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万見
- PDB-5d5x: Crystal structure of Chaetomium thermophilum Skn7 with SSRE DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d5x
タイトルCrystal structure of Chaetomium thermophilum Skn7 with SSRE DNA
要素
  • Putative transcription factor
  • SSRE DNA strand 1
  • SSRE DNA strand 2
キーワードTRANSCRIPTION / protein-DNA complex / double helix / helix-turn-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Heat shock factor (HSF)-type, DNA-binding / Heat shock transcription factor family / HSF-type DNA-binding / HSF-type DNA-binding domain signature. / heat shock factor / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily ...Heat shock factor (HSF)-type, DNA-binding / Heat shock transcription factor family / HSF-type DNA-binding / HSF-type DNA-binding domain signature. / heat shock factor / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription factor SKN7
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Neudegger, T. / Verghese, J. / Hayer-Hartl, M. / Hartl, F.U. / Bracher, A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure of human heat-shock transcription factor 1 in complex with DNA.
著者: Neudegger, T. / Verghese, J. / Hayer-Hartl, M. / Hartl, F.U. / Bracher, A.
履歴
登録2015年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月13日Group: Database references
改定 1.22016年1月20日Group: Structure summary
改定 1.32016年2月10日Group: Database references
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SSRE DNA strand 1
D: SSRE DNA strand 2
B: Putative transcription factor
E: Putative transcription factor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1804
ポリマ－33,1804
非ポリマー00
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area13710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.733, 43.328, 88.780
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.780, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-206-

HOH

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要素

#1: DNA鎖 SSRE DNA strand 1


分子量: 3945.589 Da / 分子数: 1 / 断片: DNA binding domain / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#2: DNA鎖 SSRE DNA strand 2


分子量: 3998.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#3: タンパク質 Putative transcription factor / CtSkn7


分子量: 12618.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0048700 / プラスミド: pHUE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: G0SB31
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 25 % PEG-2000 MME, 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.965 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.965 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→44.34 Å / Num. obs: 11227 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 45.5 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 56918
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.39-2.484.50.7931.7490610950.6430.41194
8.94-44.344.40.05126.510462370.9960.02699.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.27データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5D5W

5d5w


解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / WRfactor Rfree: 0.2814 / WRfactor Rwork: 0.2249 / FOM work R set: 0.7616 / SU B: 11.464 / SU ML: 0.269 / SU R Cruickshank DPI: 0.6397 / SU Rfree: 0.3232 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.64 / ESU R Free: 0.323 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2888 532 4.8 %RANDOM
Rwork0.2279 ---
obs0.2311 10639 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 112.52 Å2 / Biso mean: 50.29 Å2 / Biso min: 23.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.75 Å2-0 Å21.03 Å2
2---1.08 Å20 Å2
3----0.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1671 527 0 39 2237
Biso mean---41.22 -
残基数----223
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0172311
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021860
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1011.7033222
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.24134287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3225193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.37622.92999
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.65415292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.791514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2305
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022249
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02596
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.529 42 -
Rwork0.379 750 -
all-792 -
obs--99.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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