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- PDB-5d5o: HcgC from Methanocaldococcus jannaschii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d5o
タイトルHcgC from Methanocaldococcus jannaschii
要素Uncharacterized protein MJ0489
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Rossmann-like fold
機能・相同性FeGP cofactor biosynthesis protein, methyltransferase HcgC / FeGP cofactor biosynthesis protein, methyltransferase HcgC / Uncharacterized protein MJ0489
機能・相同性情報
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Fujishiro, T. / Ermler, U. / Shima, S.
資金援助 日本, ドイツ, 2件
組織認可番号
JST-PRESTO 日本
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / : 2016
タイトル: Identification of HcgC as a SAM-Dependent Pyridinol Methyltransferase in [Fe]-Hydrogenase Cofactor Biosynthesis.
著者: Fujishiro, T. / Bai, L. / Xu, T. / Xie, X. / Schick, M. / Kahnt, J. / Rother, M. / Hu, X. / Ermler, U. / Shima, S.
履歴
登録2015年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein MJ0489
B: Uncharacterized protein MJ0489
C: Uncharacterized protein MJ0489
D: Uncharacterized protein MJ0489
E: Uncharacterized protein MJ0489
F: Uncharacterized protein MJ0489
G: Uncharacterized protein MJ0489
H: Uncharacterized protein MJ0489
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)244,6259
ポリマ-244,5298
非ポリマー961
68538
1
A: Uncharacterized protein MJ0489
B: Uncharacterized protein MJ0489
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2283
ポリマ-61,1322
非ポリマー961
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area21370 Å2
手法PISA
2
C: Uncharacterized protein MJ0489
D: Uncharacterized protein MJ0489


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1322
ポリマ-61,1322
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area21910 Å2
手法PISA
3
E: Uncharacterized protein MJ0489
F: Uncharacterized protein MJ0489


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1322
ポリマ-61,1322
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area21680 Å2
手法PISA
4
G: Uncharacterized protein MJ0489
H: Uncharacterized protein MJ0489


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1322
ポリマ-61,1322
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area21690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.250, 143.280, 148.330
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid A
21chain B and segid B
31chain C and segid C
41chain D and segid D
51chain E and segid E
61chain F and segid F
71chain G and segid G
81chain H and segid H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segid AA0
211chain B and segid BB0
311chain C and segid CC0
411chain D and segid DD0
511chain E and segid EE0
611chain F and segid FF0
711chain G and segid GG0
811chain H and segid HH0

