PDB-5d4v: HcgC with SAH and a guanylylpyridinol (GP) derivative

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5d4v

タイトル

HcgC with SAH and a guanylylpyridinol (GP) derivative

要素

Uncharacterized protein MJ0489

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Rossmann-like fold

機能・相同性

FeGP cofactor biosynthesis protein, methyltransferase HcgC / FeGP cofactor biosynthesis protein, methyltransferase HcgC / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Chem-YGP / Uncharacterized protein MJ0489

機能・相同性情報

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Fujishiro, T. / Ermler, U. / Shima, S.

資金援助

日本,

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2016
タイトル: Identification of HcgC as a SAM-Dependent Pyridinol Methyltransferase in [Fe]-Hydrogenase Cofactor Biosynthesis.
著者: Fujishiro, T. / Bai, L. / Xu, T. / Xie, X. / Schick, M. / Kahnt, J. / Rother, M. / Hu, X. / Ermler, U. / Shima, S.

履歴

登録	2015年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月10日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5d4v.cif.gz	453 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5d4v.ent.gz	371.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5d4v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5d4v_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5d4v_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	5d4v_validation.xml.gz	50.3 KB	表示
CIF形式データ	5d4v_validation.cif.gz	73.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/5d4v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/5d4v	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5d4tC 5d4uSC 5d5oC 5d5tC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5d4u-1 5d5o-3 5d4u-2 4j30-1 3th1-2 1zyc-1 1zxe-1 4j32-1 5d5o-2 5d5o-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein MJ0489

B: Uncharacterized protein MJ0489

C: Uncharacterized protein MJ0489

D: Uncharacterized protein MJ0489

ヘテロ分子

126 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Uncharacterized protein MJ0489

C: Uncharacterized protein MJ0489

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.2 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Uncharacterized protein MJ0489

D: Uncharacterized protein MJ0489

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	86.110, 70.480, 91.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.190, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A and segid A
2	1	chain B and segid B
3	1	chain C and segid C
4	1	chain D and segid D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	1	1	chain A and segid A	A
2	1	1	chain B and segid B	B
3	1	1	chain C and segid C	C
4	1	1	chain D and segid D	D

#1: タンパク質	Uncharacterized protein MJ0489 / HcgC 分子量: 30566.113 Da / 分子数: 4 / 断片: Rossmann-like domain, residues 1-268 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 遺伝子: MJ0489 / プラスミド: pET24b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57913
#2: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-YGP / 5'-O-[(R)-[(3,6-dimethyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-4-yl)oxy](hydroxy)phosphoryl]guanosine 分子量: 484.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₆O₉P
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 937 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.04 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2% (w/v) PEG8000, 0.5 M lithium sulfate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月1日

放射

モノクロメーター: A double-crystal Si(111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 139537 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 22.9 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_rim(I) all: 0.055 / Χ²: 0.996 / Net I/σ(I): 15.99 / Num. measured all: 622756

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.6-1.7		4.4	0.704	0.802	2.26	101483	23152	23076	0.911	99.7
1.7-1.9			0.915	0.37	4.7	146402	32936	32891	0.421	99.9
1.9-2.2			0.987	0.123	11.86	133869	29625	29584	0.14	99.9
2.2-2.5			0.996	0.063	20.25	78452	17119	17100	0.071	99.9
2.5-2.7			0.997	0.046	25.62	34305	7587	7571	0.052	99.8
2.7-3			0.998	0.037	29.98	33761	7890	7867	0.042	99.7
3-3.3			0.998	0.032	36.43	24325	5314	5302	0.036	99.8
3.3-3.5			0.998	0.029	41.54	11618	2593	2585	0.033	99.7
3.5-3.8			0.998	0.028	42.55	12859	2929	2921	0.032	99.7
3.8-4			0.999	0.027	40.89	6141	1519	1509	0.031	99.3
4-4.3			0.998	0.027	42.73	7070	1780	1772	0.031	99.6
4.3-5.9			0.998	0.028	46.78	20242	4481	4463	0.032	99.6
5.9-8			0.998	0.029	42.52	7013	1720	1711	0.033	99.5
8-12			0.999	0.028	45.91	3647	828	827	0.032	99.9
	12		0.998	0.031	46.55	1569	371	358	0.034	96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5D4U

