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万見
- PDB-5d8j: Development of a therapeutic monoclonal antibody targeting secret... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d8j
タイトルDevelopment of a therapeutic monoclonal antibody targeting secreted aP2 to treat type 2 diabetes.
要素
  • Fatty acid-binding protein, adipocyte
  • HA3 Fab Heavy Chain
  • HA3 Fab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / AP2 / Fabp4 / Diabetes / metabolic syndrome
機能・相同性
機能・相同性情報


Triglyceride catabolism / hormone receptor binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / cellular response to lithium ion / long-chain fatty acid binding / white fat cell differentiation / fatty acid transport / long-chain fatty acid transport / brown fat cell differentiation / fatty acid metabolic process ...Triglyceride catabolism / hormone receptor binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / cellular response to lithium ion / long-chain fatty acid binding / white fat cell differentiation / fatty acid transport / long-chain fatty acid transport / brown fat cell differentiation / fatty acid metabolic process / cholesterol homeostasis / fatty acid binding / response to bacterium / positive regulation of inflammatory response / cellular response to tumor necrosis factor / positive regulation of cold-induced thermogenesis / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...Cytosolic fatty-acid binding proteins signature. / Intracellular lipid binding protein / Cytosolic fatty-acid binding / Calycin beta-barrel core domain / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin / Lipocalin / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fatty acid-binding protein, adipocyte
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Doyle, C. / Birrane, G.
引用ジャーナル: Sci Transl Med / 年: 2015
タイトル: Development of a therapeutic monoclonal antibody that targets secreted fatty acid-binding protein aP2 to treat type 2 diabetes.
著者: Burak, M.F. / Inouye, K.E. / White, A. / Lee, A. / Tuncman, G. / Calay, E.S. / Sekiya, M. / Tirosh, A. / Eguchi, K. / Birrane, G. / Lightwood, D. / Howells, L. / Odede, G. / Hailu, H. / West, ...著者: Burak, M.F. / Inouye, K.E. / White, A. / Lee, A. / Tuncman, G. / Calay, E.S. / Sekiya, M. / Tirosh, A. / Eguchi, K. / Birrane, G. / Lightwood, D. / Howells, L. / Odede, G. / Hailu, H. / West, S. / Garlish, R. / Neale, H. / Doyle, C. / Moore, A. / Hotamisligil, G.S.
履歴
登録2015年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fatty acid-binding protein, adipocyte
H: HA3 Fab Heavy Chain
L: HA3 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1604
ポリマ－62,0643
非ポリマー961
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5430 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area24980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.499, 66.040, 75.678
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Fatty acid-binding protein, adipocyte / 3T3-L1 lipid-binding protein / Adipocyte lipid-binding protein / ALBP / Adipocyte-type fatty acid- ...3T3-L1 lipid-binding protein / Adipocyte lipid-binding protein / ALBP / Adipocyte-type fatty acid-binding protein / AFABP / Fatty acid-binding protein 4 / Myelin P2 protein homolog / P15 / P2 adipocyte protein / Protein 422


分子量: 14815.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fabp4, Ap2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04117
#2: 抗体 HA3 Fab Heavy Chain


分子量: 23733.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 HA3 Fab Light Chain


分子量: 23515.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.02 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid, 150mM ammonium sulfate, 24% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→33.03 Å / Num. obs: 13077 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 6.8 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.011 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.23→2.37 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
PHASER位相決定
SCALAデータスケーリング
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→33.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.795 / SU ML: 0.404 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.493 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26922 664 5.1 %RANDOM
Rwork0.20485 ---
obs0.20821 12264 97.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.673 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.56 Å20 Å21.2 Å2
2--0.29 Å20 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3→33.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4308 0 5 13 4326
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.024412
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024060
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7291.9475998
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00339411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5915559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.21124.491167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.00915730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.1751516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2686
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214926
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02958
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.390.8942248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.390.8942247
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7331.3392803
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.7331.3392804
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.20.8992164
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.1960.8962158
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.4151.3253189
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.0768.12717741
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.0768.12817740
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 39 -
Rwork0.291 876 -
obs--95.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.40710.08161.32723.29610.40742.7196-0.09870.10020.1883-0.15990.03140.1626-0.04190.08910.06730.2803-0.0262-0.08090.0918-0.00130.0446-39.923-6.4531.06
22.87690.91620.42431.0046-0.39390.9765-0.0102-0.00740.20570.0415-0.0318-0.2299-0.01950.01210.0420.34330.0214-0.13860.04010.0130.2583-11.957.64814.234
32.7132-1.02330.06365.32990.24381.8541-0.04740.01720.1538-0.28580.0397-0.0277-0.02630.09280.00770.3592-0.0729-0.08070.07340.00410.02920.7032.68528.573
43.8919-0.13830.53711.8222-0.57311.48260.1252-0.1875-0.22980.2322-0.1196-0.2010.07770.0536-0.00560.3501-0.0244-0.14740.11560.02480.0986-14.407-11.81723.727
51.30082.25420.81656.93111.47031.13740.0494-0.18470.22860.5714-0.18870.58770.0085-0.24040.13930.35550.03910.03260.1893-0.00110.090613.657-0.81942.785
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L108 - 214
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 119
3X-RAY DIFFRACTION3B120 - 220
4X-RAY DIFFRACTION4C1 - 107
5X-RAY DIFFRACTION5C108 - 214

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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