[日本語] English
万見
- PDB-5d9p: Crystal structure of PbGH5A, a glycoside hydrolase family 5 enzym... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d9p
タイトルCrystal structure of PbGH5A, a glycoside hydrolase family 5 enzyme from Prevotella bryantii B14, in complex with an inhibitory N-bromoacetylglycosylamine derivative of XXXG
要素B-1,4-endoglucanase
キーワードHYDROLASE / endo-beta-glucanase/endo-xyloglucanase / GLYCOSYL HYDROLASE FAMILY 5 / MIXED ALPHA-BETA / TIM BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


substituted mannan metabolic process / mannan endo-1,4-beta-mannosidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 26 / Glycosyl hydrolase family 26 / Glycosyl hydrolase family 26 domain / Glycosyl hydrolases family 26 (GH26) domain profile. / Secretion system C-terminal sorting domain / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel ...Glycoside hydrolase family 26 / Glycosyl hydrolase family 26 / Glycosyl hydrolase family 26 domain / Glycosyl hydrolases family 26 (GH26) domain profile. / Secretion system C-terminal sorting domain / Glycoside hydrolase, family 5 / Cellulase (glycosyl hydrolase family 5) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
B-1,4-endoglucanase
類似検索 - 構成要素
生物種Prevotella bryantii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Morar, M. / Stogios, P.J. / Xu, X. / Cui, H. / Di Leo, R. / Yim, V. / Savchenko, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structure-Function Analysis of a Mixed-linkage beta-Glucanase/Xyloglucanase from the Key Ruminal Bacteroidetes Prevotella bryantii B14.
著者: McGregor, N. / Morar, M. / Fenger, T.H. / Stogios, P. / Lenfant, N. / Yin, V. / Xu, X. / Evdokimova, E. / Cui, H. / Henrissat, B. / Savchenko, A. / Brumer, H.
履歴
登録2015年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月11日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / citation / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: B-1,4-endoglucanase
B: B-1,4-endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,2718
ポリマ－78,7752
非ポリマー4,4966
水13,511750
1
A: B-1,4-endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6364
ポリマ－39,3881
非ポリマー2,2483
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: B-1,4-endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6364
ポリマ－39,3881
非ポリマー2,2483
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.192, 49.015, 85.972
Angle α, β, γ (deg.)76.39, 89.98, 66.80
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 B-1,4-endoglucanase


分子量: 39387.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Prevotella bryantii (バクテリア)
プラスミド: p15TV-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O06842
#2: 多糖
alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-xylopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-xylopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-beta-D-glucopyranosylamine


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1103.975 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_1*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5][a212h-1a_1-5]/1-2-2-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_b6-g1_c4-d1_c6-f1_d6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp1NAc]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(6+1)][a-D-Xylp]{}}[(6+1)][a-D-Xylp]{}}[(6+1)][a-D-Xylp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 750 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 28 mg/mL plus 6.6 mM EDTA, incubated 4 degrees overnight, then added 8M XXXG-NHCOCH2Br (inhibitor), incubated at 37 degrees for 3 h, then 0.5 microL of this solution was mixed with 0.5 microL ...詳細: 28 mg/mL plus 6.6 mM EDTA, incubated 4 degrees overnight, then added 8M XXXG-NHCOCH2Br (inhibitor), incubated at 37 degrees for 3 h, then 0.5 microL of this solution was mixed with 0.5 microL of reservoir solution: 0.2 M calcium chloride, 20% (w/v) PEG3350. Cryoprotectant = paratone-N oil.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→31.921 Å / Num. obs: 60113 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 1.9 % / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 11.47
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.309 / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / % possible all: 86.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VDH

3vdh


解像度: 1.8→31.921 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 21.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2041 1850 3.08 %Random selection
Rwork0.1633 ---
obs0.1646 60096 92.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→31.921 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5444 0 302 750 6496
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085996
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1898192
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5082484
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046957
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051016
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.84820.34961300.25864140X-RAY DIFFRACTION85
1.8482-1.90260.27911380.23824270X-RAY DIFFRACTION89
1.9026-1.9640.25841420.21174361X-RAY DIFFRACTION90
1.964-2.03420.22021370.18994356X-RAY DIFFRACTION91
2.0342-2.11560.24691360.19254443X-RAY DIFFRACTION92
2.1156-2.21190.21821410.18414459X-RAY DIFFRACTION92
2.2119-2.32850.25271440.18794511X-RAY DIFFRACTION93
2.3285-2.47430.21171450.17334503X-RAY DIFFRACTION94
2.4743-2.66530.24511440.16934585X-RAY DIFFRACTION94
2.6653-2.93330.21981430.17484592X-RAY DIFFRACTION95
2.9333-3.35740.21371490.1634633X-RAY DIFFRACTION96
3.3574-4.22840.15481500.13454661X-RAY DIFFRACTION97
4.2284-31.92620.15661510.12594732X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.9301 Å / Origin y: -24.6715 Å / Origin z: -27.2349 Å
111213212223313233
T0.1444 Å2-0.0049 Å20.0058 Å2-0.1653 Å2-0.0095 Å2--0.1756 Å2
L0.0642 °2-0.0765 °20.1104 °2-0.2983 °2-0.2796 °2--0.4746 °2
S0.0284 Å °-0.0065 Å °-0.0082 Å °-0.0112 Å °0.0015 Å °0.0243 Å °0.0235 Å °0.0158 Å °0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る