PDB-5d8v: Ultra-high resolution structure of high-potential iron-sulfur protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5d8v

タイトル

Ultra-high resolution structure of high-potential iron-sulfur protein

要素

High-potential iron-sulfur protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / iron-sulfur protein

機能・相同性

機能・相同性情報

aerobic electron transport chain / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 0.48 Å

データ登録者

Hirano, Y. / Takeda, K. / Miki, K.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Charge-density analysis of an iron-sulfur protein at an ultra-high resolution of 0.48 angstrom
著者: Hirano, Y. / Takeda, K. / Miki, K.

履歴

登録	2015年8月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年5月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月15日	Group: Database references
改定 1.2	2017年2月22日	Group: Database references
改定 1.3	2020年2月19日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5d8v.cif.gz	83.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5d8v.ent.gz	64.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5d8v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5d8v_validation.pdf.gz	466.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5d8v_full_validation.pdf.gz	468.6 KB	表示
XML形式データ	5d8v_validation.xml.gz	9.4 KB	表示
CIF形式データ	5d8v_validation.cif.gz	13.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/5d8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/5d8v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3a39S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1rqm-d 6aiq-d 1quw-d 3s63-2 4ix9-4 6cee-d 1erv-d 2o3l-1 7bwh-d 5wqr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: High-potential iron-sulfur protein

ヘテロ分子

9.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.478, 58.905, 23.436
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	High-potential iron-sulfur protein / HiPIP 分子量: 8793.851 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Thermochromatium tepidum (紅色硫黄細菌) 参照: UniProt: P80176
#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium-citrate, 5 mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.45086 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月23日 / 詳細: fiber-optic taper
放射	モノクロメーター: Double-crystal Si(111) liquid-nitrogen-cooled プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.45086 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 0.48→20 Å / Num. obs: 301119 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 61.1
反射シェル	解像度: 0.48→0.5 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.339 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOPRO	11.1	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3A39

3a39

解像度: 0.48→20 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.078	-	5 %
R_work	0.072	-	-
obs	-	301119	96.3 %

原子変位パラメータ

B_iso mean: 6.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 0.48→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	616	0	51	180	847

LS精密化シェル

解像度: 0.48→0.48 Å / R_factor R_free: 0.41 / R_factor R_work: 0.397

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)