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万見
- PDB-5d6u: X-ray crystal structure of ribonuclease A determined for the real... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d6u
タイトルX-ray crystal structure of ribonuclease A determined for the real space D/H contrast method
要素Ribonuclease pancreatic
キーワードHYDROLASE / Ribonuclease A / D/H contrast
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.52 Å
データ登録者Chatake, T. / Fujiwara, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
JSPS KAKENHI23770176 日本
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: A technique for determining the deuterium/hydrogen contrast map in neutron macromolecular crystallography
著者: Chatake, T. / Fujiwara, S.
履歴
登録2015年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease pancreatic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7682
ポリマ－13,7081
非ポリマー601
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area230 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area6940 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)30.340, 38.369, 53.188
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.75, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A


分子量: 13708.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Pancreas / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.41 % / 解説: H2O-solvent crystal of ribonuclease A
結晶化温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 5.8
詳細: 20 mg/mL ribonuclease A, 0.05 M sodium acetate, 50% 2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月23日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.52→16.9 Å / Num. obs: 16748 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 43.3
反射 シェル解像度: 1.52→1.57 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Mean I/σ(I) obs: 20.8 / % possible all: 95.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.6.4_486精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化解像度: 1.52→16.861 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 11.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1557 858 5.14 %
Rwork0.1305 --
obs0.1318 16708 91.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 51.799 Å2 / ksol: 0.368 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0204 Å20 Å21.2671 Å2
2--1.2624 Å20 Å2
3----1.2828 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.52→16.861 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数951 0 4 94 1049
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006999
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0081342
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.652373
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068148
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005176
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5202-1.61540.17261420.12892678X-RAY DIFFRACTION94
1.6154-1.740.12211400.10642707X-RAY DIFFRACTION94
1.74-1.91490.13331530.09432704X-RAY DIFFRACTION94
1.9149-2.19140.1451480.10682723X-RAY DIFFRACTION95
2.1914-2.7590.15781450.13052750X-RAY DIFFRACTION94
2.759-16.8620.17211300.16032288X-RAY DIFFRACTION78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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