-
要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein MJ0489 / HcgC


分子量: 30566.113 Da / 分子数: 8 / 断片: Rossmann-like domain, residues 1-268 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: MJ0489 / プラスミド: pET24b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57913
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.21 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 27 % (v/v) PEG400, 45 mM Tris-HCl, 45 mM sodium sulfate, 45 mM lithium sulfate and 0.2 M 2,2,2-trifuloroethanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月13日
放射モノクロメーター: A double-crystal Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 149108 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 52.85 Å2 / Rmerge F obs: 0.33 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rrim(I) all: 0.156 / Χ2: 1.107 / Net I/σ(I): 7.72 / Num. measured all: 405877
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.7-2.81.4620.8181.594362216599158781.00895.7
2.8-31.0430.582.357055126949257790.71895.7
3-3.40.6160.3224.099094236722346490.40494.4
3.4-4.10.2540.1368.798722534670318090.1791.7
4.1-5.90.1220.07113.887529830517276200.08890.5
5.9-80.0980.05616.4523404924481170.06987.8
8-120.0440.03523.1210046436537210.04385.2
120.0370.03626.344789184715350.04383.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→48.326 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2628 4163 5.26 %
Rwork0.2166 74978 -
obs0.2191 79141 94.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 213.09 Å2 / Biso mean: 61.3534 Å2 / Biso min: 24.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→48.326 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15862 0 5 38 15905
Biso mean--164.27 39.49 -
残基数----1966
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00816155
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25421867
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532558
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062757
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2355987
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDRmsタイプ
11A9511X-RAY DIFFRACTION12.24TORSIONAL
12B9511X-RAY DIFFRACTION12.24TORSIONAL
13C9511X-RAY DIFFRACTION12.24TORSIONAL
14D9511X-RAY DIFFRACTION12.24TORSIONAL
15E9511X-RAY DIFFRACTION12.24TORSIONAL
16F9511X-RAY DIFFRACTION12.24TORSIONAL
17G9511X-RAY DIFFRACTION12.24TORSIONAL
18H9511X-RAY DIFFRACTION12.24TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.73070.39881390.33872522266198
2.7307-2.76280.38151140.31232580269497
2.7628-2.79650.35491300.30952563269398
2.7965-2.83190.39421090.31032537264697
2.8319-2.86910.33181090.32593270297
2.8691-2.90840.3631620.29292530269297
2.9084-2.950.34041550.27592482263797
2.95-2.9940.32141700.2832503267396
2.994-3.04080.37481470.28492542268997
3.0408-3.09060.30441400.28512555269597
3.0906-3.14390.33361320.28282492262496
3.1439-3.20110.29981300.26972548267896
3.2011-3.26260.31041500.25442524267496
3.2626-3.32920.30841380.24772503264196
3.3292-3.40160.3061710.22852476264796
3.4016-3.48070.26221180.23742552267095
3.4807-3.56770.24251180.21142516263496
3.5677-3.66410.28161110.2112536264795
3.6641-3.77190.24771250.21832481260694
3.7719-3.89360.25511420.22412502264494
3.8936-4.03270.22521420.20812493263594
4.0327-4.19410.2361620.18362459262194
4.1941-4.38480.23191180.16742503262194
4.3848-4.61590.23671260.15582457258393
4.6159-4.90480.21141410.16152485262693
4.9048-5.28310.20951380.16972455259392
5.2831-5.81390.23441790.19152415259492
5.8139-6.65340.2371930.19692378257190
6.6534-8.37540.22291140.18792435254988
8.3754-48.33370.22281400.19332361250183
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0739-0.7145-0.24889.88267.36846.4258-0.19990.5250.3004-1.039-0.15230.5247-0.9362-0.02290.42010.44230.0495-0.1040.54170.13330.3492-28.461440.3046-21.9332
22.39551.97435.35115.40152.68978.6251-0.11590.40070.5748-0.4358-0.04640.5119-0.1975-0.23560.04850.43830.0161-0.09840.72820.00180.5212-34.898524.9264-31.0771
37.59433.5640.4118.9542-0.10398.1203-0.08220.04910.44120.0859-0.32561.1523-0.0102-1.29010.25930.33280.0494-0.01680.7675-0.08530.3632-41.507116.3347-27.4979
42.62031.89482.53523.03644.11544.28640.08860.0988-0.3320.06670.0011-0.17610.2636-0.0917-0.09210.30640.02810.01260.4958-0.00890.3069-23.282617.5846-20.9576
50.87311.03680.04895.4553.38563.2154-0.07820.11770.2541-0.2077-0.05110.6834-0.019-0.16070.14660.33230.097-0.10490.39520.06250.4118-27.813641.3798-13.1066
63.17463.74631.64183.10255.68938.48450.5476-0.83980.54021.8077-1.13170.97381.2721-0.21690.62830.4949-0.02220.10440.7088-0.07210.4638-27.530641.383612.12
76.2425-0.60250.68543.2896-1.01682.08660.0701-1.0370.56020.8056-0.51891.43390.0046-1.47590.39290.6186-0.10150.25381.3299-0.54671.171-33.957958.643820.7103
83.1667-1.057-2.44724.72112.57397.78220.1048-0.86161.3203-0.50350.29041.2091-1.62-0.401-0.1920.7275-0.02740.15121.0661-0.49581.1555-31.07469.644916.7408
93.2965-1.8805-4.07484.8014.65559.81360.6245-1.0641.26180.46470.5472-0.5004-1.27020.6986-0.99120.6795-0.09220.09990.61-0.20470.7658-16.914365.65848.8426
101.37421.6198-0.13535.20232.38182.525-0.0853-0.08970.56580.11090.02060.4988-0.1035-0.10060.02910.22220.03140.03230.3717-0.01240.4586-23.667444.52492.6589
112.25090.84920.15083.64562.75664.25350.0216-0.21730.40780.1446-0.17490.3579-0.1249-0.09420.14680.3261-0.06020.07610.57190.060.3532-27.864140.19776.2035
120.89411.61831.50716.99865.78854.5815-0.24330.14820.3516-1.5340.3514-0.0865-1.43880.3579-0.05180.7148-0.13970.0440.44760.09830.49787.72361.0334-5.5382
138.62862.26893.38225.64041.28437.4312-0.29650.54980.4236-0.56380.2-1.0241-0.56120.92330.1750.4984-0.08870.05010.4286-0.03560.597717.956865.64826.6385