5d4u

解像度: 1.6→44.283 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2079	6977	5 %
R_work	0.1706	132554	-
obs	0.1724	139531	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 119.41 Å² / B_iso mean: 31.7103 Å² / B_iso min: 11.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→44.283 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8342	0	260	937	9539
B_iso mean	-	-	52.47	40.76	-
残基数	-	-	-	-	1034

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	8779
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.446	11927
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	1368
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1478
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.447	3229

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4974	X-RAY DIFFRACTION	7.474	TORSIONAL
1	2	B	4974	X-RAY DIFFRACTION	7.474	TORSIONAL
1	3	C	4974	X-RAY DIFFRACTION	7.474	TORSIONAL
1	4	D	4974	X-RAY DIFFRACTION	7.474	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.6182	0.3269	230	0.2977	4372	4602	99
1.6182-1.6372	0.3196	233	0.2774	4422	4655	100
1.6372-1.6572	0.3516	228	0.2837	4347	4575	100
1.6572-1.6782	0.2809	235	0.2651	4456	4691	100
1.6782-1.7002	0.3037	229	0.2578	4360	4589	100
1.7002-1.7235	0.2801	233	0.2458	4430	4663	100
1.7235-1.7482	0.2696	229	0.2411	4333	4562	100
1.7482-1.7743	0.2676	233	0.2217	4443	4676	100
1.7743-1.802	0.2357	231	0.2195	4391	4622	100
1.802-1.8315	0.2747	234	0.2243	4431	4665	100
1.8315-1.8631	0.275	230	0.2181	4383	4613	100
1.8631-1.897	0.2484	233	0.2077	4421	4654	100
1.897-1.9335	0.247	231	0.1937	4391	4622	100
1.9335-1.9729	0.2273	231	0.189	4394	4625	100
1.9729-2.0158	0.2219	234	0.1751	4444	4678	100
2.0158-2.0627	0.2165	233	0.1841	4412	4645	100
2.0627-2.1143	0.2196	232	0.1734	4407	4639	100
2.1143-2.1715	0.2054	230	0.1679	4372	4602	100
2.1715-2.2354	0.2126	233	0.1691	4440	4673	100
2.2354-2.3075	0.2224	233	0.1654	4421	4654	100
2.3075-2.39	0.2102	233	0.1709	4434	4667	100
2.39-2.4857	0.2242	232	0.1643	4394	4626	100
2.4857-2.5988	0.2113	233	0.1688	4441	4674	100
2.5988-2.7358	0.2208	233	0.1718	4421	4654	100
2.7358-2.9072	0.1983	233	0.1693	4419	4652	100
2.9072-3.1316	0.2086	233	0.1689	4435	4668	100
3.1316-3.4466	0.187	234	0.1612	4454	4688	100
3.4466-3.9451	0.1801	235	0.1422	4458	4693	100
3.9451-4.9693	0.1604	235	0.1298	4472	4707	100
4.9693-44.2995	0.1836	241	0.1591	4556	4797	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6788	-0.33	-0.5029	0.9829	1.0564	3.5499	-0.0524	-0.0584	-0.0689	0.0312	-0.1326	0.2717	-0.0745	-0.4529	0.1944	0.1778	0.0275	-0.0204	0.2754	-0.0269	0.296	-13.0961	12.5038	33.5857
2	5.9718	-1.0588	-2.9281	1.2762	0.5847	3.3307	-0.166	-0.7409	-0.0934	0.3297	0.1307	-0.0009	0.0597	0.247	0.0236	0.2567	0.0675	-0.0095	0.2965	0.0164	0.1749	-0.057	9.868	44.9904
3	1.2871	-0.2879	-0.7278	0.5679	0.2299	2.5931	-0.0671	-0.0164	-0.0623	0.0121	-0.0305	0.1165	-0.0159	-0.0202	0.098	0.1371	0.0096	-0.0264	0.1557	-0.019	0.212	0.059	7.798	19.409
