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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5d8t | ||||||
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タイトル | RNA octamer containing (S)-5' methyl, 2'-F U. | ||||||
要素 | RNA oligonucleotide containing (S)-C5'-Me-2'-FU | ||||||
キーワード | RNA / modified base | ||||||
機能・相同性 | COBALT HEXAMMINE(III) / RNA 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Harp, J.M. / Egli, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Org.Chem. / 年: 2016 タイトル: Structural Basis of Duplex Thermodynamic Stability and Enhanced Nuclease Resistance of 5'-C-Methyl Pyrimidine-Modified Oligonucleotides. 著者: Kel In, A.V. / Zlatev, I. / Harp, J. / Jayaraman, M. / Bisbe, A. / O Shea, J. / Taneja, N. / Manoharan, R.M. / Khan, S. / Charisse, K. / Maier, M.A. / Egli, M. / Rajeev, K.G. / Manoharan, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5d8t.cif.gz | 46.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5d8t.ent.gz | 35.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5d8t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5d8t_validation.pdf.gz | 406.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5d8t_full_validation.pdf.gz | 408.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5d8t_validation.xml.gz | 5.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5d8t_validation.cif.gz | 6.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/5d8t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d8/5d8t | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 2621.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-NCO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.04 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 40 mM sodium cacodylate, 20 mM hexamine Co(III) chloride, 20 mM MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.91833 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年7月24日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.91833 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 14.1 % / 数: 193718 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Χ2: 1.09 / D res high: 1.2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 13758 / % possible obs: 99.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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反射 | 解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 13758 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.145 / Net I/σ(I): 11.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.584 / % possible all: 100 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.2→29.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.42 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→29.24 Å
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拘束条件 |
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