146.08715.35313.24899.86182.87223.1964-0.0981-0.59310.49070.1671-0.25920.5731-0.22690.14990.30850.34910.06240.06850.4207-0.02810.30332.815963.111811.9282
150.57161.61080.92924.41484.09553.5122-0.11140.1768-0.034-0.38650.0844-0.0463-0.5560.2899-0.00590.4129-0.05110.05610.35710.12950.32535.355847.197-8.888
16-0.2292-0.6073-1.36937.46464.45354.0869-0.3065-0.3436-0.25820.67280.5664-0.25840.71450.6363-0.27020.31970.1383-0.05050.46450.0950.42497.159316.6209-7.9308
175.6096-1.211-2.25027.65312.14557.02350.2118-0.41360.194-0.1506-0.1657-0.76410.15721.1706-0.04040.30320.10.05670.48160.07780.319415.097910.3176-24.1589
183.5517-3.4932-1.93188.35262.30242.87160.09980.5444-0.4729-0.8212-0.36221.0708-0.06790.10050.23460.33740.08-0.14590.4137-0.03160.4371-1.732316.5524-26.6984
190.48260.0570.4875.28613.40732.9896-0.00740.11870.01620.1406-0.0685-0.02460.09720.26450.07630.24430.06510.00480.41170.14050.3313.236630.2832-5.0643
202.05332.964-3.33135.9171-6.68389.1953-0.1673-0.68780.39561.3008-0.1401-0.4343-0.91970.1947-0.01940.43390.22560.08750.76940.00250.352923.837440.243-52.3036
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231.43460.9837-0.15756.2655-3.48523.3373-0.0091-0.07-0.0691-0.1392-0.0773-0.52330.05610.57560.0370.32850.06180.04990.5608-0.12790.337523.064941.3009-61.1004
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253.26990.4007-2.18721.7757-1.18097.1540.53210.86461.0006-0.614-0.5673-0.963-0.53971.0301-0.00090.72160.16440.3211.00570.37440.962223.817864.576-90.4583
261.7658-0.79280.15342.8706-0.96471.13540.00840.21890.2589-0.207-0.0471-0.40930.07540.18540.01930.47080.15850.14650.64450.0420.38122.547645.093-76.6077
270.9971-0.71270.18562.7134-2.29421.55960.30650.20250.1038-0.9165-0.2857-0.16570.43750.2455-0.15370.64040.14420.05160.6728-0.04880.302317.371537.3712-82.1144
281.16182.0335-2.13448.3995-6.42195.295-0.283-0.96420.76610.91720.46140.0455-0.8165-0.8166-0.08310.38540.0067-0.06830.0628-0.20760.6891-10.785356.031-63.504
297.4483-0.45823.13516.7668-0.7786.16850.112-0.52-0.0609-0.26550.00161.07280.006-0.9509-0.13960.27520.0073-0.01850.56430.00030.6522-21.194967.6794-79.8467
305.4634-4.02731.64417.1959-3.10183.91030.13070.48160.3884-0.5695-0.25420.119-0.22450.13490.14630.3996-0.0647-0.07120.3044-0.01640.4534-7.712363.3392-85.6422
310.4657-0.5432-0.08276.3829-2.85853.00840.06960.058-0.0231-0.3579-0.08610.27750.28940.02370.07520.29010.03930.03440.35-0.13230.3152-10.155547.2834-65.0837
320.3791.2247-0.76853.7186-5.84158.095-0.23380.1102-0.2131-0.97190.37260.00950.9448-0.3731-0.14810.74070.02880.03180.395-0.10920.5056-13.765115.7794-64.0522
332.30393.1002-1.30514.3892-2.19211.9707-0.0315-0.2084-0.3511-0.3595-0.291-0.6670.57980.27360.34160.53920.16260.05840.308-0.00770.4919-6.885715.7644-49.8022
340.8886-0.20950.11924.4202-2.23964.47790.0120.1064-0.2245-0.46570.00520.18420.4194-0.0171-0.00590.4128-0.0727-0.03790.291-0.07810.3365-9.891332.0195-70.7513
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 13 through 42 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 43 through 69 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 70 through 116 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 117 through 184 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 185 through 268 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 13 through 42 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 43 through 96 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 97 through 139 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 140 through 166 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 167 through 221 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 222 through 268 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 13 through 55 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 56 through 105 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 106 through 184 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 185 through 268 )C0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 13 through 69 )D0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 70 through 116 )D0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 117 through 166 )D0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 167 through 268 )D0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 13 through 42 )E0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 43 through 116 )E0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 117 through 184 )E0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 185 through 268 )E0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 13 through 42 )F0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 43 through 166 )F0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 167 through 233 )F0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 234 through 268 )F0
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'G' and (resid 13 through 42 )G0
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'G' and (resid 43 through 105 )G0
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'G' and (resid 106 through 184 )G0
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid 185 through 268 )G0
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'H' and (resid 13 through 91 )H0
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'H' and (resid 92 through 184 )H0
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'H' and (resid 185 through 268 )H0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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