4	4.276	-0.9817	-3.7458	4.2688	2.7342	2.0309	0.1687	0.3243	0.0311	-0.6911	0.2736	-0.4834	-0.1715	0.7487	-0.3633	0.2579	-0.0029	0.0388	0.4051	-0.0076	0.2877	39.6502	-10.0677	11.6058
5	0.7579	-0.2363	-0.6495	1.8849	0.1564	3.0896	0.0972	-0.311	0.0534	0.2849	-0.0873	-0.2817	-0.22	0.4548	-0.0129	0.2263	-0.044	-0.0224	0.3703	0.0229	0.228	29.1671	-4.4566	45.9567
6	1.2267	-1.2825	0.211	5.2095	0.5882	5.7212	0.0749	-0.4314	-0.1149	0.1735	-0.0572	-0.6472	0.1205	0.7947	-0.0299	0.205	-0.0022	-0.0085	0.4627	0.1115	0.2882	27.3132	-16.4786	53.5368
7	1.8371	0.0729	1.0655	2.0165	-0.2247	3.3957	0.011	-0.4121	-0.0551	0.3543	0.0027	0.167	-0.0739	-0.2522	-0.0036	0.1787	0.0395	0.0508	0.243	0.0236	0.1572	13.2918	-5.7212	43.6509
8	1.11	-0.079	-1.0871	0.6766	0.5269	3.7683	-0.0601	-0.1299	-0.0984	0.0689	0.0387	-0.041	0.1392	0.099	0.0058	0.1031	0.001	-0.0086	0.1807	0.0063	0.1543	28.6342	-8.6414	23.9371
9	6.5712	-0.8023	-7.0171	3.054	1.0586	2.0911	0.09	-0.7264	0.2833	0.516	0.0518	-0.0106	-0.4114	0.6255	-0.3185	0.3475	-0.0493	-0.0516	0.3535	-0.0796	0.3045	10.555	23.2751	26.1914
10	6.2676	-2.5914	-7.683	1.3547	3.0563	2.367	0.3633	-0.3515	0.7013	-0.1676	0.1924	-0.3882	-0.5413	0.651	-0.4359	0.2474	-0.0254	-0.0095	0.3481	-0.0183	0.3014	25.3899	18.5745	-0.0059
11	4.1753	-0.4851	-1.0546	3.2224	-0.657	4.098	0.0385	0.0136	0.4098	-0.101	0.1719	-0.1703	-0.2523	0.2658	-0.1645	0.2425	-0.0461	0.0134	0.1945	0.0071	0.2365	24.2353	23.3768	-12.1381
12	3.5894	-0.5647	-0.4658	3.068	-0.7024	3.6282	0.0463	0.2829	0.3874	-0.3057	0.2055	0.3257	-0.3722	-0.3391	-0.2598	0.2568	-0.0226	-0.0111	0.2081	0.1042	0.2908	15.4415	24.9689	-17.9333
13	2.2565	1.3705	-1.7091	3.8152	-1.8995	3.2427	-0.1801	0.1562	-0.1479	-0.3368	0.1348	-0.0852	0.184	0.0172	0.0531	0.1968	0.0098	-0.0224	0.145	-0.019	0.2013	19.8699	6.7364	-11.1167
14	0.6248	0.2294	-1.0576	0.2813	0.2747	8.8959	0.0089	-0.0431	-0.0481	-0.0439	0.0071	-0.0229	0.3178	0.1502	-0.0118	0.1962	0.0103	-0.0161	0.1615	-0.0034	0.2466	14.3544	11.3609	12.7668
15	0.7195	0.137	-0.3454	1.0294	-0.8755	4.8364	0.047	0.0488	0.1735	-0.0396	0.0614	0.0684	-0.3604	-0.1859	-0.0967	0.2049	0.0215	-0.0104	0.1537	-0.015	0.2414	7.8877	20.4896	11.8458
16	2.0224	-0.5532	-2.8253	1.6296	1.8952	8.5756	-0.0338	-0.3953	0.0724	0.0508	0.2599	-0.2083	0.1507	1.0856	-0.0576	0.1464	-0.0079	-0.0311	0.2635	-0.0332	0.2208	25.0966	12.6366	9.0605
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18	5.0206	0.8025	2.3852	2.207	1.0441	5.2664	0.0596	-0.1746	-0.444	0.1474	0.0437	0.0386	0.4845	-0.0166	-0.1017	0.1862	0.0226	0.0298	0.1305	0.0069	0.2099	28.9061	-28.1523	-9.1553
19	2.3641	-1.6089	-1.1425	2.1959	0.1689	2.3782	0.0373	0.0203	-0.0383	-0.1226	-0.0561	-0.2988	0.049	0.2993	0.0317	0.1439	0.0067	0.0014	0.1778	0.0029	0.1917	38.136	-22.2641	-15.006
20	1.3093	-0.7927	-1.1052	3.4316	3.416	6.0243	0.0084	-0.0404	0.0872	-0.2557	-0.0059	-0.0707	-0.5052	0.2507	-0.0472	0.1415	-0.0113	-0.0015	0.1276	0.0249	0.1384	29.7641	-8.6381	-9.1197
