488X-RAY DIFFRACTION100
1.4114-1.48580.14331310.112533X-RAY DIFFRACTION100
1.4858-1.57890.12961540.10712485X-RAY DIFFRACTION100
1.5789-1.70080.12511560.10292474X-RAY DIFFRACTION99
1.7008-1.87190.12581320.10432534X-RAY DIFFRACTION100
1.8719-2.14270.14471450.12272559X-RAY DIFFRACTION100
2.1427-2.69950.17951450.14532552X-RAY DIFFRACTION99
2.6995-36.8120.18011490.13942697X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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