21	3.51	0.4215	-0.0114	5.4195	4.4284	2.0496	-0.0425	0.3606	0.1743	-0.5828	-0.0098	-0.0531	-0.6501	0.2436	-0.0567	0.2333	-0.0261	0.0288	0.2217	0.0272	0.1822	30.8938	-8.8753	-17.6129
22	1.3522	-0.3119	-0.8444	2.4304	2.1328	4.9312	-0.0173	-0.0101	-0.0377	0.1183	-0.1486	0.2542	-0.172	-0.3393	0.2487	0.1193	0.0052	0.0156	0.1174	0.0028	0.1619	21.0962	-9.0497	-2.5423
23	2.2238	-1.6604	-3.2039	0.8827	1.4644	7.0285	0.0648	-0.129	0.137	0.0707	0.0072	0.0682	-0.1745	0.0415	-0.1139	0.174	-0.0244	0.0078	0.1561	0.0063	0.1574	19.657	-12.7951	12.435
24	8.6041	-2.4659	-4.581	2.3894	1.6347	3.9289	0.1421	0.02	-0.0112	-0.0891	-0.0603	-0.1893	0.0682	0.1498	-0.0721	0.2313	-0.018	0.0038	0.1979	0.0318	0.2178	24.331	-17.2281	17.4804
25	8.2311	-2.8329	-6.0384	2.2763	2.8657	6.8606	-0.276	-0.3105	-0.4852	0.2917	0.134	-0.0329	0.5948	0.4641	0.1441	0.3212	0.0328	-0.0207	0.2085	0.0612	0.254	25.1226	-24.1606	16.3602
26	3.4495	2.5357	-4.0395	4.3817	-4.8943	2.556	0.019	0.1686	0.1214	-0.0514	0.2547	0.3564	0.3571	-0.8076	-0.2656	0.1888	-0.0348	-0.0209	0.2065	-0.0079	0.2359	13.0341	-14.5932	3.4305

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 12 through 116 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 117 through 166 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 167 through 268 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 9 through 22 )	B
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 23 through 77 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 78 through 116 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 117 through 184 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 185 through 268 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 9 through 22 )	C
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 23 through 42 )	C
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 43 through 77 )	C
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 78 through 116 )	C
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 117 through 184 )	C
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 185 through 202 )	C
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 203 through 246 )	C
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 247 through 268 )	C
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 12 through 42 )	D
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 43 through 92 )	D
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 93 through 130 )	D
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 131 through 152 )	D
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 153 through 166 )	D
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 167 through 184 )	D
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 185 through 201 )	D
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 202 through 221 )	D
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 222 through 246 )	D
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 247 through 268 )	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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